游戏一开始会问你9个问题，除了性别问题外，其他问题都是随机从原有的问题集中抽出，根据你的回答选择主角PM，一共有16只PM供选择，其中腕力、火球鼠和喵喵性别限定为男生，菊草叶、伊布和可爱猫性别限定为女生。
接着是选择搭档，可选择的搭档有历代的各个主角，包括妙蛙种子、小火龙、杰尼龟、皮卡丘、菊草叶、火球鼠、[小锯鳄、草蜥蜴、火稚鸡和小水怪，要注意搭档必须和主角的属性不同，比如选择了小火龙那么就不能选择火球鼠和火稚鸡做搭档，然后是输入搭档的名字。
主角在森林中被搭档叫醒，接着会问主角的名字。
汗……为什么笑得这么夸张……
慌张的巴大蝴出现，一番询问后得知绿毛虫被困，第一个任务开始，进入迷宫ちいさなもり解救被困的绿毛虫！（主角与搭档初始级别为5）
迷宫ちいさなもり
层数：4F
BOSS：无
口袋妖怪攻略
来到B4F可见到被困的绿毛虫正在哭泣。
顺利救出，任务完成！之后会得到巴大蝴给的奖励：オレンのみ、モモンのみ、チーゴのみ。
巴大蝴和绿毛虫离开后，搭档会带主角到救助所（根据主角的不同，救助所的外貌也会有所不同）。选择救助队的名称后回到标题画面，之后再次回到游戏中时主角正睡觉。等醒之后这时还不能到救助所外面出，必须回床选是再睡一次（睡觉即为存档）才能出去（汗= =什么设计，要玩家懂得如何存档也不用这样）。
到了外面，发现搭档正在门口睡（救助所里面还有一张床怎么不在里面睡= =，再次汗）。搭档惊醒，之后它会给主角讲解信箱的使用。讲解完后大嘴鹕鹈送来了委托信，到信箱查看后得知小磁怪被困迷宫中，需要救助，选择开始任务就会来到迷宫でんじけのどうくつ解救被困的小磁怪。
迷宫でんじけのどうくつ
层数：6F
BOSS：无
到了B6F可见到被困的小磁怪。
救出后可得到任务奖励：500金钱、ふっかつのタネ、チーゴのみ。
之后回到救助所，回床睡觉。晚上，主角做了一个怪梦。
第二天出门后发现搭档不在，调查信箱，搭档出现，之后搭档会带着主角一起去参观城市，这时只有四个建筑，分别是：
变隐龙兄弟的道具店
猫老大开的银行
毒布丁的融合屋
袋龙的道具寄存屋
建议此时先熟悉一下各个地方的使用方法，日后经常必须使用到。
接着来到城市的右边，这里就是大嘴鸥联络所了
接着搭档会带领主角查看联络所旁边的看板，在这里可以接受任务委托。
完成了一些任务之后，一天，当主角在救助所睡觉，正在做梦的时候，突然发生了地震，醒来后三地鼠从地上钻了出来，原来是三地鼠做的好事……