一、共识制定过程
第一轮评议专家共34位，其中临床专业（包括感染、呼吸、重症）6位，微生物学专业28位。初稿推荐共识条目共38 条。对争议比较大的共识条目，不再推荐。细节建议讨论后纳入。
第二轮评议专家共38位，其中临床专业（包括感染、呼吸、重症等）20位，微生物学专业18位。评议选项明确包括：同意、不同意、弃权。规则：90%以上一致同意，则该共识描述为“建议”。70%~90%同意，则该共识描述为“考虑”。70%以下则不纳入共识推荐。
二、分类和术语
（一）分类
宏 基 因 组 高 通 量 测 序 技 术（metagenomic nextgeneration sequencing，mNGS）通过对临床样本的DNA 或 RNA 进行鸟法测序，可以无偏倚地检 测多种病原微生物（包括病毒、细菌、真菌和寄生虫）。二代和三代测序平台均可用于该项技术。按从临床样本中提取的核酸类型可以分为宏基因组测序和宏转录组测序。按照测序模式可以分为单端测序和双端测序。
（二）术语和定义
NGS：也称高通量测序，是一种可以同时对数十万到数百万条 DNA分子序列进行读取的测序技术。
mNGS：m 指宏基因组，也称元基因组，是标本中全部生物（人、微生物）基因组的总称。mNGS指对标本中的全部生物基因组进行 NGS 分析。在感染性疾病诊断领域中，侧重于微生物基因组的识别和分析。
诊断宏基因组学：指用于临床诊断目的的宏基因组学。该词字面含义仅指诊断，但实际上包括临床、感染控制等。
临床宏基因组学：含义与诊断宏基因组学类似，但应用场景更为广泛。二者比较，专家建议用 “临床宏基因组学”，因为“诊断”一词无法包括、感控、流行病学等信息。
微生物组：指某一个系统、生态环境或特定区域中全部微生物的总和。生物医学领域常常是特指存在于人体特定环境中全部微生物遗传物质的总和。例如，人体的肠道微生物组是人体肠道全部微生物遗传物质的总和。
试剂盒基因组：指来自核酸提取、文库制备等步骤试剂的核酸，来源如工程菌残留等，也可泛指检测过程中的核酸污染。
游离脱氧核糖核酸（cellfree DNA，cfDNA）：循环中的cfDNA 分子来源于濒死的人类细胞和定植或侵入的微生物，它们在分解时将核酸释放到血液中。
读长：测序仪单个测序反应所得到的碱基序列。读长长度指该碱基序列的碱基数。读长数量指测序获得的碱基序列的数量。检测报告中常列出某微生物种属名下的读长数，即针对该微生物种属特异性片段的数量，一般是原始序列数据经过过滤，去除了接头和低质量读长后的净读长数量。
文库：在遗传学领域特指某分子生物学技术创建/生成的若干基因片段的集合，本共识中主要指测序文库。通过文库制备步骤，可以将基因组 DNA样本（或cDNA样本）转换为测序文库，然后可在测序仪器上进行测序。文库制备包括DNA样本的随机片段化，和为每个 DNA 片段连接 5′和 3′ 接头。
核酸检测报告在手机上怎么查比对：指将测序的读长与参考基因组进行匹配的过程。
深度：指比对到已知参考序列的碱基平均测序次数。例如，30 倍测序深度意味着基因组中的每个碱基平均被测序了 30 次。深度越高，检出碱基的可信度越高。
覆盖率：指达到给定深度的测序碱基占整个基因组或目标区域的百分比。没有达到给定深度的部分称为盲隙（Gap）。通常同时使用覆盖率和深度描述测序结果。
相对丰度：指除去宿主序列之后，某微生物物种序列在相应大类物种（通常分成细菌、真菌、病毒、寄生虫4大类）中的分布比例。丰度越高，表示该物种所占比例越高。它只能指示同一样本中某个物种的相对的量，不能用于不同样本之间的比较。
Q 值：指质量分值，用于衡量测序准确度。Q= -10log10P，其中 P 代表该碱基被测序错误的概率。如Q20表示该碱基检测错误的概率为1%。
标定对照：指检测体系中加入已知序列（一定 浓度、一定序列），用以判断检测结果可信度或作为参比，是测序检测中一种特殊的阳性对照。
无模板对照：一般是以焦碳酸二乙酯（diethyl pyrocarbonate，DEPC，一种 RNA 抑制剂）处理后的去离子水（DEPCddH2O）为样本，理想情况下应没有DNA或 RNA模板，用以指
示检测过程中的核酸污染情况。
检出限（limit of detection，LOD）：指检测对象可以被某特定方法可靠地检测到的最低浓度（严格意义上是达到某概率的最低检测浓度）。
正常无菌部位：指传统微生物学观念中，正常生理情况下没有细菌或其他有活性微生物存在的人体部位，通常也称无菌部位。如血液、脑脊液、浆膜腔积液、关节液、心包积液等正常无菌体液 （normally sterile body fluid，NSBF）和骨骼、肌肉、组织等部位。膀胱尿液是NSBF，清洁中段尿、胆汁不是NSBF。通常情况下腹膜透析液 、羊水归为NSBF。mNGS 检测时，NSBF 可能会有低浓度微生物核酸检出，但没有微生物活体存在。与之相应， 如体表和开放的腔道，正常情况下定植有不同种类、不同数量的微生物，称为正常有菌部位。一般来说，无菌部位标本的诊断价值优于正常有菌部位标本。
专家共识意见
一、mNGS技术应用于感染性疾病的适应证
（一）临床适应证
共识1 对常规微生物学检查容易明确病原体的感染，如尿路感染通过尿培养手段，不建议mNGS。
共识2 患者表现为发热或发热症候，病因未明确（符合不明原因发热定义），考虑感染或不除外感染，但规范性经验抗感染无效，考虑应用常规技术检测的同时，或在其基础上，开展mNGS。
共识3 各种原因导致患者急危重症表现，不除外感染所致，或考虑继发或并发危及生命的严重感染，建议常规检测的同时，或在常规检测基础上，开展mNGS。
共识4 免疫受损患者疑似继发感染，常规病原学检查未能明确致病原或/和规范性经验抗感染无效，建议进一步完善常规病原学检测的同时，或在其基础上，开展mNGS。
共识5 疑似局部感染，病原学诊断未明确、不及时处理则后果严重（危及生命或会导致局部功能不可逆性丧失）时，考虑常规检测的同时，或在其基础上，开展 mNGS。如眼部（角膜炎/溃疡、眼内炎、急性视网膜坏死等）、鼻部、耳部、喉部感染、糖尿病足、外伤累及深部组织等情况。
共识6 高度疑似感染性疾病，但病原学诊断未明确且常规抗感染无效，建议进一步完善常规病原学检测、处理原发感染灶（如拔去导管、外科引流或拔去引流管、玻璃体切除）、调整经验抗微生物方案的同时开展mNGS。
共识7 慢性感染，或慢性疾病不除外感染，尤其是二者临床表现相似、难以鉴别时，病情严重或抗感染疗效不佳需要明确病因，建议在完善常规检测、调整经验的同时开展mNGS。
共识8 除以上共识2~7 之外的患者人，不建议无条件普遍进行 mNGS 检测；进行 mNGS 检测前请感染病学和/或临床微生物学专家会诊。
共识9 不建议应用 mNGS 技术评估抗感染效果。
（二）微生物学适应证
共识10 针对微生物，考虑出现疑似新发病原体，或某特殊病原体，缺乏传统技术或传统技术手段不能确定种属时，建议常规检测的同时，或在其基础上，开展mNGS。
共识11 临床表现高度怀疑感染性疾病而多种传统技术反复检测不能明确致病微生物，但仍高度怀疑微生物所致，建议继续完善更多检测技术的同时或在其基础上，开展mNGS。
共识12 传统病原学检测的结果不能解释临床表现的全貌或/和抗感染的反应，怀疑同时存在其他病原感染时，建议进一步完善更多检测技术的同时或在其基础上，开展mNGS。
共识13 感染性疾病的病原体已明确或高度怀疑某病原体，临床表现提示该病原体可能具有特殊的毒力表型，需要了解其毒力因子的相关信息时，可以考虑对感染相应临床标本进行 mNGS 物种鉴定的同时，采用mNGS检测毒力基因。
（三）耐药学适应证
共识14 感染发生在正常有微生物定植的部位，或检测标本采集有污染时（如支气管肺泡灌洗液），不建议采用mNGS进行耐药性检测。
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