刚开始时你在一辆卡车上，走下卡车，这里是天元镇，妈妈把你带到新家去，走到2楼，对着墙上的时钟按一下，设置好时间，然后妈妈叫你去认识一下邻居。走出房子，进入你家右边的那幢房子里（对手的家），走到2楼，与对手打声招呼，出门，往上走，看见小田卷博士被土狼犬追，情况危急，博士赶快叫你从地上的包里面拿一只精灵球，对着包按一下，此时你可以从三只精灵中选择一只你喜欢的精灵，三只精灵分别是草系的木守宫、火系的火稚鸡、水系的水跃鱼，选好你喜欢的精灵后，和那只土狼犬对战，轻松地打败土狼犬后，博士把你带到他的研究所里，然后把你选的精灵送给了你（挣了啊），并叫你去103号道路把他的孩子叫回研究所。
出了研究所往上走，经过几片草丛后就到了道吉镇，去精灵中心恢复一下吧，顺便练练级，再往上走就到了103号道路，遇见对手，和她（他）战斗（脾气真差，我好心叫她回去，她干吗打我？！）赢了以后对手答应回去，然后回到研究所，博士给你和对手图鉴，对手再送你5个精灵球（算是对我无礼的补偿吧），博士叫你去挑战芳缘联盟（使命艰巨啊），
出了研究所，走到家门口，妈妈送了你一双鞋子，可以按B键跑步了（可怜天下父母心啊），跑到道吉镇，然后往右走进入102号道路，途中有一些训练师，轻松打赢他们，到了天元市。
到了天元市，进入GYM，和你父亲讲话，然后来了个小男孩，名叫小胜，你和他到野外去抓精灵，抓到拉鲁拉丝后（教你如何使用精灵球）回到GYM，父亲叫你先拿到4个徽章后再来挑战（果然老爸实力比较强啊）。
往右走，进入104道路，再往上走，进入森林，突然遇到一位大叔跑了过来，然后一个服装怪异的人追了过来，原来他是火岩团（如果是蓝宝石则是水箭队），和他战斗，打跑他后，那个大叔给了你一个球。走出森林，来到花店，外面有人给你TM09，花店里可以拿水壶，用来浇花，继续前进，来到金水市。
金水市里有一所房子里面可以拿密传01（居合斩），进入GYM，这个GYM是岩系的，馆主杜鹃使用小拳石和朝北鼻，如果一开始选的是木守宫或水跃鱼，则由于属性可轻松搞定，如果是火稚鸡，最后把它进化成力壮鸡（你问我为什么不进化成火焰鸡？如果你行的话你去进化我没意见），这样可以学格斗属性的技巧，总之，搞定杜鹃后，得到徽章和TM39（岩
石封印），居合斩也可以用了。
走出GYM，遇到火岩团的人往上逃走，然后那位在森林里遇到的大叔出现，好像是被偷了什么东西，往上走，进入116号道路，往前走有个洞穴，在里面打败那个火岩团的人，救了一个老头的长翅鸥，然后回到金水市，那位大叔把你带到一幢大楼里，大楼里一个老头送你一个神奇宝贝，以后就可以看地图、美丽度等等，还可以知道有哪些已经打过的训练师想给你打，并叫主角把一封信送给他在山木镇的儿子大悟。
此时回到104号道路，在森林的入口处有一所房子，外面有一艘船，进入屋内，发现这竟然是刚才救了他的长翅鸥的那个老头的房子，和他讲话，他答应带主角去山木镇，坐上船，向山木镇进发
来到山木镇，第一件事当然是去打GYM了。进入道馆，发现里面一团黑，只有一个小小的亮圈在主角的周围，原来在这个道馆，每打完一个人那个亮圈就会扩大一点。和馆主藤树交手，这个GYM是用格斗系的，藤树的精灵是腕力和幕下力士，格斗系精灵的攻击力可真不是盖的，注意藤树的幕下力士会用巨大化强化，小心。打败藤树后，得到徽章和TM08（巨大化），闪光也可以用了。
走出GYM,往上会看到一个山洞，进入，里面一位大叔会给你密传05（闪光），接着往洞穴深处走，里面可以到不变之石，终于到了大悟，把信给他，得到TM47（钢翼），以后去金水市大悟的父亲，可以拿到学习装置。走出山洞，去跟那个开船的老头说话，就可以去卡依市。
打败沙滩上的一些杂鱼训练师后，进入卡依市，里面的选美会场可以进行神奇宝贝华丽大赛，发现水族馆门口聚集了一火岩团的成员，进入造船厂，与里面的人讲话，然后出来，发现水族馆外的火岩团成员不见了，进入水族馆，门票50日圆，原来那些火岩团的成员都进来了啊。到2楼，与里面的人讲话，突然进来两个火岩团的人，把他们打败，然后出来，往上走，这里有一个古利可屋，每打完一个道馆就可去一次，可以拿到不同的奖品，再往上，遇到对手，开始战斗。对手的精灵也进化了，由于是克制自己的精灵，打起来有点棘手，打败对手后，得到探宝器，然后继续前进，来到银叶市。
银叶市里有一家自行车专卖店，里面可以拿自行车，有神速车和跳跃车两种，前者起步超慢但速度超快，可以挑战自行车道和通过特殊的地形（空柱的地板），后者速度一般，按住B键可以跳跃，可用来通过凹凸山这种地形。银叶市有一所房子里可以拿密传06（碎石），
还有一个游戏机屋，里面可以玩游戏机，用挣来的硬币换精灵和道具，不过要有放硬币的硬币盒，硬币盒要在卡依市的商店里买信纸，然后在银叶市里的一间房子里换到。说了那么多，该去挑战道馆了。
走到GYM门口，看到小胜，这个小鬼冒冒失失得主角挑战，轻松战胜后，进入道馆。这个道馆是电系道馆，小心麻痹。战胜馆主后得到徽章和TM34（电击炮），碎岩也可以使用了。
此时往右走可到达西达镇，进入山洞，使用碎岩以后可以得到密传04（推石头），银叶市往上走，途中有一个沙漠，不过由于风沙较大，无法进入，继续前进可以来到火之捷径（一个山洞，里面可以拿火之石），通过火之捷径，继续往前走，就可以到达西达镇。
从西达镇往下走，可以到达流星瀑布，进入里面，发现火岩团的人，然后水箭队的人来了，火岩团的人跑了。返回到火之捷径的入口，那里有一个缆车，乘缆车到达山顶，看见火岩团和水箭队正在交战，往上走，遇见火岩团的老大，呵呵，终于轮到我登场了，别拿鸡蛋砸我啊打败火岩团的老大（我被打败了，啊），在火岩团老大的身后可以拿到陨石。
往下走进入凹凸山，这里可以用跳跃车。出了凹凸山，就到了飞音镇，温泉前面的老奶奶会给你一个蛋（小果然）。挑战道馆，这个道馆是火系的，馆主的煤炭龟防御力高，比较讨厌，打败馆主后得到徽章和TM50（燃烧殆烬），推石头也可以使用了。
走出道馆，遇见对手，对手给你防沙镜，此时可以去沙漠了，沙漠深处有两块化石，只能拿一块，分别是触手百合和太古羽虫，化石可以拿到大悟爸爸的地方去复活。回到天元市，挑战老爸的道馆。老爸的道馆是普通系的，老爸使用一只过动猿和两只请假王，请假王的攻击力高得恐怖，不过幸好他们的特性是懒惰，是隔一回合攻击，打败老爸后得到徽章和TM42（空元气），冲浪也可以用了。
走出道馆，道馆走边的屋子里可以拿到密传03冲浪，然后到银叶市，往右走，游过一条河后在一个岔道上往上走，这里的草长得比较高，无法骑车，只好步行。继续前进到达气象站，气象站被火岩团攻占了，进去教训他们一顿，打败火岩团的人后，站长送你一只漂浮泡泡，往右走会遇见对手，战斗，赢了后得到密传02（飞天），进入日川市。
来到日川市后去挑战道馆，发现道馆进不去，好像有什么东西堵在前方，但又看不到，没有办法，往右走，走了一会儿，遇见大悟，只见他对着前方使用了一种喷雾器，发现前方出
现了一只变隐龙，原来如此。打败或收服变隐龙后，大悟把喷雾器送给了主角，然后再回去道馆，对着地上使用喷雾器，一只变隐龙跑了出来，进入道馆，这个道馆是飞行系的，馆主的精灵是大王燕、大嘴鸥、盔甲鸟和七夕青鸟，七夕青鸟会龙舞，注意。打败馆主后得到徽章和TM40（燕返），飞天也可以用了。
出了日川市，继续前进，经过了漫长的旅途，终于到了阿田市，在百货公司门口与对手最后一次决斗，打败对手后对手回家去玩电脑了。往左走，达到一个可以使用冲浪的地方，往下游，就可以到日落山了，日落山的顶层遇见火岩团的老大，他从日落山的老公公和老婆婆地方得到什么东西后走了，之后那老婆婆给了主角什么东西，然后飞到卡依市（什么，你问我为什么要飞去？如果想走的话我也不拦你），到了卡依市，发现码头围了一大人，突然火岩团的人偷走了潜水艇。然后再飞到阿田市，往右发现火岩团的基地，进到最深处，发现潜水艇已经开走了（注意，火岩团的基地里有大师球，具体位置在一处放着四个精灵球的地方，当然其中有两个是顽皮蛋，如果现在不拿的话以后就没机会了）。出了基地，往右游到道谷市。
道谷市道馆是超能系的，馆主是双胞胎，所以是进行2VS2，馆主使用的是月石和太阳石，打败馆主后得到徽章和TM04（冥想），潜水也可以用了。
道谷市一间房子是大悟的家，进去后大悟给你密传08（潜水），之后到127号水道，看见深的地方用潜水潜下去，直到发现一个洞，里面放着潜水艇，浮上来，发现一个山洞，进入里面发现都是火岩团的人，来到山洞深处，遇见火岩团的老大，而他身后的精灵就是传说中的精灵固拉多（蓝宝石是盖欧卡），火岩团的首领想让固拉多复活，把他打败后（我又被打败了，啊），他让固拉多复活了（我怎么做出这种蠢事，复活固拉多让主角抓？！）来到上面，发现太阳光异常耀眼（蓝宝石是狂风暴雨加电闪雷鸣），此时大悟来了，叫主角去双鹿市的觉醒寺。
来到126号水道，潜水，到一个洞穴，浮上来就到了双鹿市，进入觉醒寺，途中可以拿密传07（登瀑布），来到深处，发现固拉多，打败或收服它（没人会打败它吧），然后出来，发现天气恢复了正常，此时可以去挑战最后的道馆了。
进入道馆，这个道馆是水系的，冰面迷宫比较麻烦，必须每块冰都要踩过一遍，踩两遍的话冰会裂开，主角会掉下去，然后重新踩。馆主虽然实力强大，但主角也不是省油的灯，打败馆主后得到徽章和TM03（水之波动），登瀑布也可以用了。
集齐所有徽章的主角，向着联盟冠军冲刺吧。来到128号水道，往右，登上瀑布，来到山
优市，然后进入冠军之路，来到出口，遇见小胜，战斗，小胜的实力强了许多，但还是不及主角，打败小胜后就到了挑战联盟冠军的地方了。
四天王：
第一个人使用的是罪恶系精灵：大狼犬+狡猾天狗+梦歌奈亚+巨牙鲨+阿勃梭鲁，阿勃梭鲁的攻击力比较高，小心。
第二个人使用的是鬼系精灵：夜巨人+诅咒娃娃+勾魂眼+诅咒娃娃+夜巨人，夜巨人防御比较高，特性又是压力，比较讨厌，诅咒娃娃会鬼火，勾魂眼的属性较好，要小心。
第三个人使用的是冰系精灵：冰鬼护+海魔狮+海魔狮+冰鬼护+帝牙海狮，帝牙海狮比较强大，小心。
第四个人使用的是龙系精灵：甲壳龙+七夕青鸟+沙漠蜻蜓+沙漠蜻蜓+暴蝾螈，龙系精灵破坏力巨大，尤其是暴蝾螈更是恐怖，不过由于他的精灵都有冰系的弱点，使用冰系精灵秒吧。
口袋怪兽绿叶版攻略 冠军：
大悟：盔甲鸟+波士可多拉+摇篮百合+太古盔甲+念力土偶+巨金怪，基本以钢系精灵为主，实力不容小视，巨金怪的实力简直是恐怖，总之一个字，强但是既然来到这里，不管是多强的对手，我们都不能退缩，使出全力战斗吧，向着联盟冠军冲刺吧
获得冠军后博士和对手都来祝贺，然后就是把精灵记录到联盟的电脑里，接下来是通关画面。
通关以后：
通关以后回到家中，走下楼，发现爸爸回来了，和他讲话，得到船票，现在可以使用船票到卡依市或阿田市的码头，在这两个城市往返，还可以去战斗塔，在战斗塔里连胜可以得到奖品。
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