对照新老《条例》发现，新《条例》主要在以下几方面作出了重大修改：一是删除"环评单位资质"条款，取消了资格证书审查制度的要求；二是取消竣工环保验收行政许可，将竣工验收的主体由环保部门调整为建设单位；三是增加“不予审批情形”条款，明确环评审批要求；四是明确环境影响技术评估法律地位；五是取消“试生产期间要求”。六是进一步加大了违法处罚和责任追究力度。
同时，其他与新环评法，环境保护法不一致的内容也进行了修改，如对于职能交叉和审批前置等进行简化，环境影响登记表由审批制改为备案制等。
值得注意的是，新《条例》并没有明确环境监理地位，没有提到建设项目需开展环境监理的要求，同时，也没有明确环评与排污许可制度相衔接的具体要求。
一、删除"环评单位资质"所有条款
1）删去第六条第二款。
删除前：
第六条 国家实行建设项目环境影响评价制度。 建设项目的环境影响评价工作，由取得相应资格证书的单位承担。删除评价
修改后：
第六条 国家实行建设项目环境影响评价制度。
2）删去第十三条。
删除前：
第十三条 国家对从事建设项目环境影响评价工作的单位实行资格审查制度。
从事建设项目环境影响评价工作的单位，必须取得国务院环境保护行政主管部门颁发的资格证书，按照资格证书规定的等级和范围，从事建设项目环境影响评价工作，并对评价结论负责。 国务院环境保护行政主管部门对已经颁发资格证书的从事建设项目环境影响评价工作的单位名单，应当定期予以公布。具体办法由国务院环境保护行政主管部门制定。
从事建设项目环境影响评价工作的单位，必须严格执行国家规定的收费标准。
修改后：
删去第十三条。
3）删去第二十九条“吊销资格证书”条款
修改前：
第二十九条 从事建设项目环境影响评价工作的单位，在环境影响评价工作中弄虚作假的，由国务院环境保护行政主管部门吊销资格证书，并处所收费用1倍以上3倍以下的。
修改后：
第二十五条 从事建设项目环境影响评价工作的单位，在环境影响评价工作中弄虚作假的，由县级以上环境保护行政主管部门处所收费用1倍以上3倍以下的。
二、取消竣工环保验收行政许可，将竣工验收的主体由环保部门调整为建设单位。
《条例》修订中取消建设项目竣工环境保护验收许可，明确建设项目编制验收报告，将竣工验收的主体由环保部门调整为建设单位。
修改第二十条，删去第二十二条。
修改前：
第二十条 建设项目竣工后，建设单位应当向审批该建设项目环境影响报告书、环境影响报告表或者环境影响登记表的环境保护行政主管部门，申请该建设项目需要配套建设的环境保护设施竣工验收。
环境保护设施竣工验收，应当与主体工程竣工验收同时进行。需要进行试生产的建设项目，建设单位应当自建设项目投入试生产之日起3个月内，向审批该建设项目环境影响报告书、环境影响报告表或者环境影响登记表的环境保护行政主管部门，申请该建设项目需要配套建设的环境保护设施竣工验收。
第二十二条 环境保护行政主管部门应当自收到环境保护设施竣工验收申请之日起30日内，完成验收。
修改后：
第十七条 编制环境影响报告书、环境影响报告表的建设项目竣工后，建设单位应当按照国务院环境保护行政主管部门规定的标准和程序，对配套建设的环境保护设施进行验收，编制验收报告。
建设单位在环境保护设施验收过程中，应当如实查验、监测、记载建设项目环境保护设施的建设和调试情况，不得弄虚作假。
除按照国家规定需要保密的情形外，建设单位应当依法向社会公开验收报告。
第十九条 编制环境影响报告书、环境影响报告表的建设项目，其配套建设的环境保护设施经验收合格，方可正式投入生产或者使用；未经验收或者验收不合格的，不得投入生产或者使用。
前款规定的建设项目投入生产或者使用后，应当按照国务院环境保护行政主管部门的规定开展环境影响后评价。
三、增加“不予审批情形”条款，明确环评审批要求；
明确审批红线，规范了环保审批管理，审批环节更加透明。从环境质量改善、环保措施有效性、环境影响报告书（表）质量等方面提出了审批要求。建设单位可对照清单进行自检，对不符合审批条件的建设项目事先研判，避免因盲目投资带来损失。
修改前：
没有相应条款
修改后：增加第十一条：
建设项目有下列情形之一的，环境保护行政主管部门应当对环境影响报告书、环境影响报告表作出不予批准的决定：
（一）建设项目类型及其选址、布局、规模等不符合环境保护法律法规和相关法定规划；
（二）所在区域环境质量未达到国家或者地方环境质量标准，且建设项目拟采取的措施不能满足区域环境质量改善目标管理要求；
（三）建设项目类采取的污染防治措施无法确保污染物排放达到国家和地方排放标准，或者
未采取必要的措施预防和控制生态破坏。
（四）改建、扩建和技术改造项目，未针对项目原有环境污染和生态破坏提出有效防治措施；
（五）建设项目的环境影响报告书、环境影响报告表的基础资料数据明确不实，内容存在重大缺陷、遗漏，或者环境影响评价结论不明确、不合理。
四、明确环境影响技术评估法律地位。
修改前：
没有关于环境影响技术评估的相应条款。
修改后：
增加第九条第三款内容：环境保护行政主管部门可以组织技术机构对建设项目环境影响报告书、环境影响报告表进行技术评估，并承担相应费用；技术机构应当对其提出的技术评估意见负责，不得向建设单位、从事环境影响评价工作的单位收取任何费用。
五、取消“试生产期间要求”条款
删去第十八条、第十九条。
修改前:
第十八条 建设项目的主体工程完工后，需要进行试生产的，其配套建设的环境保护设施必须与主体工程同时投入试运行。
第十九条 建设项目试生产期间，建设单位应当对环境保护设施运行情况和建设项目对环境的影响进行监测。
修改后：
删去。
六、其他与新环评法，环境保护法不一致的内容也进行了修改
如对于职能交叉和审批前置等进行简化，环境影响登记表由审批制改为备案制等。
如对于职能交叉和审批前置等进行简化。不再将水行政主管部门对水土保持方案的审查意见、行业主管部门预审意见作为审批环境影响报告书的前置；
取消环境影响登记表审批，减少审批事项。环境影响登记表由审批制改为备案制。
七、没有明确环境监理地位，没有明确环评与排污许可制度相衔接的要求
值得注意的是，新《条例》并没有明确环境监理地位，没有提到建设项目需开展环境监理的要求，同时，也没有明确环评与排污许可制度相衔接的具体要求。
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