(1)自然因素
生态系统中，无论是生产者，消费者，还是分解者，它们的生存和生命活动均与栖息地的土质、温度、降水、风力等自然因素密切相关。如地震、火山、滑坡、崩塌、泥石流、鼠虫害、冰川、冰雹、洪水、干旱、海啸、寒流、暴雨、飓风等这些地质灾害、气候灾害均会破坏生态系统中的生存空间、土壤肥力，造成水土流失、土壤退化、生物种类和数量的减少，生态系统的功能丧失。例如，气候干旱，使生态系统内水源枯竭，土层疏松而干燥，土壤肥力不够，植物种类与数量显著减少，相应的动物种类与数量也明显减少，系统生产力下降；此外，由于干旱，地表松散，产生了大量沙粒和粉尘，最终形成了风沙气候。
消费者在生态系统的功能
秘鲁的海面，每隔六至七年就发生一次海洋变异现象。水温升高，来自寒流系的鱼类大量死亡；鱼类的死亡使以鱼为食的海鸟无法生存。仅1965年发生的死鱼事件，就使1200多万只海鸟饿死。海鸟的大量死亡，导致鸟粪锐减，农田减产，良好的海洋生态系统被破坏，寒流是罪魁祸首。
草原鼠害可以破坏草原生态系统。黄河源区鼠类以高原鼠兔和高原田鼠为主，对草地的破坏性极大。鼠类不仅啃食草根，造成植物死亡；而且挖穴掘洞，破坏土壤。一只成年鼠兔日食青草70g，全年食草量达20-30ks。高原鼠兔严重区有效洞穴可达2100个/km2。鼠害不仅引起草场植被的退化演替，而且掘出的大量沙土在雨水和风力的侵蚀下，造成沙漠化的扩展。
(2)人为干扰
尽管自然灾害给生态系统造成的危害巨大，损失惨重，但是自然灾害的发生并不是频繁而连续的，而且危害只涉及灾害发生的地区，影响范围不是很广。而人为干扰在加速生态系统的退化上具有不可推卸的责任。
人类是生态系统中最活跃、最积极的因素。千百年来，随着科技的进步，生产力的发展，社会需求的增加，人类以不同的方式愈来愈强烈地干扰着自然生态系统的稳态。人类用自己强大的技术力量不停息地向大自然宣战，改造自然，征服自然，主宰着大自然的命运。
“对于每一次这样的胜利，自然界都报复了我们。每一次胜利，在第一步都确实取得了我们预期的结果，但是在第二步和第三步却有了完全不同的、出乎预料的影响，常常把第一个结果取消了。”恩格斯(《自然辩证法》)说过，“人类不要过分陶醉于我们对自然界的胜利，”而“要警惕大自然的报复。”恩格斯以深刻的语言表达出人为破坏生态的危害。
人类对生态系统的干扰方式多种多样，归纳起来，有如下两大方面：对生态系统的结构的干扰，即由于人类对自然资源的无度索取，引起自然生态系统结构的变化，如砍伐森林、过度放牧、乱捕滥猎，围湖造田等，造成了生态系统的结构性失衡；对生态系统的功能的干扰，即由于大量工业和生活废弃物排人自然界，改变了原有的生态系统自我调节、自我净化的能
力，造成了生态系统的功能性失衡。
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