启动游戏方式：打开模拟器，模拟器一般黑屏，选择“文件”，选择“打开GBA游戏O”，跳出“选择ROM”文件框，在文件框内寻到“口袋妖怪绿宝石386.gba”文件，单击文件，选择右下角“打开”，文件框消失，模拟器屏幕开始变动。
存档：选择“文件”，选择“保存游戏在”，选择“F*”，便会立即保存此时的一切进度。
按F*立刻可以回到存档时的状态，记录的修改不影响存档的内容。
用键：Z：表示“确定”，“跳过”，或游戏中A键功能。口袋妖怪绿叶版攻略
X：当打开选择框时，表示“返回上一选择框”，“退出”，或游戏中B键功能。
当没有打开时，X+方向键，人物从走路状态进入跑步状态。
Enter：打开或关闭屏幕右侧的工具栏，里面有：
图鉴：（后来添加）可以查看见过或捉过的怪兽的分布、声音、身高、体重、习性、大小（后四项只有捉到后才有）
怪兽：查看持有的怪兽的情况，怪兽旁若有一个小盒子，说明这个怪兽有持物。按Z情况：
查看强度：第一页为属性、特性、性格、来自地，按左右方向键进入第二页为所带物品、徽章、能力、经验值，第三、四页为技能、按Z进入说明，左下角出现再一个框，里面有威力（若是---，表示无威力，或是威力损伤是定值），命中率（若是---，表示绝对命中）
交换：同时选中两只怪兽后可以将它们交换出场顺序、位置。
持物：按Z选择“持有”，进入背包，可将一个物品让任何一个怪兽持有（怪兽蛋除外），选择“存放”，将该怪兽持有的物品放入背包。
其他特殊技能：不作说明。
背包：打开所有所捡到、买到、拿到的物品。分类：
珍品：不可卖出。道具。怪兽球。秘籍：普通秘籍：被怪兽学后消失。
珍贵秘籍：涂紫，被怪兽学后不消失，但怪兽学后不能被忘记（除了在培育场中学技能）。树果。
主菜单：（后来添加）方元地图：查看这个方元地区所有地理位置和自己所处位置。
状况：携带怪兽、怪兽情报。
登记卡：所遇到过的人的状况。
纪念章：参加某种大型战斗中获得的奖章。
主人公：得到的标志：（进入大挑战地区后才有）大挑战地区内各挑战设施的情况。
对战的记录：主人公所获得的金钱，所收服的怪兽，使用的时间。
记录：保存此时的经历，一般在关闭游戏后才被正式保存。
设定：不作说明。
空格键：长按不放加快游戏的运行速度，时间、人物的行走速度都会被加快。
四个方向键：一般为走路状态。
启动游戏后先检查一下自己的时钟是否
会走动，如果不会，就选择“选项”，选择“模拟器”，划钩“实时时钟”，若没有“实时时钟”，则最好重新换一个模拟器。时钟不走动时，你种下的树果永远不会生长，看看洞也保持着涨潮或退潮的状态不会改变。
相同的程序可以适应不同的模拟器，当下载新的模拟器时，只需打开程序，“从头开始”，等到妈妈叫你看完电视，就记录，文件夹里就会出现记录程序，一个模拟器只认记录程序的名字，所以当不想重新玩时，可以复制你原来的记录程序，若与出现的记录程序名字不同，就改一下你原来记录程序的名字跟它相同，就可以替换那个记录程序，继续玩（当然如果你要用原来的模拟器再玩，就得把名字改回来）
启动游戏后，屏幕的画面不断变动，不断按Z，同时可按空格键，到达一个画面，
选“从头开始”，不断按Z听博士的讲话，选择上面的文字为自己取名字和性别（下面以男主角为例），正式进入游戏。
开始时你会在天元镇的一辆卡车里，门开了，向着光走出卡车，妈妈会把你带进屋，按Z对话，话完毕后，然后一定要上楼，楼上左边有台电脑，是“主人公的电脑”，按Z打开，里面有装备存放：取出或存放你背包里的装备、邮件箱、改变（存放、扔掉等），按X关闭。对墙上的时钟按Z，按左右方向键调节时间，按Z确定，妈妈会上来与你对话，完毕后下楼，妈妈会再次与你对话，完毕后出门，到右边的一座屋子里，春子（女主角）的妈妈会与你对话，完毕后上楼，会看见地上有个怪兽球，对着它按Z春子会上来与你对话，完毕后出门，访问街上的所有人，附近有三座屋子，下面最大的屋子就是博士研究所，全部访问完毕后向上走，有个小女孩告诉你前面有人喊叫，继续向上走，会看见博士正被一只
皮皮犬追赶，旁边有个皮包，走到它前面，按Z打开皮包，皮包里出现三个怪兽球，按Z可以分别查看，要按Z，不要按X，分别是（以火鸟为例）：
青蛙5级、火鸟5级、水精灵5级
选择一个后会进入对战屏幕与皮皮犬对战，打到对方的能量条全完后胜利，获得经验。博士会带你去研究所，正式把你刚才选择的那只怪兽托你训练，出了门，向上走，进入101道路，你就可以到上面的草丛里与怪兽对战了，只须在草丛里乱走几步就会遇见怪兽，棕的条条只有绕道经过，但可以从有曲线边缘的一侧跳到另一侧，不能反跳，若你的怪兽受伤很重，可以打败对方后回你的屋子，访问妈妈，屏幕黑一下后，怪兽体力又自动恢复，若你的怪兽战死，会自动把你送回家，这时体力自动恢复，最好把怪兽练到8级后不要再练，见到怪兽时
按Z然后选择“逃”，不然以后你很难收服怪兽，怪兽分布：
皮皮犬3~5级、针鼠3~5级、树皮虫3~5级、波波3~5级、绿毛虫3~5级，小火龙5级、
妙娃种子，杰尼龟5级
走过所有草丛，就会进入道吉镇，镇里有两间屋子，面对一位阿姨按Z，她会给你伤药，并把你带到商店面前，蓝的，里面可以买到东西，前提是有钱，商品的价格标在商品后面，出了商店，在左边红
怪兽中心里面对柜台按Z，可以使持有的怪兽体力恢复，右边有张地图，可以查你的位置，还有台电脑，按Z打开，里面有：真由美的电脑：可以存放怪兽，查看存进去的怪兽的状况，按Z：
取出怪兽：里面共有14个箱子，每箱子可存放30个怪兽。存放怪兽。
整理箱子：对箱子内怪兽进行调整位置等。整道具：箱子内没有持物的怪兽呈隐形，有持物的不变，可以按Z将所持物品放入背包。
主人公的电脑。传导：必须在挑战大联盟胜利后才有，里面是参加战斗的怪兽和胜利的你。
出了怪兽中心，向左走，会看见一个男子站在一个通道上不动，你是无法通过的，所以，必须转身从走到中间的道路，向上走，进入103道路，直到草丛，怪兽分布：
皮皮犬3~5级、针鼠3~5级、树皮虫3~5级、波波3~5级、绿毛虫3~5级，独角虫3~5级、
金龟虫3~5级、独角蛛3~5级，烈鸟3~5级，鳄鱼5级
穿过所有的草丛，到达最上边，右边有个水域，怪兽分布：
水蛛怪*级，玛瑙水母*级，鲤鱼王*级。
在最上边，春子在那里站着，到她面前，按Z，她会与你对战，她的怪兽：
水精灵5级
打赢春子后，她会与你对话，然后向下走，你紧跟着她一直向下走回到研究所，在研究所内，博士会给你初级的图鉴，春子会给你5个怪兽球，出了门，经过你的屋子时，妈妈会出来给你运动背心。拿到后继续向上走，到草丛里可以捉怪兽，按照球的属性，一般需要将怪兽的能量条打到变红或将近从黄变成红时，按“背包”，选择“怪兽球”，怪兽球就会自动投出收服，按照怪兽的级别和稀有程度，一个怪兽可能得几个怪兽球才能收服，扔出去的怪兽球若收服不到则消失，还有，把怪兽打死就无法收服了。其中针鼠被收服后如果带在身上，不让它持物，过一段时间会发现它自动持物，那是它自己从外面来的，可以放入背包，到那个男子挡住的地方，那里已经放行了，你经过那里，一直向左走，进入102道路，上面有个水池，怪兽分布：
玛瑙水母*级，鲤鱼王*级，水鼠*级，奇亚蟹*级。
经过水池边，向下走几步，再继续向左，那里会有很多人与你对战，一般不用你按Z，到达一定范围时（一般3格距离），
那人头上感叹号自动一出，就会走来跟你打，打赢后你会得到金钱，出了草丛，上面有两棵奇怪的树，
那就是树果，2个桔果，2个解毒果，站在它面前，三次按Z，注意下面文字说明，直到树消失，按Z，它会问你是否种下树果，如果你选择是，那么你必须在一天的早上、中午、晚上各用皮皮鲸喷壶浇一次，然后就会在那里再次长出树果（具体时间回家看你房间里的时钟），收好树果后，向左走几步，然后向下走，你会发现最下面有个怪兽球，按Z，就得到伤药，怪兽球消失，以后看见地上的怪兽球都要过去按Z，你都可以得到一样东西，附近有五个草丛，怪兽分布：
皮皮犬3~5级、针鼠3~5级、树皮虫3~5级、绿毛虫3~5级，
小拉达3~5级，种子怪3~5级，感知兽3~5级，小猫鹰3~5级，长尾兽3~5级，
木果兽3~5级，烈鸟3~5级，奇科利5级，火之岚5级
出了草丛，向左走，进入天元市，访问所有人，向上走，就会看见一家道馆，先别进，向左走，一个男孩会把你带到道馆前，然后进去（不进去那男孩不会让你过这个地方），进去后会看见爸爸站在正中央，过去按Z，与他对话，期间道夫（另一个男孩）会跑进来，与爸爸对话，完毕后道夫会带你去右边的草丛，他会为自己捉一只感知兽，然后回到道馆，继续与爸爸对话，然后离开，爸爸继续与你对话，完毕后出道馆，向左走，那个男孩已经离开，这时一个叫金花的墨镜男子会跑来跟你对话，完毕后他就离开，你继续向左走，附近有两个水池，怪兽分布：
72玛瑙水母*级，129鲤鱼王*级，183水鼠*级，341奇亚蟹*级。
进入104道路，上面有个草丛，向下走，有个台阶可以下去沙滩，向左然后向上走，那里又有很多人跟你对战，打完后会看见上面有个台阶，上去后有间屋子，那是一个老人的屋子，旁边有段木板，那是码头，不可下去了，进了屋子，里面没人，向右走，访问附近的所有人，会发现右边的棕条条不能通过，向上走，会看见两棵树果，2个桔果，2个解毒果，收完后向左走，路两边有两个草丛，那里有一个人跟你对战，打完后向上走到路的尽头，附近草丛怪兽分布：
皮皮犬3~5级，针鼠3~5级，树皮虫3~5级，海鸥3~5级，麻燕3~5级，水鼠*级
路的尽头的森林有一处凹处，走进去，进入了天元森林，沿着下面的森林向右走，会发现下面有一条通道，走进去，便是刚才棕条条不能进入的区域，看见地上的怪兽球，得到怪兽球。转身回到天元森林，向左走到尽头，向上走，有一个草丛，有一个人跟你对战，草丛上面能看见怪兽球，得到麻痹恢复。向右走到尽头，向上走，看见一个男子（天力公司的研
究员）在前面站着，不断按Z，一会儿就跑来跟你对话，这时水箭队的人走了过来跟你对战，胜利后男子会给你超级球，然后离开。你继续向上走，向左走到尽头，再向上走，前面有个人跟你对战，胜利后继续向上走，看见怪兽球，得到PP艾依。向右走，你会看见有两棵特别的小树挡在前面，那种小树是特技间合斩所能砍掉的，所以你向上走，走进上面一条通道，进入104道路。天元森林怪兽分布：
皮皮犬4~6级，针鼠4~6级，树皮虫4~6级，木果兽4~6级，
钻地虫4~6级，麻燕4~6级，小白虫5级，小粉虫5级，食叶兽6级
向左走，看见一个男孩，过去三次按Z，得到秘籍09种子机械，旁边有两棵树果，2个桔果，2个解麻果，向上走，前面有间花店，进去后访问里面所有人，最上面的女孩那里可得到皮皮鲸喷壶，右边的女孩会给你太阳果，出了花店，向左走，向上走，看见一个草丛，中间有个怪兽球，得到伤药。附近怪兽分布：
皮皮犬3~5级，针鼠3~5级，树皮虫3~5级，海鸥3~5级，麻燕3~5级，
向下走，经过花店，向右走，有两个人与你对战，走到尽头，看见一棵小树后面有个怪兽球，上面有个大水池，走上木板桥，中间转折处有两个小孩，他们是二对二对战，必须同时操纵两个怪兽和他们的攻击对象（可改变），过了桥，向右走，一个人跟你对战，右边还有个老奶奶，她给你醒睡果，上面有两棵树果，2个解麻果，2个木果，收好后向上走，上面有条大路，左右有两道栏杆，在右边的栏杆尽头有个缺口，沿着缺口内的路走到尽头，看见怪兽球，得到力道。
出了缺口，走上大路，进入金水市，走进左边第一座楼，访问所有人，第二层里的小女孩会给你布雷密球，出了楼房，走进左边第二座楼，男子会给你秘籍01间合斩，特技只有在得到新的徽章后才能使用，最好给一只能学多种特技的怪兽学，免得带太多怪兽，右边的第二座楼是个教室，访问所有人，左下角就是那个墨镜男子，走到讲台上，对老师按Z，老师下去走一圈后回来会给你老师指甲，若你觉
得没用可以卖掉。黑板上有状态讲解：
中毒：对战继续，体力在每回合逐渐下降，结束后会随着步数逐渐下降，直到体力尽了。
麻痹：对战继续，敏捷力下降，很难使用技能。
沉睡：对战继续，不能使用技能，有的怪兽会醒来，有的直到结束也不能醒来。
烧伤：对战继续，攻击力下降，体力在每回合逐渐下降。
冰冻：对战继续，不能使用技能。
混乱：对战继续，命中率下降，有时会对自己造成伤害。
颓废：对战继续，动作迟钝，较难使用技能。
死亡：对战结束，体力尽了。
继