中国著名大学中国现代学术建制在1950年代初期发生了重大的、整体性的转型。其标志性的事件是1952、1953年的院系调整。
自主权丧失大学成政府附属物
早在1949年底，高等学校即已开始在小范围内进行院系调整：北京大学、南开大学教育系并入北京师范大学；清华大学、北京大学、华北大学三校的农学院合并为北京农业大学。1951年4 月，取消交通大学管理学校，所属系科分别并入交大工学校、北方交大和上海财经学校；复旦大学土木系并入交通大学；交通大学纺织系与上海纺织工学院、上海工专纺织科合并为华东纺织工学院，等等。
中央教育部于1951年11月召开了全国工学院院长会议，拟订了全国工学院院系调整方案，揭开了1952年全国院系大调整的序幕。1952年秋季，中央教育部在高等学校教师思想改造的基础上，根据以“培养工业建设人才和师资为重点、发展专门学院、整顿和加强综合大学的方针”为原则，在全国范围内进行了高等学校的院系调整工作。“迄1952年底，全国3/4的院校完成了调整工作，其中以华北、东北、华东三个地区的调整较为彻底。经过这一调整，私立高校全部改为公立，各院校的性质和任务均较前明确，工科院
校得到了发展，综合大学得到了整顿，这样使高等学校在院系设置上基本符合国家建设的需要。”1953年的院系调整工作，以中南区为重点，其他地区局部进行。“调整的原则仍着重改组尚为进行调整之旧的系科庞杂的大学，以利于加强与增设高等工业学校和适当增设高等师范学校；对政法、财经院系则采取适当合并集中的作法，以便进行整顿。”据此原则制定的调整方案于“1954年5月29日经政务院第180次政务会议原则上批准后，即积极进行酝酿准备工作。其后又经过与各方面往返商洽，方案经过若干修正，至10月11日由政务院正式颁布，立即实施。” 1952年院系未调整前有高校211所，1952年调整后为201所，经1953年调整后全国高校总数为182所。
院系调整中另一个重点是对高等学校内部结构的根本性的改造，下面以南京大学为例说明这个变动过程。
南京大学的前身是国立中央大学和私立教会大学金陵大学，调整前有文、理、工、农、医、法、师范等7个学院共35个系，经过这场伤筋动骨的调整院系调整后仅保留了文、理方面的13个系，并且严格分成文科和理科，文理科又各自按照传统的学科分类组成系科和专业，不仅文理科之间没有进行真正综合，就自身专业之间也缺乏渗透和交融。南京大学由一个综合性大学变成了虽然名义上叫综合性大学实际上却是比较严格意义上的类似欧美的文理学院，其他的12所综合大学也大体如此。
实际上更为深刻的变化是国家对高等学校的教学过程的全面控制。为了加强对高校的控制，1953年专
门成立了高等教育部，1953年中央有关文件认为“高等学校教师的思想改造学习今年暑假前即可告一段落，院系调整工作在今年暑假亦可大部完成，各类高等学校的任务和培养人材的目标均较以前明确，统一招生与统一分配毕业生的制度已经确立，这些条件将便于中央高等教育部及其他部门进一步加强直接和具体的管理。”中央高等教育部将对“全国高等学校的方针政策、建设计划（包括学校的设立或变更、院系和专业设置、招生任务、基本建设和财务计划等）、重要的规程制度（如财务制度、人事制度）、教学计划、教学大纲、教材编审、生产实习等事项，进一步统一掌握起来。凡高等教育部关于上述事项的规定、指示或命令，全国高等学校均应执行。如有必须变通办理时，须经中央高等教育部或由中央高等教育部转报政务院批准。”从此以后高等学校丧失了教学自主权。
肢解人文学科大学蜕变为技术培训学校
院系调整的确加速了工业人才和师范类人才的培养，院系调整后工科学生数大量增加。据杨东平先生统计，“1946 年，工科学生仅占在校生总数的18.9% ，1952 年达到35.4%，为各科学生之首，改为了此前以文法科为主的学校和学科结构。通过增设钢铁、地质、矿冶、水利等12 个工业专门学院，以及建成机械、电机、化工、土木等比较齐全的工科专业体系，改变了旧中国不能培养配套的工程技术人员的落后状况。”1950 年代初期的院系调整有一定的积极意义，总体来讲是适应当时的政治和经济建设需要的，为我国的工业化建设和科学技术发展奠定了基础，培养了大批专门人才。
相反，人文社会科学由于它的“资产阶级性质”的而遭到否定。通过学科和课程改造，社会学、政治学等等学科被停止和取消。南京大学的社会学系在1949 年就被并入政治学系，政治学系在1952 年调整中又被取消。原来分布在全国的20 多个社会学系经过1952 年的调整，只剩下两个（中山大学和云南大学社会学系），1953 年院系调整后，仅存的两个社会学系也被取消，作为一个学科的社会学到1953 年底在中国大陆上彻底消失。当费孝通在中南海的一个会场上当面向谏言，甚至苦苦哀求，希望不要让社会学断子绝孙，多少留一个种，留点苗苗时，据费孝通回忆说，当时，的手势和语气都非常干脆：不能留，坚决断子绝孙！南京大学的著名社会学家孙本文去了地理系搞经济地理，曾任金陵大学社会学系主任的柯象峰到外文系当了普通老师。南京大学的哲学系经过数十年的惨淡经营，曾一度集中了许多全国知名的学者。但正如祖庆年先生所说，1950年代院系调整后，“哲学系竟失去了存在的余地，老老青青，统统给扔出了南大的大门。”
大学、院系、专业、学科、学报、学会是构成现代学术建制的基本单位。中国近代学术建制从清末发轫，经过几代学人的艰苦努力，到民国30—40 年代已达到相当的水准，特别是人文、社会学科已具备和国际学术界对话的资格。一些著名大学，清华大学、北京大学、中央大学等在国际上已有相当之地位，“教授治校、学术独立、言论自由”在大学里已成为基本的理念。
1950 年代初期的院系调整彻底改变了在中国孕育了半个世纪才形成的现代高等教育体制，实际上在高等教育领域里提前建立了到1956 年才在经济领域中全面推行的计划体制。在这种体制中，大学的设立
、院系专业的设置、招生分配，甚至教什么、如何教，都受各级教育官僚（科层）机构的直接管理。私立大学和教会大学被取消后，正如博克所言“大学严重依赖政府，并在中央计划下运行”，大学教师被一个大学因政治原因开除就意味着被整个国家大学系统开除，将没有其他的生活出路。
院系调整一方面吸收了延安抗日军政大学的突出政治的经验，另一方面照搬了苏联培养技术干部的办学模式，而且把他们绝对化，教条化。完整意义上的大学，自此从中国历史上基本消失。世人所谓大学，实质上不过职业培训、技术培训学校而已。教育问题专家杨东平这样总结教育制度：“作为社会的文化和价值系统，它的变革对社会发展的诸多方面有深刻的影响。因而，今天重新认识这种教育制度的变迁和当年的院系调整，不能不看到其固有的弱点和失误已发展为严重的弊端。”此言堪称精当。
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