柯南主线
 
001 云霄飞车杀人事件 (琴酒 伏特加出场工藤新一喝药变小。大幕拉开)
  002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道身份)
  043江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
  048~049外交官杀人事件(服部平次登场,第一次恢复)
  054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现,被炸死)
  057~058福尔摩斯迷杀人事件(平次知道身份)
  128 黑暗组织10亿抢劫事件 宫野明美死亡,黑暗组织浮出水面)
  129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀出场)
  176 与黑暗组织的再会(灰原篇)
  177 与黑暗组织的再会(柯南篇)
  178 与黑暗组织的再会(解决篇) (皮斯克出场,被琴酒灭口,贝尔摩德出场)
  226 格斗游戏的陷阱(上集) 茱蒂出场)
  227 格斗游戏的陷阱(下集)
230 诡密的乘客(上集) 
231 诡密的乘客(下集)
  258 来自芝加哥的男子(上集) (詹姆斯出场)
  259 来自芝加哥的男子(下集)
  269 犯罪的遗物 (上集) 毛利小五郎的卷宗被盗,目标直指柯南)
  270 犯罪的遗物 (下集)
  271 急忙掩饰的忽略(上集)
  272 急忙掩饰的忽略(下集)
  277 英语教师VS西部名侦探(上集)
  278 英语教师VS西部名侦探(下集)
  286 工藤新一纽约事件(事件篇)
  287 工藤新一纽约事件(推理篇)
  288 工藤新一纽约事件(解决篇)
  307 无声的证据(前篇)(再次抓住黑暗组织的尾巴)
  308 无声的证据(后篇)(下一集的引子)
  309 与黑暗组织的接触(交涉篇)
  310 与黑暗组织的接触(追踪篇)
  311 与黑暗组织的接触(决死篇)
  335 东京现影所的秘密(前篇) (灰原被跟踪,山雨欲来)
  336 东京现影所的秘密(前篇)
  338 四辆保时捷(前篇)
  339 四辆保时捷(后篇)
  340 厕所里隐藏的秘密(前篇)
  341 厕所里隐藏的秘密(后篇)
  343 便利店的陷阱(前篇)
  344 便利店的陷阱(后篇)(小兰发现茱蒂老师的不寻常)
  345 直面黑组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 (茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光。卡尔瓦多斯出场,被赤井打断腿后自杀,第一次对决暂告段落)
  346 P股上的印记(前篇)
  347 P股上的印记(后篇)
  361 帝丹高中的学校怪谈(前篇)
  362 帝丹高中的学校怪谈(后篇)(真新出医生回归)
  385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
  386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
  387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号被发现,斗争新动向)
  425 被组织的魔掌触碰的瞬间 水无怜奈、基安蒂、科恩出场,烽烟再起)
  429 无法回到从前的两人(前篇) 本堂瑛佑出场)
  430 无法回到从前的两人(后篇)
  462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 (本堂瑛佑行事诡异,引起柯南注意)
  463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
  464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
  465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
  484 黑照片的去向(前篇)
  485 黑照片的去向(后篇)
  491 红与黑的碰撞 开始 (最精彩的一个系列,不可不看)
  492 红与黑的碰撞 血缘
  493 红与黑的碰撞 绝叫
  494 红与黑的碰撞 冥土
  495 红与黑的碰撞 昏睡
  496 红与黑的碰撞 侵入
  497 红与黑的碰撞 觉醒
  498 红与黑的碰撞 搅乱
  499 红与黑的碰撞 伪装
  500 红与黑的碰撞 遗言
  501 红与黑的碰撞 嫌疑
  502 红与黑的碰撞 洁白
  503 红与黑的碰撞 决死
  504 红与黑的碰撞 殉职 (第二次对决,赤井秀一疑似牺牲,水无怜奈身份曝光)
  灰原哀出场的集数509 红白黄与侦探团(冲矢昴出场,新一轮对决即将开始)
  510 柯南VS W暗号之谜
  511 推理对决!新一VS冲矢昴
  542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
  543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)(冲矢昴的言语直逼灰原)