登记注册一直是困扰我国非营利组织（NPO）的难题。在法律意义上，只有在民政部门登记注册的社会团体、民办非企业单位和基金会才是被官方承认的非营利组织（社会组织），目前约有44万个。但有人估算，我国至少有300万个NPO甚至更多。其原因在于，受双重管理体制的限制，相当多的NPO不能顺利登记，而是以工商登记、挂靠机构和草根团队等形式存在。在性质和功能上，它们同样服务于公共利益、利润不被分配，也被公认为是我国NPO的重要组织形式。
要建立一个NPO，是否应成立一个正式机构？面对各种注册形式，应该如何做出选择？在民政注册时可以采取什么策略？民政注册有哪几个具体步骤？这些都是NPO的创始人在组织创建过程中需要首先考虑的问题。
一、NPO各种注册形式的利弊比较
在民政部门注册为社会组织和在工商部门注册为企业，是我国NPO登记注册的两种主要形式。除此之外，还有大量的NPO以挂靠机构和草根团队的形式存在。为了便于它们之间的比较，下面将这几种形式放在一起进行分析。
1、民政注册：管制严格，外界支持多
民政注册的NPO是指在民政部门登记注册的社会团体、民非和基金会，本文中的NPO主要指社会团体和民办非企业单位。
（1）民政注册的优势
有利于获得政府购买服务支持。近几年，北京、深圳和上海等地政府推进的政府购买社会组织服务，都要求服务供应方是民政注册社会组织，并要求评估和年检等级达到一定标准。例如，北京对项目申报单位的要求是依法登记注册、具有独立法人资格、连续两年年检达到合格及以上等级的社会组织。
更容易向基金会申请项目资助。多数公募基金会对机构的资质要求严格，要求必须是民政注册机构。有一些非公募基金会（如南都公益基金会5.12灾后重建项目）和基金会（如福特基金会“好邻居”项目）不严格要求是民政注册，但强调宗旨上的公益性，需要NPO来证明自身的非营利性。
有利于建立社会合法性。民政注册机构是我国非营利组织的正式形式，确立这一资格有利
于社会认同其非营利身份，从而建立社会合法性和便于活动的开展。
有机会享受税收和公共产品价格优惠。民政注册的公益组织可享受企业所得税和营业税等税收优惠，在企业所得税方面，财政部和国家税务总局2009年出台的《关于非营利组织企业所得税免税收入问题的通知》和《关于非营利组织免税资格认定管理有关问题的通知》规定，符合条件的非营利组织的捐赠收入、财政拨款以外的其他政府补助收入和会费等收入免征企业所得税。当前我国各地已经开始非营利组织免税资格认定工作，每年可以向政府申请一次，很多NPO已经获得免税资格。在营业税方面，《中华人民共和国营业税暂行条例》规定，托儿所、幼儿园、养老院、医院、诊所和学校等的服务收入免征营业税。由于政策落实问题，很多NPO（尤其是民非）还没有享受到优惠，在税收上与企业并没有区别，还需要交纳企业所得税和营业税。但从长远来看，落实税收优惠只是时间问题，需要耐心等待。此外，水、电等实施价格双轨制的产品，对民政注册NPO按照民用价格标准执行。
有利于接受社会捐赠。民政注册机构可以向财税部门申领捐赠票据和公益捐赠税前扣除资格，这样可以有效地维护捐赠方的利益。根据《企业所得税法》、《个人所得税法》、《
财政部、国家税务总局、民政部关于公益性捐赠税前扣除有关问题的通知》、《全国性社会团体公益性捐赠税前扣除资格初审暂行办法》的规定，公益性社会团体（也包括民非）和基金会可以向政府申请公益捐赠税前扣除资格，个人、企业对其的捐赠支出可以在所得税税前扣除。各地每年都会认定一批机构，目前已经认定的公益机构多数是公募基金会和社会团体，民非还比较少。总体来看，我国民非和大部分社团依然无法领取免税发票。
有利于吸引志愿者加入。组织的公益属性更有利于吸引志愿者的全身心投入，公益性社会团体是法定的以非营利为目的、从事公益事业的社会组织，与志愿者的志愿性、无偿性和公益性是一致的，双方在共同宗旨下有更多合作可能。
（2）民政注册的劣势
登记注册困难。在双重管理体制下，NPO需要一个与其活动领域相关的政府机构作为业务主管单位，但在很多情况下，政府并不愿意承担这样的工作。如果NPO的活动涉及到了多个政府部门主管的领域或所谓的“敏感领域”，就更难以到业务主管单位。可以说，目前的体制阻碍了NPO的登记注册。北京慧灵智障人士服务机构已为申请民非身份奋斗了12年，2011年申请了58次都没有成功。加上登记程序繁琐，使很多公益机构望而却步。
与工商注册的比较，民政注册NPO（尤其是资金来源于社会捐赠和政府购买服务的）日常管理及活动开展被主管机关监管，组织人事和重大活动时常会被干预，还要开展党建和参与政府活动。甚至有的政府部门将NPO当成附属机构，NPO被指派额外工作，这种情况十分牵扯精力，加重了组织负担。
对创始人的经济条件要求较高。在民政部登记的民非要有几十万元开办资金，如果跨市活动就得在省一级登记，在广东省一级登记至少要求30万开办资金，在北京市一级登记民非必须50万元开办资金，很多公益创业者很难筹集这么多资金。地方性的社会组织至少需要3万以上开办资金。开办资金相当于捐赠，机构注销时不能收回活动资金及固定资产。有的NPO创始人不清楚这一规定，在机构成立后才得知投入相当于捐赠。由于非营利属性，法律要求非营利组织的管理者不能分配利润，这会限制创始人的经济利益。这些都要求创始人具备较好的经济基础。
（3）民政注册的几种类型
社会团体和民办非企业单位是两种主要注册形式。二者有不同的性质，社会团体是人的集合，是公民之间的自由结社，实行会员制，组织结构比较松散。民非是向社会提供某种服
务，组织结构具有实体性；在登记审批方面，社会团体的成立审批更加严格繁琐，严格遵循同一区域内业务领域相同或相似的组织不予批准、“一业一会”，并且比民非多了申请筹备环节，程序更复杂，民非（如培训学校）的登记要容易一些；在经费来源方面，社会团体可以发展会员、收取会费、开会费收据，民非不能收取会费，只能以捐赠形式；在机构设立方面，社会团体可以举办民非，民非不能举办社会团体，社会团体可以设立分支机构，民非不能设立分支机构。
在民非中，按承担民事责任不同，其登记形式分为法人、合伙和个体三种形式。有的地方如北京只允许注册为法人一种形式，有些领域则要求必须注册为法人。比较而言，注册为法人后，将独立享有民事权利、承担民事责任，有利于开展对外经济活动，承担有限责任，而个体和合伙形式要承担无限连带责任；在注册资金方面，一般是个体性质的民非注册资金比合伙、法人性质的要少；在治理结构方面，法人形式的是理事会有决策权，合伙和个体是出资人决策；在财税方面，个体和合伙不能领购和开具税务发票，进行经济往来时比较麻烦。在实际的登记数量上，登记为法人的有大约一半，主要原因是某些类型的民非（如民办学校）只能登记为法人，登记为个体的将近一半，登记为合伙的非常少。综合考虑，在有条件的情况下，民非最好登记为法人。
2、工商注册：优惠较少，双重身份问题
为数众多的NPO在工商部门登记注册，而在理论上企业都是以营利为目的的，这是我国非营利组织的一个独特现象。很多知名NPO都是工商注册的，如北京红枫妇女心理咨询服务中心、北京星星雨教育研究所、农家女文化发展中心、北京慧灵智障人士服务机构。
（1）工商注册的优势
无须寻业务主管单位，只要满足资金、场地等基本要求就能登记。可通过中介公司代理，注册快捷。便于开展经营性活动和投资，有利于资产保值增值，扩大组织规模，一些自称为“社会企业”。与民政注册相比，受政府干预和约束小，独立性和自主性强。
（2）工商注册的劣势
由于不是法定的公益组织，不能享受税收和公共产品价格优惠。在企业身份下，捐赠要按规定申报纳税，按一定比例缴纳营业税、所得税、房产税、车船税、教育附加税和城建税等。因此，尽管不以营利为目的，但与普通企业税费标准相同，如操作不当则容易造成纳税违规。在2009年“公盟”事件中，“公盟”来自耶鲁大学法学院和另外一家公司110余万资助
款没有按规定申报纳税，没有交纳5％的营业税、城市维护建设费和教育费附加，同时也没有缴纳企业所得税。在对公盟的处罚中，总额达到142万元。
在很多情况下，存在双重身份和双面体制问题。它们在法律身份上是企业，实质上是非营利组织。有的机构在企业章程中突出非营利性，同时向工商部门提交一份章程补充协议，明确规定限制利润分配、解散后资产归属等要求。但是，经常的情况是，有些机构有企业章程，还有一套内部适用的非营利组织章程。例如，农家女有两套章程，一个是注册时使用的股份合作制企业章程，另一个是按NPO发展模式制定的，是实际执行的章程。前者虽然是名义上的，但却具有法律效力，后者在实际运作中并不受法律保护。在双面体制下，它们在组织结构、决策体制和财务管理上，实行不同于企业的管理制度，企业会计制度与非营利会计制度并存，在一定程度上造成管理混乱。由于非营利章程并不受法律保护，存在注册资金、固定资产的所有权界定不清的问题。在两种情况下，这一问题更加凸显：一是机构同时有工商和民政两块牌子，在场地、人员和业务上都是一体的；二是机构原为工商注册，在向民政注册转制过程中，资产归属没有明确规则。
个体工商户注册很难申请到政府和基金会的资助。例如红枫妇女心理咨询中心的身份是有限责任公司，因
为没有身份，尽管具有做项目的能力，但根本申请不到政府购买服务的项目支持。为了获得资金，一些NPO开始接受基金会资助，政府对这些机构不放心，不给予注册身份和购买服务。并且，2010年3月《国家外汇管理局关于境内机构捐赠外汇管理有关问题的通知》规定的繁琐公证程序使工商注册NPO面临着捐赠资金断裂的危险。考虑到我国实际，现在部分资助方不完全排除工商注册机构的申请，但要求它们提供能证明公益性、非营利性的材料。将来，随着民政注册的逐步放开，基金会的资助对象可能只针对民政注册NPO。
无法向政府申领捐赠发票和申请公益捐赠税前扣除资格，不能开具免税发票，社会捐赠也会质疑机构的企业身份，不利于募捐和资金筹集；企业身份影响公众认同它们的公益目的，影响组织公信力，不利于志愿者招募。
（3）工商注册的几种类型
工商注册的具体形式包括个体工商户、个人独资企业、合伙企业和有限责任公司（包括一人有限责任公司、普通有限责任公司、股份有限公司），这些类型都能被NPO采用，它们之间有一些区别。
在法人资格方面，个体工商户、个人独资企业、合伙企业不是法人单位，有限责任公司为法人单位。前三者的创办人对企业的债务承担无限连带责任，后者的发起人（股东）对公司债务以出资额为限承担有限责任，公司以其全部资产对公司债务承担责任。
在成本方面，个体工商户没有公章及财务章，不能在银行开立公司账户；成立有限公司的成本高一些，个体、合伙企业在申请时没有注册资本的要求，有限公司要求最低3万元注册资本。个体工商户比较适合于服务型NPO，可承担的风险和责任小，如番禺打工族文书处理服务部在1998年注册为个体工商户。合伙企业适合于律师、会计师等中介服务类NPO。
在税收方面，个体工商户是个人性商户，须缴纳营业税（一般为定额税）和个人所得税，虽缴税较少，但不够正规。个人独资企业、合伙企业为企业用户，税是查账征收。有限责任公司须缴纳营业税（增值税）和企业所得税（税率25%）。
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