城都篇
熟悉又贴切的大木博士再度出现在我们的面前。
经过开场的介绍,以及人物的选择我们重新回到城都联盟!
下楼与妈妈对话完毕后就可以查看自己的背包、训练卡、以及保存和设置了
走出家门,呼吸着若叶镇新鲜的空气,一只可爱的玛丽露迎面跑向主角。呀,原来是副主角的宝贝哦~看着它幸福地跟着主人离开……
回归正题,来到博士研究所,与我们的空木博士调侃一番后,该选择我们旅行的神奇宝贝搭档了。离开时博士的助手赠送主角5个伤药。
回家向妈妈道别,并且获得口袋手表。然后我们就应该朝西边的29号道路出发吧!临行前
口袋妖怪白攻略空木博士将自己的电话号码告诉主角。29号道路可获得伤药。
通过29号道路到达吉野市,在一位老爷爷的引导下,大致了解了这座城市。随后从老爷爷那里获得跑鞋,按B键可以奔跑。在朝30号道路行进时,老爷爷过来将地图功能加入到主角的手表。
30号道路可获得伤药,路途的房屋里的男子对话可获得ぼんぐりケース柑果盒,此后即可在柑果树上采摘柑果了。由于左边道路有两个小孩子在对战,先向右边的小道前行,进入房屋遇见大木博士,随后他身边的男子给予主角ふしぎなタマゴ不可思议的蛋,并从博士那获得神奇宝贝图鉴后离开。出门接到空木博士电话,要求速速返回。
在返回的途中遭遇红发少年,并向主角发起了挑战!
 
回到研究所得知神奇宝贝被盗,POLICE录完笔录后,给犯罪的红发少年起名字。并将之前获得的不可思议的蛋交给博士。
 
在29号道路路口,与带着玛丽露的副主角相遇,他会细心的教你捕捉神奇宝贝,并且给予5个宝贝球。
此时原先挡在30号道路的两个男孩已经散开。从现在开始每遇到一个训练员,在对战结束后对方都会有一定几率要求登记电话号码,登记的话今后他则可能拨电话主角再次挑战。
31号道路可获得伤药、宝贝球。接下来就是桔梗市,玄关处又遇见副主角,然后获得对战记录器。
桔梗市左下方的民房内的男子,可用喇叭芽与他交换大岩蛇。
接下来走过架设在河岸的拱桥来到喇叭芽塔。