二周目在选择跳过动画之后回到了家里
下楼，爸爸给了船票
爸爸走后，米可利打来  说要我们去其他冠军的秘密基地
 
然后是看电视选择水都的颜，建议选择不喜欢的那个
出门后小田卷博士带着来到研究所，升级全国图鉴
去水静市米可利，就在一周目过不去的那个魅影摩天楼门口
 
首先来到冬雪镇，化石迷的家里可以拿到第二块化石
 
同样是拿到得文公司二楼复活
 
冬雪镇向左穿过流星瀑布，这里的洞口内到小赤和小绿，可以对话挑战
 
小绿在门口那里，差点漏掉，对话挑战
飞到茵郁市，在这里冲浪向下走，到希罗娜的秘密基地
口袋妖怪白攻略 
与希罗娜对话可以挑战她
茵郁市左边的天气研究所，到二楼与研究员对话得知某处降雨〔小夜为127号道路〕
 
飞到绿岭市向下冲浪沿着右边岩石走，这里潜水下去
 
在有光的地方上浮，进入洞口
 
海皇牙
 
再次回到天气研究所与研究员对话，得知某处天气干燥
飞到冬雪镇，向左走，这里多了处洞口