两者的差别主要有两点：
1、碳13无放射性，而碳14有长期的放射性
2、碳13的准确性为99%，是国际公认的金标准，而碳14的准确性只有70%。
碳13为稳定性同位素，无放射性。人体内1%左右的碳元素是碳13，对人体无不良影响。而碳14元素则非人体内自然存在的元素，有很强的放射性，其放射半衰期长达5730年，对人体的伤害是终身的，极为可怕。。
我们每天摄取的食物除了矿物质和水之外其余都是有机物。而所有的有机物均含有碳。严格来说是98.9%的碳12和1.1%的碳13。因此可知碳13是自然的产物，存在于我们每日的饮食中。但是除了受污染或是故意的食用，我们一般食物中并无放射性碳14物质。
碳14为放射性同位素（半衰期为5730年）会产生β辐射线。它是一种可造成离子化的射线。被释放出来时在其轨迹中的物质会受其冲击而离子化。离子化射线可能是人类日常生活中（环境、职业、和医疗中）接触到最具致癌性的因子。
我们人体内最活跃的分裂细胞，最容易吸取这些碳14合成的物质。而同样的，最活跃的分裂细胞也容易受到离子化放射线的影响而产生突变，甚而导致肿瘤或癌细胞。低剂量长时期的暴露在放射性物质下所造成的癌症风险远高于短时间高剂量的风险。
碳14还会引发哪些的问题？
1对医护人员的危害最大：病人在做呼气试验时会接受到碳14的放射线，但在现场的医疗人员却得常年累月地呼吸此含有碳14的空气。因此会对身体健康造成长期的危害。受检的14的患者，其服下的碳14有30%会长期停留其体内，而70%会呼出来，所以接诊的医生和护士，以及在医院走廊里行走的所有医护人员都会暴露在碳14气体的污染之中，医院碳14检测病人数量越大，污染也越严重。
2碳14的放射线必须用闪烁器测量。病人的呼气必须吐在一种能吸收14CO2的特殊溶剂内。此特殊闪烁溶剂，内含挥发性的甲苯（toluene）和闪烁剂增进β辐射线的检测。但是此溶剂和闪烁剂均为剧毒且已知为致癌物.
3在收集病人呼气时，病人须吐气至含有闪烁剂的收集瓶中。有时病人无法一口气呼完，会在呼气中吸气而误将挥发性溶剂吸入人体导致中毒的可能。
414CO2测试后之废物处理是非常令人头疼的的问题。碳14有长于5000多年的半衰期。您要将它放在哪儿？我们又该把它放在哪儿呢？
5长期低剂量的辐射的危害，引发肿瘤的几率要远大于大剂量一过性的辐射危害，14C则属于前者。且14C作为碳原子可象其他碳原子一样进入人体“碳池”，自由的进入人体各种组织细胞的DNA分子的碱基片段，它每时每刻且长年累月的辐射很容易造成碱基片段的断裂，诱发各器官癌症的发生。
因此碳14呼气法忌用于儿童、孕妇、哺乳期和未生育的妇女及男士。成人也最好规避之。
Hp呼气试验检查的一些注意事项
13C | 14C | |
适用范围 | 各年龄段皆可 | 儿童、孕妇、哺乳期妇女禁用，成人也应避免使用 |
属性 | 无放射性 低温纯化一般化学合成 | 放射性同位素（半衰期为5730年）核子反应炉粒子加速器生成 |
检查前准备 | 空腹或餐后4小时以上受试前不需漱口 | 空腹或餐后4小时以上受试前需漱口 |
操作时间 | 约40分钟 | 约40分钟 |
测试方法 | 红外线分析法或质谱仪 | 液体闪烁计数法 |
试剂储藏 | 常温 | 2-8℃ |
试剂有效期 | 4年 | 1年 |
辐射污染 | 无 | 为什么不建议年轻人做碳14 有辐射污染 |
环境污染 | 无 | 闪烁液为有毒致癌 |
容器处理 | 一般玻璃废弃物 | 放射性废弃物需回收 |
生物半衰期 | 自然产物 | 12小时,10天后尿液尚可验出放射线 |
操作人员 | 一般 | 需接受核医和辐射安全训练 |
准确性 | 99% | 70%± |
建议：由于检测不够准确且有终生的放射污染，故应尽量避免使用碳14（14C）检查，对于发育期青少年、育龄女性更应杜绝使用。
核心区别：1. 14C有放射性，有诱发癌症的巨大风险，而13C是食物和空气中正常存在的元素，没有任何放射性。
2. 14C检测只有70%的准确性，而13C则是呼气检测的金标准，准确性达99.9%。
影响诊断结果的因素：
一个月以内使用抗生素、铋制剂、质子泵抑制剂等HP敏感药物。
上消化道急性出血期可使HP受抑制,有可能造成试验假阴性，应予注意。消化道出血一周以上,不影响诊断。
部分胃切除手术可能造成同位素从胃中快速排空或患者胃酸缺乏。13C试剂有特殊减缓胃排空配方不影响诊断，但14C试剂可能产生假阴性。
14C为具离子化的β放射线其闪烁液会与环境中的光线反应而产生化学光。若于取样后立刻检测易有假阳性发生。
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