一开始，我们见到的是今次黑白的舞台伊修地方的博士，アララギ博士。（阿拉垃圾？战场原荡漾）
她向我们介绍了PM是什么，相信大家都知道了吧。和前作没什么两样，是和我们一起战斗一起游玩的生物。
之后，就轮到选择我们的主角了。有男女两种选择，之后便是设定名字，输入完毕后，会介绍本作的两位劲敌，贝鲁（女）和切雷恩（男）。之后便正式进入游戏。
一开始主角在房间里，两位劲敌会走进来。之后会和主角说起关于博士送的礼物的事。礼物上的信写着，从三只PM中选择一只！之后打开礼物。
这里笔者选择了火猪。
随后两位劲敌也选择了PM，好战的贝鲁主动要求与主角对战。她使用的是被主角选择的初始PM克制的那只（Lv5)。
无论战斗胜负（胜利就得到500，败北的话。。呵呵。。），因为精灵对战，房间里乱得不成样子（。。。）。然后切雷恩帮助主角和贝鲁的PM回复HP。
之后与切雷恩对战，他使用的PM是克制主角选择的初始PM的那只（Lv5)。
战斗后（胜利得到500）因为妈妈的呼喊，两位劲敌下楼，跟着下楼吧。
原来楼下的妈妈听到了精灵对战的声音，便喊三人下来，之后三人才想起去研究所的事情。两位劲敌走后，妈妈会帮主角的精灵回复体力。
之后得到视频功能！然后离开自己家。
从自己家出来后看到贝鲁急匆匆的离开。去贝鲁的家（左边），一进去就看到贝鲁对自己父亲表示要成为伟大的精灵训练师。之后贝鲁往外走的时候看到了主角，说了“没关系的，没关系”，便离开了。（小光你跑错世代了。。）
之后往博士的研究所（最上面）进发，看到门口立着的两位劲敌，和切雷恩说话，一起进去见博士。
进去后博士向三人打招呼，正要自我介绍的时候，切雷恩却说出了她的名字，博士大囧。。之后她重新介绍了自己，是为了研究精灵诞生和起源的博士。
随后，她说PM是值得信赖的一起战斗的伙伴，并且问你要不要给初始PM取名字。（这里随意）
不管你说什么名字，她都会说是个好名字的。。。
接着她说到了PM图鉴，对此贝鲁表示疑惑不解，博士做出了解释。PM图鉴是能自动记录遇到的PM资料的道具。主角等三人要为了精灵图鉴的完成而踏上冒险之旅。这里选否的话会无限问你。。老实选是吧。
在此之后，博士会说要教大家遭遇野生PM的方法，要大家来1号道路等她，之后离开了研究所。两位劲敌为之后如何冒险议论纷纷。
离开博士的研究所，两位劲敌也会一起出来。主角的妈妈正在门口等着主角，她会赞赏主角接受了博士完成PM图鉴的愿望。（我是被迫的。。TAT)把小镇地图给了主角等3人。
之后妈妈鼓励主角在伊修地方尽情地冒险，便离开了。两位劲敌也去1号道路博士了。
往右，再往上去镇子，和两位劲敌一起去1号道路吧！
博士会在那等着，告诉众人PM图鉴会自动记录遇到的PM，如果能捕获PM能得到更详细的信息。之后便是一场演示的捕捉精灵的过程。
随后主角得到5个精灵球，博士离开。两位劲敌发下了竞争宣言后也跟着离开了。
之后往上走，到下一个城市前面。两位劲敌就在那等着你，问你抓住了多少PM。不过，数目并不影响什么剧情。（就算抓一只也可以）然后博士用视频功能叫大家去精灵中心。
进入下一个城市，到精灵中心门口（出镇的路被2个怪人拦住了），发现两位劲敌正等着你。进去后博士在里面，会介绍精灵中心的功能，之后和上面的乔伊小说话恢复PM的HP.
然后是介绍左边的储存PM的电脑，以及右下的道具店（道具店和精灵中心合体了。。）
整备完毕后，出门往左，和切雷恩对话，会发现左边有个老怪人在一怪人（。。）的簇拥下来发表演讲。那个老怪人自称是等离子团的，说了一堆关于如何对待PM的话，之后就走了。
主角和劲敌才不会被他洗脑呢，但是这时候就跑过来一个被洗脑的人，他的名字叫N。他会说PM根本不需要精灵球来束缚行动，和主角展开对战。使用PM为Lv7的No.015.打败他后他很失望地离开了。从左边离开镇子吧。
出镇收到妈妈的视频来电，之后妈妈出现在自己身后（好快。。）给了你跑鞋，按住B可以跑得更快，在室内也有效。
这里开始会出现训练家，被他们视线看到会强制展开PM对战。
到下一个镇子，门口看见贝鲁，她会要求和主角对战，使用PM为Lv7的No.12和Lv.8的被克制的主角PM。
到道馆（精灵中心右边）会看见门被挡住了，先去当地的精灵学院（精灵中心左边）吧。
和切雷恩（最里面的）对话完毕，会要求和主角对战。使用PM为Lv8的No.15和Lv.8的被克制的主角PM。
接着在右边的道馆，与门口的馆主对话后他会进去。进入道馆后可以得到一个恢复50HP的
苏打水。注意踩的地板顺序，为火（红，克草）和草（绿，克水)和水（蓝，克火）。本作馆主前的的普通训练师都很强，小心对付。
到最深处和馆主对话，会分出3个人。。和最前面那个人（使用PM属性克制你的初始PM对话）。。开战！
使用PM为Lv12的No.12，和Lv.14的克制你初始PM的猴子（No.17,19,21中的一只)。建议锻炼自己的初始PM等进化了再对战。（火猪Lv17进化。。）
战胜他后得到徽章！可以控制交换得到的Lv20以下的PM.得到83号技能机器！效果攻击特攻都上升一级。（双刀用强化技能？另外本作的技能机器都可以无限使用。)
出门后见到一位女研究员，被她带进右边的房子。原来她是博士大学时的朋友，得到秘传机器01。可以砍伐掉路上的小树木了。
往右出门，可以到达一个叫梦之迹地的地方。进入后不久一处破墙边的树木可以砍伐掉。之后贝鲁出现，问你是否来不可思议的PM，就进去了。
进入那里后听到PM的叫声，赶快过去看看。会看到一只PM（No.23)，之后跟着它跑的时候，等离子团的喽啰出现（衣服好没品。。），想抓它，依靠它进化后放出的瓦斯催眠人们来操纵人心，实现“使所有PM自由”的目的。一言不合，开打！
2连战，使用PM为Lv.10的No.10，以及Lv.10的No.15。战胜他们后，他们还尝试抓捕，这时候等离子团的头目出现（分身了！？），两个喽啰怕被处罚逃走了。之后头目也消失了。
然后那只PM的亲人来它，女研究员也赶来，它们丢下一样道具离开了。女研究员捡起那个道具，要主角来她的家。跟着过去吧。
在那儿可以获得C-GEAR。（终于有电子表功能了。。）点画面右下的电源键可以启动它。（是一种通信功能）之后旁边的女孩会给你WI-FI好友本。
梦之迹地的道路暂时无法继续前进，从左边出镇子去3号道路吧。跑不久就会发现饲育屋，可以寄放PM使它们自己升级，更可以培育出PM的蛋。
往左走，切雷恩会拦住你。对战！使用PM为Lv.14的克制你的主角PM和Lv.12的No.15。
口袋妖怪白攻略
打败他后2个等离子团的喽啰急匆匆逃过，发生了什么事？之后贝鲁和一个孩子跑过来，原来孩子的PM被等离子团的抓走了。切雷恩表示要去追回孩子的PM之后往前去了。
往前走，会看到一个洞穴，切雷恩在门口。他说看来那2个喽啰跑进洞穴中了。PM准备完毕后（选是），追上去！
在地下水脉洞穴，进去就能看到切雷恩和2个等离子团的喽啰。他们还大放厥词说小孩子不适合用PM，开战！使用PM为Lv.12的No.10。
打败喽啰后，切雷恩要求把孩子的PM还回来。这时候突然传来“没有还的必要!!”的吼声，原来又来了2个等离子团的喽啰。
双打对战！切雷恩会帮你的忙，他使用的PM是前一战的PM。等离子团使用2只Lv.12的No.10.打败他们后就会把孩子的PM归还。
之后跟着切雷恩出洞，去前面和他对战的那里。贝鲁和孩子表示感谢，同时孩子送你一个球。往下前进遇到切雷恩，他会告诉你颜很浓的草里会同时出现2只PM，要注意。往下左前进去下一座城市吧。
在下一座城市 进去后就会碰到切雷恩。他会带你到精灵中心，告诉你馆主使用的是普通系PM用格斗系PM会比较有利，并且给你醒睡果。
往上走到博物馆门口，遇到N，他依然固执地想要宣传自己的思想。对话后选是再次开战！使用PM为Lv.13的No.57,No.41,No.38。打败他后他会离开，并且说出他的目标是伊修地方传说中的PM，赛克罗姆（黑版）/雷吉拉姆（白版）
进入博物馆看到一个人正看着一座巨大的快龙的骸骨化石。那人表示自己是这座博物馆的副馆长。
然后他会给你看化石蝎的化石，一块陨石，和沙漠附近发现的石头。最后他会带你到一个门前说这是道馆。进去挑战吧！一进去还是会得到一瓶苏打水。
这个道馆内要翻阅书本来到馆主。顺序是左下柜子椅子上面那一本→左中柜子椅子上面那一本→左上柜子上那个女研究员（对话选是，开战）（居然是机关车。。）→右下柜子椅子上面那一本→右中柜子椅子上面那个女生（会开战）→之后柜子移开现出密道，进入后和馆主开战！
使用PM为Lv.18的No.13,Lv.20的No.11。打败她后获得徽章，之后突然听见“妈妈——！！”副馆长跑进来了。（原来是母子关系。。）原来是等离子团前来入侵，一起出去会会他们吧。
出门后发现等离子团的一人把快龙骸骨的头部抢走了，追上去！出去看到馆主的同时会同时看到另外一个道馆的馆主，两位劲敌也会赶到。
从贝鲁手里得到道具探索器！之后劲敌们负责守护博物馆，2位馆主各自分头离开。往左边走遇到另一位馆主，看来等离子团逃进了森林中。有2条道路，馆主负责上面的道路，主角就往左边进发吧！
路上会遇到几个喽啰，打败它们！（怎么本作的精灵护林员变忍者了。。喜欢躲在绿泥丸里，打败三个用三种属性猴子的人后能得到3种果实）
打败第四个喽啰后夺回快龙的头骨，然后等离子团的一个被称为七贤者之一的干部出现接走那喽啰，想要为他报仇，两位馆主的出现使他放弃了这个想法而丢下威胁的话离去。
临走前，普通系馆主会送给你一个月之石。从右边再往上出去吧。穿过一座雄伟的大桥（
景观确实是历代最雄伟的。。）能到达新的城镇。
往最左边再往上（这个视点可能有人不熟悉。。）到道馆门前，切雷恩会从里面跑出来，说了一句话急匆匆离开。前面出现的那位虫系馆主也会从里面出来离开。跟过去。从图示地点往下。
之后会遇到贝鲁，虫系馆主和一位神秘少女爱莉丝（黑白动画女主角？暂不剧透）谈话间一个等离子团喽啰出现了。看到大家在对话就逃走了。。之后虫系馆主离开，跟着他过去道馆的方向吧！
在靠左边的街上（不是道馆里）看到3个等离子团喽啰和虫系馆主对峙。选是和一个喽啰对战。战翻这些杂鱼吧！打败他们后他们会跑去向七贤者报告，然后爱莉丝和贝鲁赶到。跟着他们进去吧！