MS电荷密度和差分密度用Origin作图的补充说明1 1、Total density map 现在MS中save为文件，当然你需要将你的隐藏文件和扩展名都能显示，在结果文件夹中到*.chrgm(好像是).charg_frm文件 从origin中导入这个文件,得到4列数据,分别为a, b, c, 和charge. 一般的排序是先将a=1,对应的b,c不同,然后才是a=2的,以此类推. 如果你想做(100)面, 将b, c, charge列分别设为x, y, z轴，那么就只选中a=1对应的所有的b, c, charge数据，然后直接可以做出(100)面得电荷密度等高线图，通过调节，可以得到很好的图片。 （？？？？怎么插图片啊？？？） 如果想得到（010）面的，将原来的数据的b列推至首列，然后选中首列，右键单击选择sort worksheet，这样就会对b列的数据按从小到大的顺序排列，而与之对应的a，c，charge随之改变。 按同样的方法可得到（010）面得电荷密度。  2、差分电荷密度 MS中只能给出显示，存为文件后却无法打开。昨天在一个会上问M C Payne这个问题，他解释说不是他的错，是公司的问题。（具一个牛人说，可用命令行运行后，可得到数据文件。还没试）。如果就现在的差分密度图片如何在Origin中做出来呢？ 你需要做的也很简单。将MS的差分密度图片显示后，隐藏其它（包括原子），存为.bmp文件。然后在origin中新建一个空matrix表格。从File的import中选择image，按照默认方式导入刚才的.bmp文件。然后选择你需要的区域，点击右键形成新的Matrix表（其实现实的还是图片）。 再到view中的view mod
e选择数据，你会得到一个很奇怪的matrix表，别管他，直接对这个matrix做contour图，你会得到差分密度图了，要想获得好的效果，需要很仔细地调节。具体办法，实在太难写出来，等以后再说吧。  上面一张是根据下面MS给出的差分密度map用Origin做出来的。由于为了满足附件的大小限制，对origin的输出做了压缩和度限制，这只是今天初略做的，没有做详细的调节。  其实关键在于，国外期刊一般倾向你提交.eps格式的图片文件，如果你将.bmp通过画图来转为.jpg，然后再用jpeg2ps程序转为.eps，效果实在不敢恭维。 所以利用origin直接输出.eps格式的图片，效果很好，而且不失真，属于矢量图。  aylayl08 问：是否就以origin自动insert值就可以了呢？我估计他问的是一个普遍问题，所以在此发表一个帖子，对原先帖子进行补充。  这个问题我可以很肯定地说，不行！！！  你必须要自己去insert数据。而且最好能等差插入。一般来说，用import image的方法导入origin后，再用data mode显示数据时，你会发现数据都很大，完全不像MS中差分密度的负几到正几。至于原因我原来说过了。你需要在正负分界（也就是所谓差分密度为0）的地方，用粗实线来表示。得到电子（对应MS中为正值）的区域用细实线，在失去电子（对应MS中为负值）的区域用dot线。  如何判定origin作出的图中哪些区域是得或失电子呢？ 我建议大家同时打开MS中的原图（差分密度），用Red-white-blue的64band模式显示。这样，你
就会发现红代表失去电子（负值）、蓝代表得到电子（正值），而且在红-蓝之间一定有白的区域（或许很细很窄），这就是差分密度为0的区域了。那么，你就可以以此为参照，来确定Origin中的得失电子区域和差分密度为0的分界线了。  同时，我后来发现，在MS中用white-black显示后，还是将band设为64为好，这样导入Origin后能反映出更细微的变化。特此说明，希望对大家有帮助。
一项进行运算，对话框下边有差分电荷密度计算的选项。计算完成后analysis→electron density→import，然后右键→display style，在isosurface一项里可以设置你要分析的原子面，在右键→color maps里边可以调节color mapping值来达到想要的彩值区分效果。”
  可我怎么不到isosurface 里的原子面（切面）设置哈（无论对electron density还是对electron density difference  计算结果）！哪位大侠能对上面的步骤更加详细地标注一下！ 小弟必有重谢！
wenzhiqin (站内联系TA)
你操作过程中少了一步，首先计算完成后analysis→electron density→import，就会生成一个立体电荷密度图，单你肯定是想转化成平面彩图，在工具栏到Creat slices，即可创建
各面的电荷密度彩图，
anlen0615 (站内联系TA)
2楼: Originally posted by wenzhiqin at 2012-09-20 2044
你操作过程中少了一步，首先计算完成后analysis→electron density→import，就会生成一个立体电荷密度图，单你肯定是想转化成平面彩图，在工具栏到Creat slices，即可创建各面的电荷密度彩图，
大侠    你说  “在工具栏到Creat slices”  这在哪？
  不到哈 ！  请大侠明示！  万谢 -------------
yourne 明星的八卦新闻(站内联系TA)
tool bar摄影入门技巧里面有个volumn visualization(应该没拼错。。)，显示出来以后就会在该工具栏看到creat slice台湾 瑶瑶
MS 差分密度图
MS中以dMOl3为例：直接在calcualtion 中Properties选项卡中选择Electron density, 再将deformation density打勾。就可以计算差分电子密度拉。
wuli8 (站内联系TA)
请问那在castep中怎样设置呢？
谢谢？
liliracial (站内联系TA)
Originally posted by wuli8 at 2008-3-20 22
请问那在castep中怎样设置呢？
谢谢？
也在Properties选项卡中，只是选择Electron density difference。 然后根据自己的需要选择需要计算的密度。
buble (站内联系TA)
To perform an electron density difference analysis


1.Choose Modules | CASTEP | Calculation from the menu bar to open the CASTEP Calculation dialog.
2.Select the Properties tab.
3.Check the Electron density difference checkbox on the properties list.
4.Use the radio buttons to select the appropriate type of density difference to be created.
When density difference with respect to sets of atoms is requested, it is necessary to create at least one set of atoms in the model. There is a naming convention for sets that are taken into account: they should have "DensityDifference" as part of the set name. In order to create the sets:
1.Choose Edit | Edit Sets from the menu bar.
2.Make sure that the correct 3D structure document is active. 企业号
3.Select the atoms that will constitute the first set.
4.Press button to create a new set.
5.Give the set a name, e.g., DensityDifference1
6.Repeat the above steps to create further sets if required.
方法1，将OUTCAR、POSCAR、CHGCAR-a、CHGCAR-b存在一个目录，在该目录下运行lev00，然后根据提示选择V（vasp），OUTCAR、POSCAR、然后就是M，然后进去好像是第六项就是做差值的。我们平时画面电荷密度用的是D！
方法2，在origin下面建立一个worksheet，第一列和第二列是电荷密度的坐标值，第三列是CHGCAR-a的电荷密度值，第四列是CHGCAR-b的电荷密度值，然后第五列你设置为第三列与第四列的差就行了
castep中charg_frm 文件中 a b c 指晶格三维的方向，在castep中用自身带的分析画图后可以看出由很多微小的点组成的，甜茶为什么叫甜茶charg-frm文件中，写fortran程序对三维坐标循环即可。若a=1 to 40, bj=1 to 40, c=1 to 40, 则整个电荷密度由 40*40*40 个点构成。写程序后即可对想要处理的方向切面。先看清数据里是怎样循环的，不要写错了。这个小程序很好稿定！
如果是dmol的数据，它的形式是和castep不一样的，是下面这种样子的
DMol3 deformation electron density           
(1p,e12.5) 
  10.650  11.550  10.500  90.000  90.000  90.000
  71  77  70
    1  -29  42  -35  42  -18  52
-3.27714E-26
-3.27714E-26短跑训练
-3.27714E-26
-3.27714E-26这些的每个点都对应着一个三维坐标
-3.27714E-26
-3.27714E-26
-3.27714E-26
............
其中71，77，70即对应于三维电荷密度三个方向的长度，看清了x方向是作 为第一层循环的，依次类推，不要写错了，偶最开始就写错了，是把Z当作第一个循环，耽误了半天时
间。
如果是VASP的CHARCAR数据，直接用VESTA处理即可，那里面很人性化，可以选很多参数，画出来也比较漂亮。下面是我文章中的一个图，看看还可以吧。
castep中charg_frm 文件中 a b c 指晶格三维的方向，在castep中用自身带的分析画图后可以看出由很多微小的点组成的，charg-frm文件中，写fortran程序对三维坐标循环即可。若a=1 to 40, bj=1 to 40, c=1 to 40, 则整个电荷密度由 40*40*40 个点构成。写程序后即可对想要处理的方向切面。先看清数据里是怎样循环的，不要写错了。这个小程序很好稿定！
如果是dmol的数据，它的形式是和castep不一样的，是下面这种样子的
DMol3 deformation electron density           
(1p,e12.5) 
  10.650  11.550  10.500  90.000  90.000  90.000
  71  77  70
    1  -29  42  -35  42  -18  52
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-3.27714E-26这些的每个点都对应着一个三维坐标
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其中71，77，70即对应于三维电荷密度三个方向的长度，看清了x方向是作 为第一层循环的，依次类推，不要写错了，偶最开始就写错了，是把Z当作第一个循环，耽误了半天时间。
如果是VASP的CHARCAR数据，直接用VESTA处理即可，那里面很人性化，可以选很多参数，画出来也比较漂亮。下面是我文章中的一个图，看看还可以吧。
在ms中显示某个面，在输入电荷密度后，到Volume visualization这一工具栏，点击其中的creat slices就可以了；你也可以把数据输出到文件中，比如在import电荷密度时，点击save，关于电荷密度的文件就会出现在文件夹中