进入游戏，照例先是大木博士给介绍口袋妖怪的世界，然后是创建人物（留空的话就会有一个随机的中文名字）和劲敌（女的，以下以“小夏”称呼），这些大家都非常熟悉了。创建完成后正式开始游戏。
下楼和妈妈对话（可以不用），然后出门直奔上面的路口。在进入门口时大木博士出现了，把主角带到了他的研究所，然后让我们从右面桌子上的三个精灵球中选择一个作为初始的怪口袋怪兽绿叶版攻略
兽。从左到右依次是：妙蛙种子，杰尼龟，小火龙。主角选完之后，小夏也会紧接着选择一个属性克制主角的精灵。
拿完怪兽之后正准备出去，没想到小夏从身后追上来要求对战。也没什么别的招数，一直使用撞击就能结束战斗（胜负无所谓，个人认为赢了比较爽）。战斗之后主角可以回去和妈妈对话回复一下体力，然后往上走到1号公路。
穿过1号道路来到常磐市，往上的路有个老头挡着过不去，去商店（蓝屋顶的建筑）和店员对话，她会叫主角把一个包裹给大木博士。
于是回到真新镇，将包裹交给大木博士，之后他会给主角5个精灵球和怪兽图鉴。接下来去研究所上面的博士家，小夏的会给主角城镇地图。
再次来到常磐市，和刚才挡路的老爷爷对话，他会教主角如何抓精灵。这时如果往左走进入到22号路，会和小夏对战，（可以不过去）去右面的道馆发现没有开门，于是继续往上走进入常磐森林。
常磐森林里都是虫系的精灵和训练师。穿过森林后再往上走就到达了尼比市。在尼比市挑战岩石系道馆，馆主小刚使用的精灵为LV13阿玛鲁斯和LV15小暴龙，战胜他后会得到TM39岩石封。出道馆往右走，会遇到大木博士的助手给主角跑步鞋，之后移动时按B键就可以跑步前进了，然后来到3号道路。
穿过3号道路和4号道路，见到了一个PC中心，左上角有个卖鲤鱼王的，还有一个博士的助手，如果你收集了10个关都图鉴就可以得到闪光术秘传技，然后进入右面的月见山。（没有闪光术很难走）在月见山里主角会第一次会遇到火箭队，到最深处击败一个NPC后可以在两个化石里选一个，贝之化石是阿玛鲁斯（比较稀有，选它比较好），龟壳化石是小暴龙。（之后在红莲岛的宝可梦实验室可以复活）。