招标代理机构与行政机关和其他国家机关不得存在隶属关系或者其他利益关系，这是《招标投标法》第十四条第二款明文规定的。
单位隶属 招标代理机构作为社会中介组织，应独立于政府和人之外，客观、公正地履行职责，提供各项服务。在现实生活中，由于一些历史上的原因，一些招标代理机构直接隶属于某一行政机关，在与其他招标代理机构开展业务竞争的同时，还行使行业管理者的职能，为其他代理机构确定行为规范。这种政企（事）不分的状况，根本违背了市场经济条件下“建立办事高效、运转协调、行为规范的行政管理体系”的基本原则。此外，由于这些代理机构与主管行政机关之间有着千丝万缕的关系，在竞争中处于绝对的优势地位，给其他代理机构造成不公平的待遇。为此，法律明确规定：招标代理机构不得隶属于任何行政机关或国家机关，或者与其他利益关系。“隶属”，即受管辖或从属；隶属于行政机关或国家机关，即受行政机关或国家机关管辖，主要负责人由行政机关任命，以行政机关名义发布文件等。“利益关系”，即虽不直接隶属于行政机关，但与行政机关之间有着经济上的联系，受行政机关的影响，如挂靠
在行政机关名下，成为“联系单位”；按业务额向行政机关缴纳管理费，接受其管理；依据行政机关发布的文件，对行政机关审批的项目实行垄断招标代理，等等。从这个意义上讲，任何政府部门及所属机构以及行政、事业单位，均不得成为招标代理机构。
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