本作皮肤依然是4男4女，但实际是除了肤真的毫无区别
选完肤以后会有名字输入环节，取完自己名字小驱以后还会要给劲敌（小进）取名
经过动画以后进入游戏，在这里已经可以按X进行存档了。
这一作取消了宝可梦中心的电脑，因此宝可梦都是在包包里就能进行调用，没有箱子而是所有宝可梦堆在一起，而改名可以在包包里进行，捕抓的时候不会有改名选项，并且改名是不限次数随意改的，支持6个中文汉字拼音输入
在同行宝可梦里面可以设置将宝可梦从精灵球放出，之后宝可梦会跟在身边或者骑行
连接里面包括领取礼物，交换等选项，支持本地直接交换和互联网交换
在设置里面可以选择跳过动画，就是不想看动画的是按一下按键就可以了
这一作取消了秘传机器，而是在最上面的“和皮卡丘玩”里面的秘术选项
往楼梯方向走的话劲敌会跑过来发生剧情，接着要去大木博士要宝可梦
百货商店起名
走出家门来到右下角博士的研究所，但是博士不在这里
往上来到城镇出口会遇到博士发生剧情，进行游戏第一次捕抓。
另外要刷性别的如果遇到的不对就要删档来刷（在ns设置里删档），只是要刷性格的话在遇到博士之前存档就可以刷了
之后会来到博士研究所，发生剧情，强制要求选择中间的伊布作为初始宝可梦。之后还可以给伊布起名，右边那个精灵球究竟是梦幻宝可梦。
入手初始宝可梦以后正要离开，博士还会叫回去交与宝可梦图鉴，不过这一作宝可梦图鉴号只有1到151，另外多两只幻兽，而梦幻需要与精灵球外设联动。
走出博士研究所以后会遇到妈妈，得到城镇地图，按x进入道具里面可以直接查看，之后如果宝可梦血量低可以回家和妈妈对话进行回复
首先野生宝可梦都是地图上可见的，而且刷新较慢，如果跑快一点，宝可梦还没刷新出来就可以跑完图了
其次宝可梦体型有普通、small（宝可梦会有绿光缠绕）、Big（宝可梦会有红光缠绕），比起普通另外两种抓住以后会有经验奖励，Big相对于其他两种会难抓一些
再次抓宠的时候的圈圈会有红跟黄，红的代表难度大，黄难度要低，所以遇到普
通球显示红，则可以换成高级一点的球。另外使用果实可以降低捕抓难度的，但仅一次有效，即使用果实以后抓不住，捕抓难度恢复，需要再次使用果实。