主TV集数
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307-308
286-288
1、2、4
5
52
13
43
48-49
54
57-58
128-131
176-178
170-171
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188-193
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226-227
230-231
242
253-254
258-259
269-270
271-272
277-278
284-288 289-290 307-311 340-341 343-344
345
346-347 361-362 374-375 385-387 394-396
425 429-430 462-465 484-485 491-504 507-508 509
511 521 542-543
563-564 578-581
616-621 622-623
646-651 656-657
667-668 671-674
671-674 675-676 681-683 684-685 690-691 699-700灰原哀出场的集数
701-704
706 723 724-725
727-728
734 739 744-745
剧情宫野厚司与宫野艾莲娜结婚，进入黑衣组织，参与进行APTX4869的研究。后生下宫野明美与宫野志保（即灰原哀、雪莉/Sherry ），后“意外死亡”。志保到美国留学，之后回到日本继续APTX4869的研究。真实身份为黑衣组织杀手的莎朗·温亚德（贝尔摩德/Vermouth ）杀害了一直在调查组织的FBI 探员（即茱蒂·斯泰琳的父亲），并放火烧了茱蒂的家以毁尸灭迹，只有年幼的茱蒂幸免遇难，并被她父亲的同事以“证人保护计划”保护起来。莎朗对小茱蒂说的"A secret makes a woman woman”（女人因秘密而美丽）令她印象深刻。身为女明星的莎朗·温亚德和工藤有希子一起向魔术师
黑羽盗一学习易容术，两人因此相识，并成为好友。龙舌兰到板仓卓，命令他开发一种系统软件，但遭到拒绝。黑衣组织之后不断骚扰板仓卓，最终迫使他就犯。新一和兰到纽约游玩(在前往纽约的航班上新一生平第一次解决案件，开辟了侦探生涯)，有希子招待他们看百老汇的歌剧“金苹果”，在剧院门口两人遇见并认识了莎朗，但是在歌剧开演前莎朗借口有事先行离开。歌剧中发生谋杀案，新一协助破案后，有希子留下录口供，让两人先乘出租车回酒店。路上两人为莎朗给兰的手帕而下车，兰先是遇见了正在追捕银发杀人魔的赤井秀一，后又在废仓库遇见正在逃亡中的受伤的银发杀人魔。银发杀人魔在想将两人灭口时因栏杆断裂而从高处掉落，被兰和莎朗假造了自己的死亡，以女儿克里丝的假身份继续生活下去。
漫画中宫野明美被琴酒杀害，但动画版改成了被警察逮捕。
工藤夫妇得知柯南身份。
服部平次登场，柯南喝下白干暂时恢复。
柯南偶遇黑衣组织的成员龙舌兰，但其被炸死。
服部平次知道柯南身份，并开始合作。
灰原哀的宫野明美被琴酒杀害，宫野志保也变小并逃离组织寄住阿笠博士家，化名灰原哀，说出
药名柯南和灰原在放学回家的路上，发现了琴酒的保时捷车，于是对其进行跟踪，却被琴酒发现了车上装的跟踪器。但是柯南依然打听到了黑衣组织准备在杯户饭店由组织代号为Pisco 的成员进行暗杀活动。柯南和灰原赶到杯户饭店，琴酒却早已将雪莉在跟踪自己的事通知了Pisco ，并告诉他雪莉必然也会去杯户饭店。匹斯可暗杀成功后发现灰原，于是用麻药迷昏后藏在饭店的酒窖里。柯南在和灰原取得联系后，让她试着喝下白干。于是灰原也变回了成人体形，并因此得以从烟囱逃至饭店顶楼。不料琴酒和伏特加早已在顶楼。在琴酒的拷问下灰原拒不说出离开组织后的行动，身中数。这时柯南赶到，用击中了琴酒，同时灰原再次由烟囱逃回酒窖，此时白干效力已过，灰原身体变回。既而匹斯可终于露出他的真实面目，在他准备处决灰原时，柯南再次赶到上演英雄救美，而匹斯可则因为新出智明的父亲被其继母杀害，在柯南的协助下破案。（新出正式登场）
长大的茱蒂加入了FBI ，追查贝尔摩德来到了日本，以帝丹高中英语老师的身份潜伏下来，以便于监视。柯南暂时变回新一并化妆成黑衣骑士与小兰短暂见面。
贝尔摩德制造车祸企图害死新出智明一家，但新出被FBI 暗中保护下来。贝尔摩德开始假冒新出智明的身份。茱蒂首次登场并与柯南相识，并看见他借助园子破案。
开始琴酒和贝尔摩德的一段戏就表明了本集和主线有关，少年侦探团和博士一行在公车上遇到一起去美术馆的茱蒂和新出，这时哀感到车上有组织的成员变得非常害怕，后来公车被强盗劫持，虽然最后
在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救 （本集也是赤井秀一的第一次正式登场，在最后他的报告表明他正在监视什么人，应该是协助茱蒂监视贝尔摩德）。灰原哀提到琴酒是左撇子。
新出医生（贝尔摩得假扮）可能发现了柯南分析案情并利用变声器。
柯南等人认识了来自芝加哥的老人“詹姆士·布莱克”，后来他被误认为是某名人而遭，后在柯南的协助下被救，并被赤井接走，同时詹姆士也发现柯南的不一般，称呼柯南为福尔摩斯、Cool Guy 。高木提到与毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相当紧张。偷案卷的是贝尔摩德，主要目的是了解与新出相关的那个案件（可惜仍然遗漏了细节），将相关案卷都偷走就是为了误导FBI 她的目标和毛利有关，在故事的最后有赤井监视毛利侦探所的画面，表明了FBI 果然将注意力转向毛利。柯南又一次在茱蒂面前破案（这一集有几点值得注意：一是茱蒂在谈话中暗示柯南其身份已经暴露，并且提到了FBI ；二是在案件中兰回想起自己曾经见到过”带黑针织帽的男子”（赤井秀一）；最后就是在故事结尾贝尔摩德发邮件给琴酒，提到了雪莉酒，并且向打了叉的宫野志保的照片发飞镖，旁边还有柯南和兰的照片）。
新一在与青梅竹马的毛利兰去游乐场玩时无意间目睹了神秘的黑衣人地下交易，被伏特加、琴酒发现，强行灌药变小，后将此事告知阿笠博士，并决定隐藏身份，并化名江户川柯南，转入帝丹小学，漫画中柯南得知了琴酒和伏特加的代号（动画中为雾天狗杀人事件片头）。
主线剧情简介　（按作品中的时间排序，并非按剧集顺序）
案卷的丢失让柯南很不安，他基本肯定了克里丝是组织的成员，并进一步怀疑茱蒂=克里丝，刚巧赶来的服部对此很感兴趣，于是鼓动柯南去茱蒂的公寓试探，在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对茱蒂的试探未果，在最后茱蒂的浴室的镜子后面出现的柯南和兰的照片，并且照片上的字迹和贝尔摩德的一模一样，按照后来的说法，这是茱蒂曾潜入新出（即贝尔摩德）的房间，发现相关的照片后复制的，同时茱蒂也借此知道了贝尔摩德的目标是哀，另外柯南最后说的除茱蒂外的另两个毛利兰回忆起她和新一去纽约玩发生的事。
灰原哀提到沼渊己一郎是组织成员一事。
茱蒂辞去了帝丹高中的老师的职务，不过在兰和园子到茱蒂家中开聚会时，兰意外发现了镜子背后的照片，觉得十分可疑，于是后来在满月之夜双重谜案的时候偷偷钻进茱蒂老师车子的后备箱，并在最后关头救了哀。另一方面，贝尔摩德不向兰开并叫她angel ，显然她不想伤害兰，很多人认为是当时她变装银发杀人魔时新一和兰救了她的缘故。贝尔摩德利用幽灵船活动，邀请了小五郎、新一和琴酒，试图调开柯南而刺杀哀；茱蒂了解到了这个计划，抢先一步接走哀并试图将贝尔摩德引入陷阱，但是贝尔摩德已经知道了这个陷阱，并将计就计作了安排；另一方面，柯南邀请服部平次化妆成自己赴会，而自己在母亲有希子的帮助下化妆成哀试图和黑衣组织接触；但是哀不放心柯南去，而偷了柯
南的跟踪眼镜跟踪前往；最后，兰因为想了解茱蒂的真正身份，躲在了茱蒂的汽车的后备箱里……最后贝尔摩德还是逃脱了赤井的追捕，也又一次放灰原哀拒绝了证人保护计划。
真正的新出医生回归。
小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。 小五郎等人虽然抓到了犯人，但此时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈实际是黑衣组织同党一事。 随后，黑衣组织制定了于下午1点在艾迪P 暗杀一个代号为DJ 的人的计划。遭到FBI 与柯南的阻止，水无怜奈受伤，昏迷不醒。本堂瑛祐登场。
贝尔摩德去水无怜奈出事目击者家，得到柯南注意；小兰的新同班同学本堂瑛祐在到毛利侦探事务所做客时有意无意的把话题引向水无怜奈，并希望柯南等人前去调查，引起了柯南的警觉。目击水无怜奈出事的小孩被疑似贝尔摩德不明女人询问，并出现了贝尔摩德的口头禅。柯南和灰原哀进行调查，得到一张本堂瑛祐父亲的照片，本堂瑛祐及水无怜奈的身份越来越清晰了。本堂瑛祐总给柯南不好的感觉，他四处寻自己的本堂瑛海，本堂瑛海与水无怜奈长相一摸一样，但是血型不对。与此同时，黑衣组织四处寻水无怜奈，得到FBI 帮助的水无怜奈假装昏迷不醒，被本堂瑛祐袭击后不得不说出真实身份，原来水无怜奈为CIA 的卧底和瑛祐的，水无怜奈答应赤井秀一重新返回组织，但是接到的第一个任务就是杀死赤井秀一，之后赤井秀一疑似牺牲。本堂瑛祐知道柯南身份，打算离开日本，柯南对赤井秀一已死的举动奇怪。
水无怜奈向茱蒂透漏情报，组织派出了一个厉害的侦探波本。
工藤新一的房子里搬来新房客，名为冲矢昴。据灰原哀反应来看此人来头不小，他到底是组织的卧底波本还是重生的赤井秀一？柯南发现冲矢昴的推理能力很强，而且是左撇子，爱喝波本酒。
工藤新一第三次恢复。
灰原哀再次感到冲矢昴的压迫感。
脸上带着烧伤的伤疤、疑似赤井秀一的人出现。右眼有着明显的被火烧伤的伤疤。在最后此人捡起了抢劫犯的手，在柯南被抢劫犯劫持的紧张时刻，开救了柯南。
赤井秀一很喜欢喝波本酒。
疑似赤井秀一的人再度出现，同时，在商场的茱蒂老师收到了“这里很危险，快逃”的字条，此时冲矢昴也在商场，首次见到了伤疤男，但伤疤男未发现他。伤疤男将在商场发生的案件的推理用别人的手机发给了毛利小五郎。琴酒以及基安蒂等人欲检验赤井秀一是否生还，并以此来证实基尔是否是卧底，却被柯南巧妙地引开。与此同时昴也在寻伤疤男，而伤疤男却在被瞄准时对着瞄准镜露出诡异工藤新一来到伦敦，并第四次恢复身体，并且第一次向毛利兰正面表白；同时工藤夫妇知道灰原哀是APTX4869的研发者。阿笠博士被，片尾灰原哀再次对冲矢昴表示强烈怀疑。
世良在第一眼看到博士上传的视频时就发现了博士眼镜片中印出来的灰原哀的影子，并向光彦、元太打听了“博士家的小女孩”（即灰原哀）、邻居（即冲矢昴）的情况，可见她对灰原有很大兴趣。并对着冲矢昴的窗户说：“我还以为是谁随随便便地住进来了呢，不过现在看起来真是杞人忧天了啊……”最后世良将视频中意外拍到的灰原影像在电脑中删除。自称侦探的安室透登场，在事件解决完毕后自愿成为小五郎的弟子。
冲矢昴脱口而出的一句“不要露出那种表情”，似乎让灰原感到相当在意。自称侦探的世良真纯登场，并转入帝丹高中；之后在柯南平次侦探对决中，茱蒂、卡迈尔在看到世良的照片后表示世良“很像某个人”，而詹姆斯则一眼看出世良是女孩子。
小五郎受托寻失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中柯南了解到他就是当年在电玩公司杀人哀得了感冒发烧，博士和柯南送他去医院，但在停车场遇到命案而被阻，后来又遇到购物中的兰、园子和茱蒂，发现他们行踪的赤井秀一也跟踪而至，最后柯南解决了案件，但是博士却借茱蒂的车将哀山村操给他奶奶发信息，开头按键音和Boss 的邮件地址很像，是鸟取县，后来柯南等人去一钢琴世家后，知道了那天听到的按键声就是七个孩子的曲子，最后还得知Boss 的手机号。