交大医学院现有7所综合性附属医院，5所专科性附属医院。其中附属瑞金医院、仁济医院、新华医院、第九人民医院、市第一人民医院、市第六人民医院、市儿童医院、市胸科医院、市精神卫生中心、中国福利会国际和平妇幼保健院、上海市儿童医学中心为三级甲等医院，还有上海宝钢医院为三级综合性医院。
一、瑞金医院
简介：上海交通大学医学院附属瑞金医院是上海交通大学医学院最大的临床教学医院。瑞金医院专科齐全，技术力量雄厚，医疗、科研、教学等方面均有相当的水平，先后培养出三位两院院士，走出WHO副总干事和两位国家卫生部长，在海内外声誉卓著。2008年，《美国读者文摘》在全亚洲范围内评选最具品牌价值的医院，中国大陆地区仅上海瑞金和北京协和名列榜中。瑞金医院终身教授王振义院士获得2010年度国家最高科学技术奖。
地理位置：总院:上海市瑞金二路197号；卢湾分院：卢湾区重庆南路149号；瑞金医院北院：成立于2013年初，位于嘉定区希望路999号。
医院成就：1954年 完成国内第一例心脏二尖瓣分离术；1958年 成功抢救大面积烧伤病员邱财康，为世界上首次抢救大面积烧伤病人获得成功；1966年 成功救治了烧伤总面积达92%的特大面积烧伤病人，在过程中领先于国际水平，首创了“混合皮肤移植法”；1978年 完成亚洲首例心脏移植手术；1986年 在国际上率先应用全反式维甲酸诱导分化急性早幼粒细胞白血病；1994年 在国际上首先证实了的应用可以特导诱导急性早幼粒细胞白血病细胞凋亡，使得复发难治白血病取得突破；2003年 成功施行了亚洲首例成人胰岛细胞肝内移植；2004年 成功完成亚洲首例腹腔七器官联合移植（入选当年中国医药科技十大新闻）。
著名院友：王振义：著名血液学专家，中国工程院院士，法国科学院院士，国家最高科学技术奖得主。 陈 竺：著名血液学专家，中国科学院院士，美国科学院院士，中华医学会会长，现任十二届全国人大常委会副委员长。 陈赛娟：著名血液学专家，中国工程院院士，发展中国家科学院院士，中国科协副主席。胡庆澧：著名儿科专家，曾任世界卫生组织副总干事，是陈冯富珍之前中国人在WHO中担任的最高职位。
医院特： 血液科，灼伤整形科，普外科，神经内科，内分泌代谢病科，心血管内科等
二、仁济医院
简介：仁济医院是上海开设最早的一家西医医院，它是1844年初开埠后不久，由一个名叫威廉·洛克哈脱的传教士兼医师受英国基督教伦敦教会的派遣来沪在大东门外开设的，原名中国医院。核定床位1300张；实际开放床位1600余张。医院医疗技术力量雄厚，目前拥有在职正高职称专家122名，副高职称专家289名，年收治门急诊病员近217万余人次，住院病人逾 5万7千人次，完成各类手术2.8万余台。
地理位置：共有东南西北四院和上海肿瘤研究所组成，东院：浦东新区东方路1630号；南院：闵行区浦江镇江月路；西院（总院）：黄浦区山东中路145号；北院：上海市浦东新区巨野路745。
医院成就：心脏二尖瓣狭窄分离术，使心脏手术从心外进入心内禁区；低温麻醉下心内直视肺动脉瓣切开术，是我国心内直视技术的开端；低温麻醉房间隔缺损直视修补，则使低温直视心内手术上了新台阶；针刺麻醉下体外循环心内直视手术成功，更是我国的开创性医学成果。
著名院友：黄铭新：仁济医院院长。长期致力于心血管病、血吸虫病等方面的研究。1956年提出垂体前叶功能减退是血吸虫病侏儒症的主要发病机制，并发现有锑剂真血吸虫病后，患者仍可继续生长发育的现象。1958年阐述了锑剂引起严重心肌中毒的发病机制，和应用阿托品的良好效果。江绍基毛孩：内科学及消化疾病专家、中国工程院院士。因“消化疾病和血吸虫病等领域”的卓越成就，获得中国工程院院士称号。兰锡纯：普通外科和心脏血管外科专家，首次在中国施行脾肾静脉吻合术。
医院特：消化科、神经外科、妇产科、泌尿科、风湿科
三、新华医院
简介：上海交通大学医学院附属新华医院创建于1958年。医院现核定床位数1586张，47个临床科室。医院的心血管内科、消化内科、神经内科、普外科、心胸外科、神经外科等学科综合实力一流，分别为国家级、省市级、局级和医院重点学科，共荣获市校级临床医学奖21项。现拥有开放病床1350张，日均门诊量3000-6000人次，住院人数达到15000人。
地理位置：总院：上海市杨浦区控江路1665号；崇明分院：位于崇明县城桥镇南门港街25号（二级甲等）。
医院成就：心肌病防治、心律失常消融、冠状动脉病变介入和微创搭桥手术，达国内一流水平。儿科学整体实力保持国内领先、国际先进水平，在心血管病介入、复杂先心病手术、外科畸形矫治、难治性白血病、新生儿疾病筛查、新生儿听力障碍诊治等为国内顶级水平。眼科、皮肤科、耳鼻咽喉－头颈外科、口腔科等专业各具特。2011年，在生物医学干预技术方面儿童多动症、铅中毒、小儿癫痫、脑瘫等疑难杂症领域。
著名院友：吴守义：我国儿骨科创始人。1984年被聘为美国小儿骨科杂志（J.P.O）唯一的中国编委，美国脑瘫学会会员，美国天方骨科学会会员以及大会讲学学者。
医院特：儿科，心血管病科
四、第九人民医院
简介：上海交通大学医学院附属第九人民医院的前身“伯特利医院”创建于1920年。1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成为上海第二医科大学附属第九人民医院。医院核定床位1000张，口腔综合椅位260张，临床科室33个，医技科室9个。上海交通大学医学院附属第九人民医院是一所以口腔、整复外科和骨科为特的内、外、妇、儿各科齐全的三级甲等综合性教学医院。
地理位置：总院：位于上海市制造局路639号，浦东分院：上海市浦东新区严镇路166号。
医院成就：“裸鼠背上长人耳”、“国内首例胸骨裂畸形”小吴菁修复术、“中国第一毛孩”于震环外耳道整形术、 “下颌骨骨化性纤维瘤”欧阳莉菁肿瘤切除植骨修复术等曾轰动全国。
著名院友：张涤生：整复外科、显微外科、美容外科和淋巴医学专家，中国工程院院士，中国整复外科事业的创始人之一。张涤生现任中国康复医学会修复重建外科专业委员会主任委员，上海市整复外科研究所名誉所长、教授。邱蔚六：中国工程院院士，国际牙医学院院士，美国颞下颌关节外科学会国际会士。戴尅戎：中国工程院院士，骨外科学和骨科生物力学专家。
医院特：整形外科、口腔医学、口腔颌面外科、口腔修复科、牙体牙髓病科、牙周病科、骨科
五、市第一人民医院
简介：上海市第一人民医院建于1864年3月1日，为全国当时规模最大的西医医院，也是全国建院最早的西医综合性医院之一。核定床位数1580张，实际开放床位2000余张，设临床医技科室48个。2011年门急诊317万人次，出院病人7万余人次，手术病人5.47万余人次。上海第一人民医院是闻名遐迩的集医、教、研、防为一体的综合性大医院，是上海妇科疾病研究所的临床医学院。
地理位置：医院分设北部（虹口区海宁路100号）和南部（松江区新松江路650号）。
医院成就：国内第一例肝叶切除、第一例足趾移植再造拇指、第一例针麻手术、第一台国产心向量图描记器研制、首个国产心脏临时起搏器样机研制等业绩，为我国医学事业的发展、为上海人民的健康做出了很大的贡献。
著名院友：赵东生：我国眼底病外科的先驱，视网膜脱离手术和研究的创始者和奠基人，号称东方一只眼的国内外著名眼科专家，上海市第一人民医院眼科的创始人 。胡懋廉：耳鼻喉科学家，成功地施行国内第一例喉癌全喉摘除。
医院特：普外科、呼吸科、泌尿外科、眼科、耳鼻喉、头颈外科。
六、市第六人民医院
简介：上海交通大学附属第六人民医院创建于1904年，是上海市卫生局直属的一所三级甲等大型综合性教学医院。核定床位1766张，实际开放床位1950张，设有33个临床科室、9个医技科室。医院也是上海交通大学医学院市六临床医学院、上海市糖尿病临床医学中心、上海市创伤骨科临床医学中心。
地理位置：总院：上海市宜山路600号；东院分院：成立于2010年，位于临港浦东新区南汇新城。
医院成就：20世纪五十年代末周永昌教授等开创了超声医学事业，被誉为“中国超声诊断发源地”。1963年陈中伟教授、钱允庆教授等在我院成功施行了国际医学史上第一例断肢再植手术，从此医院被誉为我国断肢再植的摇篮。1978年，于仲嘉教授研究成功“手或全手指缺失的再造技术”，荣获国家发明一等奖。1980年林超鸿教授成功培养了我国第一株胃癌细胞株。2003年，项坤三教授参与世界第一个青年起病的成人型糖尿病致病基因染体定位和世界第一个2型糖尿病相关基因的研究，并首次在国内发现了线粒体基因突变糖尿病而当选为中国工程院院士。
著名院友：钱允庆：医学史上首例断肢再植创始人之一，中国著名血管外科专家。陈中伟：骨科专家，因在断肢再植领域的杰出成就，被国际医学界称为“世界断肢再植之父”。
医院特：骨外科、内分泌与代谢病学、心血管病学、四肢显微外科、内分泌代谢科、介入影像学。
七、上海市儿童医院
简介：上海市儿童医院的前身是“难童医院”，由中国著名儿科专家富文寿、中国现代儿童营养学创始人苏祖斐等前辈创建于1937年。拥有一批重点学科，是一所集医疗、教学、科研、保健、康复于一体的三级甲等综合性儿童医院；是上海市文明单位。
地理位置：静安区北京西路1400弄24号。
医院成就：上海市儿童急救中心建立了ICU中央监护网络和新生儿重症网络转运系统；抢救成功率达92%，小于1500克极低出生体重儿成活率85%；小儿肾内科擅长各型小儿疑难肾脏疾病的诊疗和抢救，非麻醉下婴儿肾穿刺成功率99.5%。骨科开展对儿童各类先天性畸形及大脑瘫痪后遗症的矫治、四肢创伤骨折的整复和、骨关节的遗传性代谢性疾病和骨肿瘤等。
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