第一章新人，杰克
(选择だいじょうぶ！进入游戏）
“这里是口袋妖怪的世界。”
……好熟悉的声音
“…………我们一起生活，战斗。”
……是博士啊
“那么，你的名字是？”
……是啊，我是？
“……杰克。”
熟悉的名字一下闪现在我的脑中
“……那么，杰克，在这个世界好好加油吧，各种有趣的事情在等着你。”
多年以后，又是这个世界么。
那，还请多多关照了，大家。
（以上过程包括性别选定和主角的取名，各位可以自行根据爱好选择，下文均以杰克作为主角名。）
ワカバタウン——若叶镇的二楼，旅程开始了。而主角，也就是我，杰克，正准备出发到空木博士家中去。
“啊杰克，是要到博士那里去了？男孩子就是要多旅行来锻炼啊！恩拿些这些，都是必不可少的啊。”（获得日记本工具栏背包训练师卡此四项均作为可选项出现在下屏幕，可进行第一次存档）母亲走过来交给了杰克这些东西便坐下了。
出门后，看着夜晚若叶（此处时间仅以攻略时间段，游戏内时间根据真实时间进行改变）的杰克发呆时被迎面而来的一只水鼠撞到，似乎是听到远处的主人召唤，水鼠匆忙跑开了。
晚风习习的镇子显得非常的平静，而家旁的河流奏出的闲淡之声更使人不愿离开，不过目前可不能这样，毕竟博士似乎还有什么急事呢。
研究所离杰克的家非常近，很快就到了门口，正准备进入的时候，杰克发现了一旁有一个陌生的红发男子。
“……别来打扰我。”
搭话后却得到如此冷漠回答的杰克只好先进了研究所，看见了早已等待着的博士：“啊，杰克你来的正好，大木博士，就是那位在关东非常有名的博士，最近似乎在城都地区发现了很有趣的东西呢！事实上……”
正说话间，空木博士收到了一封邮件“啊，是那位大木博士的信，他说他对到的东西已经有了一些有趣的发现，他已经把总结的内容和那东西放在一起希望交给我研究，啊但是目前我手里也有研究走不了……所以杰克，你能帮我去大木博士拿下东西嘛？当然不会叫你一个人去的，路上很危险嘛，这里有三只PM你可以选一个带走哦？答应了吧？”
一番连珠炮一般的带着强烈的博士的不可反抗的气魄的话语抛出后杰克
理所当然地接受了，选择好自己的搭档后（自草系的菊草叶水系的小锯鳄火系的喷火鼠中三选一，下文统以小锯鳄为例）杰克准备回家跟母亲交代一下就出发，而在离开之前博士的助手大方地赠送了5个伤药。
（友情提示：这次的PM可以跟在主角的身后一起冒险，而怪兽的状态栏也细化到了性格的加成会有详细解明的地步，非常的人性化）
出门后惊讶地看到之前的水鼠正围绕着那个它的少女转着圈，少女上前询问了杰克一点事情之后就离开了，原来是博士的孙女，而杰克也马上回到了家中向母亲交代事情“是这样啊……这是好事情啊杰克，妈妈会全力为你后援的！不过既然是出远门就拿着这个好了！”（得到电话成为下屏幕可选项目之一）“杰克应该会用电话吧？不会用的话我就再教你一次好了？”（选择是或否听取使用说明）
杰克记下了母亲的电话后离开了，在走到镇口的时候博士匆匆赶来告诉了自己的电话号码：“如果有事情就打我的电话吧！”
大木博士的所在地在吉野市（ヨシノシテイ）的北面，所以需要先穿过29号公路到达吉野市，中间可以遇到一些PM和训练师，用来练手非常的适合。
到了吉野市，正准备进城的杰克忽然看见了一个笑吟吟的老伯：“呵呵，看你的样子是个新人训练师吧？而且没猜错的话还是第一次来这里对不对？老伯我刚好没事就带着年轻人参观一下好了！”在依次介绍过PC中心商店和各种地方后老伯送给了杰克一双旅行必备的跑步鞋，之后点击下屏幕鞋子标志就可以跑步行走了。（友情提示：这次跑步只要点击了图标就可以持续跑动而不用一直按B，口袋也变得越来越懒了呢，笑）
简单做好整理后就从北面的30号路出发去寻大木博士暂住的小屋吧，不过在离开之前老伯再次追上了杰克：“看我这记性，新人怎么能没有地图呢，呐呐，快拿着吧。”谢过老伯后就继续前进吧！（友情
提示：地图选项在手机中查看）
30号路有一个分叉被一对正在对战的青年堵住了，不过另外一边就是通向的大木博士的地方了，途中经过树果名人家的时候可以进去拜访一下，这个和蔼的大叔会交给主角装树果的袋子，之后就可以采摘树果了。
右侧的最上面就是大木博士的所在地了，进去后看见早已等待杰克多时的大木博士：“你就是空木说的那个杰克吧，我看来还真是到了有趣的东西呢，就麻烦你带给他咯？啊你后面跟着的那只PM？你是个新人训练师吧？不过那只PM看起来很高兴的样子？看起来你也许值得拥有这个呢。”（得到蛋和图鉴）“你拿着的这个是被称为口袋图鉴的东西呢，与你战斗或相遇的PM都会记载在上面哟？对于训练师来说是非常好的积累的方式吧。我的梦想是记载所有的PM，能不能实现就要看你了！”听完大木博士的教导后不要忘了还有要交给空木博士的东西，赶快回去吧！不过刚一离开小屋就接到了空木博士的联系：“研究所出事了，赶快回来跟你说清楚。”发生了什么呢？赶快回去看看吧！
原路返回吉野市（ヨシノシテイ）后正准备往若叶赶，路上忽然走过来了刚刚那个无礼的红毛：“嗯~哼~哼~哼，你也是个训练师么？来打一场吧！”对面是一只lv5的菊草叶（随主角选取PM而变化），路上经历了几场战斗的小锯鳄威武无敌，三两下解决了对方，胜利后对面如同所有仰慕主角的小受一样牢骚了几句便离开了，不过现在先没空管他，赶快回研究所才是正事。
（友情提示：在吉野市的时候建议先进PC中心恢复一下再去29号路，对付起敌人来更有把握一些）
赶到研究所后杰克大吃了一惊，原来之前博士让自己选的三只PM居然被盗走了一只，而犯人居然就是刚刚的红毛，在现场盘问的警察叔叔马上盘问起了杰克“……那么你知道他的名字么？”（取名系统第二次出现，跟游戏开头对主角取名一样可以自由取，下文均采用此处所取姓名）
恩，叫什么来着？是五个字对吧？那就叫左怠工战人好了，简称战人，劲敌的名字也要认真取啊！警察调查完姓名后就回去了，杰克把大木博士的话转达给博士后交出了蛋，也告诉了博士自己准备去旅行增长见识收集图鉴的想法，博士表示非常的赞同。
出门后就可以往30号路移动了，不过刚走出镇子时女主角过来了“听说你要收集图鉴？扑捉是收集图鉴的重要办法啊！你大概还不会吧？我来教你好了！”进行完传统的扑捉教学后女主角送给了杰克五个精灵球离开了，而杰克的旅行也正式开始了。
（友情提示：出发前可以回家母亲对话开启存钱功能，不过即使不去的话也会在30号路中间收到母亲的来电咨询此事，而个人建议开通，可以让妈妈买到很多自己买不到的东西，非常的好玩。）
第二章火箭队，大登场？！
穿过29号路从吉野市北面走30号路可以走之前被两个对战的人所挡住的路了，不过他们似乎觉得刚刚
杰克已经打搅到他们的对战，居然一起上了来战主角，这种恶劣的性格实在是让人不爽，用实力送他们回老家吧！路上还有不少的训练师会挑战杰克，而且还有不少会提出互相交换电话的要求，答应的话以后就可能收到各种信息，包括再次要求对战的，要不要加自然就看自己的喜好了。30号路上有一个需要闪光技能才能照亮的山洞，暂时没大的用处，可以考虑无视，不过也可以在里面弄只蝙蝠拳石之类的玩，穿过30号路来到キキョウシテイ（桔梗市）。
进入桔梗市后再次遇到女主角，而慷慨的她送给了杰克一个战斗搜索器，作用是寻可以再次和自己战斗的NPC，还是挺有用的。
路上杰克跟一个老伯搭话探听了下城市的消息“桔梗市最有名的就是マダツボミのとう（喇叭塔）啊！”喇叭塔？那就去看看好了！喇叭塔位于桔梗市东北部，很是显眼，进去后是一个稍显阴森的地方，这座塔有很多修行的僧人会
向杰克挑战，而几乎无一例外都使用了喇叭芽，如果选择的火老鼠就很好对付，而菊草叶就很凄惨了。（友情提示：菊草叶不仅被开头的两个道观属性克制得强烈，在8个道观里没有一个有优势地位，即使是这种和敌人集团战斗的时候也几乎没有好的出场机会，讨厌老是练级或者麻烦的朋友们最好不要选择）到了顶层，看到了仍然一头红毛的战人：“什么嘛这老头子，说些莫名其妙的话！啊，是你，哼，以我的实力现在是不可能输给你了，不过罢了，现在我还有事情，就先放过你好了。”说完这些话劲敌又风风火火地走了，而杰克也终于见到了这里的管理者：“你是来追求这塔里供奉的力量的么？你对PM是怎么看的？你又是怎么想的？就把这些在战斗中表达给我吧！”战斗结束后得到了这位老僧的认可，取得技能机70：闪光。学会的PM就可以在地图上使用这招式驱除黑暗了。
通过喇叭塔的试炼后杰克也有了对自己实力的信心，于是就去挑战道观吧，城内的道观是飞行属性的，馆内没有什么恼火的机关，馆主阿速是一个鸟类爱好者，使用的PM为：
lv9的波波
lv13的比比鸟
没有太大的难度，胜利后取得技能机51鸟栖和飞翼勋章。
出门后博士打来了电话：“关于你交给我的蛋我大概有了一些研究了啊，现在希望你能够随时把那个蛋
带在身上，说不定会孵化呢？我的助手在PC中心等你，你快去拿吧。”带在身上会孵化？真是有趣的事情呢，那么就去一趟PC 中心吧，刚好PM们也很累了。
在PC中心跟助手对话后选择はい拿到神秘蛋，之后走出PC中心遇到歌伎舞子：“哦？这个是精灵的蛋么？似乎是很稀有的存在啊？”继续自言自语了几句后这位大就离开了，那么就让我们继续前进好了。
桔梗市的西面通往36号道路，和路人对话能够获得HM06碎岩，不过这里现在被怪树挡住了不能通行，那么就让我们换个方向，南面通往アルフのいせき（阿鲁夫遗迹）和32号路，阿鲁夫遗迹的拼图游戏很是有趣，不过个人建议在取得所有拼图的到达能力之后（一些拼图的位置需要后期得到一些秘传机才能到达，之后会详细解明）再来攻略，现在且让我们继续顺着32号路往下走。
32号路上训练师比较多，建议先到PC中心恢复好，路上有一位免费送活性种的大叔记得去对话，到达最南面会有一个山洞和PC中心，而周边还有一个贩卖呆呆兽尾巴的人，售价100万非常的欠踹，不过先别里这个讨厌鬼，恢复PM后穿过ツながりのどうくつ（连通洞穴）就到了ヒワダタウン（桧皮镇），这是一个有着古老传说的小镇：据说很久很久以前，这一直没有下雨，而某一天一只呆呆兽打了一个哈欠就解决了这里的干旱，于是这里自古以来也有着对呆呆兽的崇拜，不过为什么城里一只呆呆兽都没有看到？带着疑问杰克准备进镇，却看见黑衣的火箭队正和市民发生了纠缠，不过作为路人
的杰克是管不了这件事情的，到了镇里杰克准备去拜访一下著名的特别口袋妖怪球制作者ガンテツ先生，他居住在PC左边的房屋里，一进屋子就听见了这位大叔愤怒的声音：“……火箭队占领那井居然是在割呆呆兽的尾巴？不可原谅，不可原谅啊！”冲出屋子的他跑到了刚刚被火箭队堵住的那里，我们也赶快过去吧！
因为威武的大叔我们成功下到了呆呆兽之井里，却看见大叔已经躺在了里面，似乎是下井的时候把脚扭伤了……算了，为了维护世界的和平，为了可爱
的呆呆兽，杰克义无反顾地冲向了火箭队，不过看起来现在这里的火箭队员都是些小喽啰，很快便被杰克扫光，领头的队长实力虽然要强一点但还是没有战胜杰克的力量，只留下了“给我记住，小子！”这么一句话就消失了，战斗结束后钢铁先生的脚也恢复了，大家一起回到了他的小屋：“年轻人，这个小镇会感谢你啊！”作为感谢，钢铁先生愿意为杰克做球，只是材料必须自己提供，之前摘到的树果都是很珍贵的哟？最后钢铁先生留给了杰克电话号码以备练习，而现在我们也该去挑战这个城市的道观了。
这里是一个虫道观，馆主阿笔使用的是：口袋妖怪白攻略
lv17的飞天螳螂
lv15的铁壳昆
lv15的铁甲蛹
菊草叶仍然是个悲剧，胜利后获得技能89 蜻蜓回转和昆虫勋章。
获得了两个勋章的主角朝着黄金市进发了，西侧出镇的时候又会遇到红毛，这次他使用的是：
Lv14鬼斯
Lv16超音蝠
Lv18菊草叶
轻松战胜后他再次发起了牢骚：“为什么？下一次我一定要战胜你！我一定要变得更强！”
第三章烧焦塔的故事
现在就可以进入到ウバメのもり（桐树林）了。
进入后的道路被小树丫挡住了，无奈只好先做好事帮一位孩子丢失的大葱鸭，然而很糟糕的是这位其实丢失了两只，没办法，都去抓回来吧，鸭子只能在背后抓，不过踩树枝可以迫使其转向，第一只需要引诱到左下角抓捕，第二只则需要引到右上角。捕获两只鸭子以后一个胖子送给了主角秘传机01
居合斩，让PM学会以后砍掉小树继续前进吧！森林中有一个教授技能的的人，内容是摇树的头突，虽然是教学不过可以多次学习，所以不必担心只能教给一个PM 了。
穿过桐树林之后就是34号路了，训练师比较多，前方不远就是饲育屋，女主角走过来向杰克介绍了一下，想生蛋或者有想练但没工夫的练的都可以考虑扔那儿，再接着向北走就可以到达コガネシテイ（黄金市）了。
黄金市是一个商业都市，非常的繁华却不乏温馨，并且有GTS、火车站、游戏厅、广播塔、树果店、自行车店、道观以及大商店，建议先到自行车店和boss对话，可以获得一架自行车，之后在广播塔的二层去回答问题，先选择はい开始回答问题，之后按はい，はい，いいえ，はい，いいえ的顺序选择，结束后可以获得收音机，仍然在手机里面可以查看，顺便，回答问题的时候道观主小茜也会出现，把这个作为动力答对题目吧！地下道在战胜所有NPC可以获得贴纸盒与硬币盒子，而女主角也会过来和主角打招呼。商店依然是一大亮点，里面贩卖的东西足够让你沉迷一两个小时，不过逛够了以后也该干正事了，之前在广播塔看到的小茜虽然温柔和善但作为道馆主时却威猛得很，使用的PM为：lv17 皮皮