红曲是我国古代人民利用微生物加工食品的一大发明。富含酒香，不仅是酿酒的好原料，也是良好的调味品及素。同时它又具有和胃、健脾、消食、祛肿的功效，因而，在国内外市场上很受欢迎。著名的福建老酒、北京同仁堂药酒、浙江绍兴豆腐乳等，均采用红曲作主要原料。
  红曲的工艺，主要掌握五个环节：
  一、生产红曲：必须选用优质大米。一般大米必须经过再一次的碾白工序排除米糠、碎米及、谷皮、杂质，直到纯度100%，选好料后，把它放进水池流水浸泡24—36小时，水比大米高出30厘米，使它吸收水分。然后取出，置于蒸床内蒸熟，时间掌握5—10分钟，气压4.5公斤的1吨锅炉，温度150℃，蒸后倒出成堆。然后再进行第二次复蒸（时间约为5—10分钟），使大米蒸至透心时取出，铺摊于竹箩上，冷却至20℃上下备用。
  二、配方拌料：经过蒸熟冷却后的大米，拌同醋糟辅料配制红曲霉培养基。其配方有二种：
  （1）大米100斤，老醋3斤（要求3年以上的陈醋）土曲糟5斤。
  （2）大米100斤，红曲7斤，米饭5斤，老醋5斤。
  （3）组配方把老醋、土曲糟拌进蒸熟的大米搅拌均匀，达到米饭通红为止。（2）组配方则先把红曲磨成粉末，米饭煮至如稀饭一样稠粘后，把初曲及醋拌进，然后调到蒸熟的大米中去，反复搅拌直至通红。
如用搅拌机，每小时可拌4千斤。
  三、室内发酵：
  红曲主要依靠红曲霉菌的繁殖与生长，它所适宜的温度为40—45℃。发酵室必须洁净无味，室内宜用粘土与砂质土壤合成的地面。这种地面容易干燥，每隔一年半后还要进行一次更新，以利交赤散于室内地坪。打开通风窗15分钟后第二次发酵时，再把它集中成山形，加麻袋覆盖，密封6小时，堆温以35℃为宜。然后又铺散于地面，室温不宜低于20℃，保持闵12小时后，开窗通风，并翻动一次，使其均匀。再经12小时后又进行一次翻动，继之每隔8小时翻动一次，目的是使底、面均匀。若室温不足可用电热或炭火加温。
夏天气温高时注意通风或以其他设备降温。
  各个曲种的发酵期有所不同。若是制库曲，在室内应发酵9天，每10斤大米可制成4.5—5斤重量的红曲；若是制曲，室内要多发酵5天，使红曲霉蔓延至内部，以内外呈通红无斑点为度，每10斤大米，只能制出2.5—3斤曲量；若是制轻曲，只要多发酵2天，室温保持40℃使全部米心发酵通红，每10斤大米制3—4斤曲量。
  四、加温发酵：
  为使红霉菌加快繁殖，红曲在发酵过程需要加温，促进发酵。因此，在发酵4天后，用麻袋将曲种装好，放入水池，使其吸足水分后提起
（约20分钟），再回到发酵室内堆成山形，密封2天，室内温度不得低于30℃。然后摊开铺散于地面，打开通风窗，并喷洒清水。每100斤大米，喷清水40—50斤，用喷壶喷洒均匀。以后每隔一天翻动一次，使上下温差平衡，发酵均匀，直到出房为止。
  五、出房曝晒：
  红曲从大米至发酵结束，全流程只需9—14天时间，发酵好的红曲及时提出铺于竹席上，置于列日下曝晒。晒曲时间，春、秋、冬各12小时，夏天7小时，晒曲时要翻动5次，使其干度均匀。若红曲出房期正逢阴雨天，必须把红曲摊铺于通风地板上晾干。
  红曲成品表面红中含青，用手指捻，可成红粉末，泽艳丽。成品用袋包装后，应置于密封仓内保管，防止受潮。若贮藏时间过长，发现生虫，必须及时翻晒，用烈日强光驱杀，切不可用药物毒杀。
发酵法制红曲米
  红曲米是以大米为原料经微生物发酵制成的天然素食品物料，泽紫红。用其制成的食品味俱佳。红曲米富含糖化酶、淀粉酶、红曲霉红素、红曲霉黄素、有机酸等物，被广泛用于罐头、果酱、糕
点、糖果、腐乳、酿酒、饮料、红肠、火腿等食品行业。近年风靡日本、东南亚等地区，市场前景十分看好。其制备方法如下：
  一.蒸米将优质大米淘洗干净，用清水浸泡60分钟左右，过滤，甩干，移入蒸笼中，用旺火烧至见有大量蒸汽时，即停止加火出笼。此时，米已蒸至半熟。  将半熟米倒入木桶中（不得用铁质器具）入少许凉水，并不停地上下翻搅，使其冷却，待温度降至20℃左右时，复入蒸笼用大火蒸，蒸至冒浓汽后，再蒸15～20分钟，然后停火让其自然冷却，见无蒸汽冒时方可开笼出锅。
  二、发酵将熟料倒入洁净木桶内，稍翻搅。当温度降至55～58℃时，将磨成粉状的“六二酒曲”撒入熟料中，搅拌均匀（配比量0.4%～0.6%）置于洁净的篾垫上，上覆清洁白布，周围用棉絮紧裹，保温55℃左右进行发酵。24小进后（冬季需40小时），当物料升温至60℃时，将发酵料置于洁净水泥或瓷板上，用铁铲翻动，使之降温。当用手触摸索不烫手时，再将物料堆积并拍紧，盖上清洁白布，上再用麻袋盖好。24小时后，再将物料摊开，此时物料已呈淡红。散温后，再次堆积。加盖麻袋，继续发酵。18小时后将发酵料移入洁净箩筐，连筐放入盛有15℃清水的陶瓷容器中，水深至刚浸没物料。30分钟后，取出箩筐，将物料置于瓷板上，再堆积12小时，至物料呈现深红时即表示发酵结束。酒曲制作
  三、干燥 将发酵好的物料转置通风处摊开，自然晾干，再入烘房干燥成粒状，即为成品。