企业员工退税流程是注册软件、提交申请、提交有关材料、税务机关审查、办理退税等。
申请退税怎么办理企业员工退税具体流程如下：
注册"个人所得税"软件，填写信息，登录账号。
在首页点击"综合所得年度汇算"，进入申报界面后，选择"使用已申报数据填写"，阅读并点击"开始申报"。
确认基本信息后，点击"下一步"，之后点击"继续"，查看收入纳税数据，确认无误后点击"下一步"。
系统将自动计算本年度综合所得应补（退）税额，确认结果后，点击"提交申报"，即可完成操作。
需要注意的是，个人退税一般当月15日之前申报退税的，当月可退下税款，如果是15日之后申报的，需隔月才能到账。