002 董事长千金诱拐事件 （阿笠博士知道其身份，工藤新一化名为江户川柯南，住进毛利侦探事务所）
003 偶像密室杀人事件（沉睡的毛利小五郎初登场）
005 新干线大爆破事件（假琴酒和沃卡登场）
007 每月一件礼物威胁事件（兰初次怀疑柯南是新一）
014 奇怪的寻人事件 （宫野明美初登场）
043 江户川柯南诱拐事件 （工藤父母知道变小）
049 外交官杀人事件（上集）
050 外交官杀人事件（下集） （服部平次登场，工藤新一第一次恢复)
056 电玩公司杀人事件 （龙舌兰出现，被炸死）
059 福尔摩斯迷杀人事件（上集）
060 福尔摩斯迷杀人事件（下集） （服部平次知道柯南身份）
078 柯南vs怪盗基德 上集（怪盗基德出场）
079 柯南bs怪盗基德 下集
099 走投无路的名侦探连续两大杀人事件 四之一
100 走投无路的名侦探连续两大杀人事件 四之二（兰第二次怀疑柯南）
101走投无路的名侦探连续两大杀人事件 四之三
102走投无路的名侦探连续两大杀人事件 四之四
124-125浪花连续杀人案 不仅是远山和叶的初登场，而且黑衣组织底层人员沼渊己一郎也在这一集初登场
135 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美被GIN杀死，黑衣组织浮出水面）
136 黑暗组织来的女子 大学教授杀人事件 一（灰原哀出场）
137 黑暗组织来的女子 大学教授杀人事件 二
138 黑暗组织来的女子 大学教授杀人事件 三
139 黑暗组织来的女子 大学教授杀人事件 四
421事件是什么意思140 竞技场一视同仁胁迫事件 上集（灰原说出了工藤新一与组织在半个世纪前就有了关系)
141 竞技场一视同仁胁迫事件 下集
181 黑暗之中的死角 （上集） （重要人物新出医生登场）
182 黑暗之中的死角 （下集）
190 与黑暗组织的再会（灰原篇） （皮斯克出场）
191 与黑暗组织的再会（柯南篇） （宫野志保第一次恢复）
192 与黑暗组织的再会（解决篇） （皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
203 生死一瞬间 侦探队洞窟探险记
204 生死一瞬间 名侦探负伤
205 生死一瞬间 第三个选择（工藤新一第二次恢复）
206 生死一瞬间 黑衣骑士
207 生死一瞬间 新一回来了
208 生死一瞬间 约会的地点
235 被召集的名侦探 工藤新一vs怪盗基德 一（提到了乌丸莲耶，疑似BOSS，半个世纪以前很有钱）
236 被召集的名侦探 工藤新一vs怪盗基德 二
237 被召集的名侦探 工藤新一vs怪盗基德 三
238 被召集的名侦探 工藤新一vs怪盗基德 四
241 人鱼失踪记（事件篇）
242 人鱼失踪记（推理篇）
243 人鱼失踪记（解决篇）
245 战斗游戏的陷阱（上集） （朱蒂出场）
246 战斗游戏的陷阱（下集） （茱蒂称呼柯南为Cool guy）
249 神秘乘客（上集） （赤井秀一出场，形势复杂）
250 神秘乘客（下集）
261 元太的灾难 （提到GIN是左撇子)
265 网中谜
266 网中谜 （灰原对兰有好感）
272 总局刑警恋爱物语4 上集
273总局刑警恋爱物语4 下集
277 来自芝加哥的男人（上集） （詹姆斯·布莱克出场）
278 来自芝加哥的男人（下集） （詹姆斯称呼柯南为福尔摩斯、Cool guy）
291 犯罪的纪念品（上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
292 犯罪的纪念品（下集） （赤井秀一在毛利侦探事务所外监视）
293 情急之下的应变之道（上集） （小兰开始回忆赤井秀一）
294 情急之下的应变之道（下集）（茱蒂说：快到了收获苹果的时候了。同时灰原被贝尔摩德怀疑）
299 英语教师VS关西名侦探（上集） （柯南叫博士调查克里斯·宾亚德）
300 英语教师VS西部名侦探（下集）
301 疯狂足球迷 上集 （知道克里斯·宾亚德在她母亲葬礼上说出了她的经典台词）
302 疯狂足球迷 下集
306 中华街的雨中幻影 上集
307 中华街的雨中幻影 下集（小兰回忆起包含克丽斯和秀一的纽约的事情）
308 工藤新一的纽约事件（事件篇） （知道克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。）
309 工藤新一的纽约事件（推理篇）
310 工藤新一的纽约事件（解决篇） （贝尔摩德扮成杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪。兰得知赤井秀一是FBI。）
311 光彦森林迷失记 上集（沼渊己一郎跟黑暗组织有关）
312 光彦森林迷失记 下集
326 震撼警政厅 1200万人质 一（松田警官跟安室有关系）
327 震撼警政厅 1200万人质 二
328 震撼警政厅 1200万人质 三
329 震撼警政厅 1200万人质 四
332 残留下来的无声证言（前篇） （再次抓住黑暗组织的尾巴）
333 残留下来的无声证言（后篇） （下一集的引子）
334 接触黑组织（交涉篇）（柯南从小兰得知赤井秀一是FBI的事情）
335 接触黑组织（追踪篇）
336 接触黑组织（决死篇） （柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）
354 用钱买不到的友情（上集） （本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。是阿笠博士的旧
识。）
355 用钱买不到的友情（下集）
360 东京现像所的秘密（前篇） （灰原感觉被跟踪）
361 东京现像所的秘密（后篇） （灰原被赤井秀一所派叼烟男子开车跟踪，赤井秀一最后看着灰原照片说：但是，还真像啊）
363 四辆保时捷（前篇）
364 四辆保时捷（后篇） （茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系、贝尔摩德知道灰原的身份）
365 隐藏在厕所中的秘密（前篇）
366 隐藏在厕所中的秘密（后篇） （灰原在厕所中到了妈妈的录音留言）
369 便利商店的陷阱（前篇）
370 便利商店的陷阱（后篇） （小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑）
371 与黑组织面对面 满月之夜的两起神秘事件 一（茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光，贝尔摩德扮成新出医生暴露，柯南得知BOSS邮箱按键音，贝尔摩德称呼柯南为银子弹，并期待他能击垮黑衣组织，并对GIN隐藏了柯南就是工藤的事实，从此可看出贝尔摩德和组织不寻常的关系）
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