Comparative Analysis of High-salt Methods of Genomic DNA Extraction from Astragalus membranaceus
任桥梁房间吓人 HAN Ya-nan,ZHAO Xiu-juan,LI Yan-jun,CAI Lu
(School of Mathematics Physics and Biological Engineering,Inner Mongolia University of Science and Technology,Baotou 014010,China)什么型的B最好带图
Abstract:High-salt SDS, high-salt CTAB, and high-salt low pH value methods were used to extract high quality Astragalus membranaceus genomic DNA. The results showed that the geno
mic DNA with the highest quality was extracted by high-salt CTAB method, and was preferable enough to be used as PCR template and digested by restriction enzyme completely; thus high-salt CTAB was the best DNA extraction method.
平安夜祝福语短句 Key words: high-salt; Astragalus membranaceus; DNA extraction
计算机的应用 蒙古黄芪(Astragalus membranaceus)属双子叶植物纲豆科植物,分布于黑龙江、吉林、内蒙古、河北、山西等地,可以补气固表、托毒生肌、利水退肿。治气短心悸、乏力、虚脱、自汗、盗汗、体虚浮肿、慢性肾炎、久泻等疾病[1]。近年来由于环境的恶化、土地盐碱化愈加严重,蒙古黄芪资源逐渐匮乏。因此,高盐环境下蒙古黄芪的生理生化特性及分子生物学研究就变得尤为重要,而进行这些研究的必要前提就是提取高质量的蒙古黄芪基因组DNA。提取植物基因组DNA的方法有很多,其中
高盐提取基因组DNA方法的优点是可以将DNA与蛋白质、多糖充分分离,对提取含有大量次生代谢产物物种的DNA是较为理想的方法[2]。据此,本实验选用了3种高盐方法,即高盐SDS法[3]、高盐CTAB法[4]和高盐低pH值法[5],比较3种方法的提取效果,以到黄芪基因组DNA的最佳提取方法,为进一步分子生物学研究奠定基础。
宫锁珠帘演员表图片 1材料与方法
1.1材料
本实验采用种植了两周的蒙古黄芪叶片作为研究对象,蒙古黄芪种子购于内蒙古赤峰市喀喇沁旗牛家营子镇中药材基地。
1.2仪器
水浴恒温摇床(ZHWY-110X30),台式多功能高速离心机(Centrifuge 5804R),紫外分光光度计(ND-1000 Spectrophotometer),凝胶成像仪(GenGenius),基因扩增仪(Biometra T1)。
1.3无菌苗的种植
1.3.1种子预处理挑选饱满的黄芪种子,用研钵研成粉末,研磨过程中加入少许沙粒,用75%的乙醇浸泡30 s,0.1%浸泡5 min,无菌水冲洗3次,最后用无菌水37℃浸泡3 h[6]。
1.3.2培养基母液配制大量元素1 000 mL,含硝酸钾19.0 g、 氯化铵22.2 g、 MgSO4·7H2O 3.7 g、磷酸二氢钾1.7 g、 无水CaCl2 3.3 g。有机成分200 mL,含肌醇2.0 g、 盐酸硫胺(VB1)0.002 g、 盐酸吡哆
锌(VB6)0.01 g、 烟酸0.01 g、 甘氨酸0.04 g。螯合铁200 mL, 含FeSO4·7H2O 1.11 g、 乙二胺四乙酸
二钠1.5 g。微量元素200 mL,含MnSO4·H2O
3.4 g、ZnSO4·7H2O 1.7 g、H3BO4 1.2 g、KI 0.17 g、
Na2MoO4·2H2O 0.05 g、CuSO4·5H2O 0.005 g、CoCl2·6H2O 0.005 g。
1.3.3分装培养基取100 mL三角瓶,加入20 mL MS培养基(大量元素100 mL/L,微量元素10 mL/L,有机成分10 mL/L,螯合铁10 mL/L,蔗糖30 g/L,琼脂7.0 g,调pH值为5.7,121℃,20 min高压灭菌)。每个三角瓶接种5~6颗种子,人工气候箱光照和暗培育各12 h交替进行,温度设置为(20±1)℃,湿度为70%,待发芽后,取长出的叶片作为提取DNA的材料。
1.4黄芪基因组DNA的提取方法
1.4.1高盐SDS法[3]取黄芪幼苗的新鲜叶片0.2~0.4 g于研钵中,快速加入液氮并将其研成粉末,将粉末转入离心管中,立即加入80 μL溶液Ⅰ
笔记本电脑驱动 (500 mmol/L NaCl,50 mmol/L Tris-HCl,50 mmol/L EDTA)和16 μL β-巯基乙醇,置于室温数分钟至解冻;加入270 μL 10%
SDS,轻轻混匀;65℃水浴25 min;将离心管取出后立即置于冰上,并加入120 μL 5 mol/L KAc反应35 min。13 000 r/min,4℃离心20 min;取上清液,加入0.9倍体积的异丙醇,轻轻混匀后,-20℃过夜放置。4℃,13 000 r/min,离心20 min;弃上清液,用500 μL 1×TE缓冲液溶解沉淀;向其中加等体积的氯仿-异戊醇(24∶1,V/V,下同)溶液混匀后,4℃,8 000 r/min离心5 min;取上清液,向其中加入0.8倍体积的异丙醇和0.1倍体积的
3 mol/L NaCl溶液,于-20℃放置1 h后,4℃,13 000 r/min离心20 min;弃上清液,用1 mL 70%乙醇漂洗,4℃,12 000 r/min,离心10 min,弃上清,干燥
3 h;加50 μL 1×TE缓冲液溶解沉淀;加4 μL 10 mg/mL RNaseA混匀,并在37℃环境下温浴30 min,置于-20℃下备用。
1.4.2高盐CTAB法[4]①提取缓冲液配方。DNA提取缓冲液Ⅰ为0.35 mol/L Sorbitol(山梨醇)、
1 mol/L Tris-HCl(pH值为7.5)、0.5 mol/L EDTA,核裂解缓冲液Ⅱ为1 mol/L Tris-HCl(pH值为7.5)、0.5 mol/L EDTA、5 mol/L NaCl、2% CTAB,5%十二烷基肌氨酸钠Ⅲ,以上3种溶液配制后进行高压灭菌(121℃,15 min)。使用前,在核裂解缓冲液Ⅱ中加入DNA提取缓冲液总体积1%的PVP,PVP完全溶解后,将Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ溶液按1.0∶1.0∶0.4的体积比混合,用前把提取混合液预热到60~65℃。②提取步骤。取蒙古黄芪幼苗的新鲜叶片0.2~0.4 g于研钵中,快速加入液氮并将其研成粉末,将粉末转入离心管中;加入等体积预热的DNA提取混合液 (400~600 μL),立即混匀,置于65℃恒温水浴摇床上,40~50 r/min摇匀 90 min;冷却到室温,加入等体积的氯仿-异戊醇(24∶l),轻轻上下颠倒10~15 min,常温条件下5 000 r/min离心15 min;立即转移上清液到新的2 mL离心管中,加入总体积2/3的预冷异丙醇,上下颠倒5 min,在-10~4℃下静置30 min后,常温条件下5 000 r/min离心10 min;轻轻倒掉上清,使异丙醇挥发干净,加入600 μL 75%乙醇,在4℃漂洗过夜;然后在常温条件,5 000 r/min离心10 min,弃乙醇,将DNA风干(不可太干燥),加入500 μL
1×TE缓冲液,置65℃水浴10 min,常温条件下使DNA完全溶解;加入1 μL 10 mg/mL RNA酶,37℃温育30 min;冷却到室温,加入等体积的氯仿-异戊醇(24∶1),轻轻上下颠倒10~15 min,常温条件下5 000 r/min离心15 min;立即转移上清至新的2 mL离心管中,加上清的2/3体积的预冷异丙醇,再加入上清的0.1倍体积的3 mol/L NaAc,混匀,-10~4℃静置 30 min,10 000 r/min,离心10 min;轻轻倒掉上清,使异丙醇挥发干净,加入600 μL 75%乙醇,4℃漂洗过夜,弃乙醇,干燥3 h,加50 μL 1×TE缓冲液溶解DNA;置于-20℃备用。
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