龚意辉，唐诗眙，周桂花，等．黄荆坪竹根椒叶绿体基因组密码子使用偏好性及影响因素分析［Ｊ］．江苏农业科学，２０２３，５１（２０）：２８－３４．ｄｏｉ：１０．１５８８９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００２－１３０２．２０２３．２０．００５
黄荆坪竹根椒叶绿体基因组密码子使用偏好性
及影响因素分析
龚意辉１，唐诗眙１，周桂花１，陈　磊１，张　斌１，李　鹏２
（１．湖南人文科技学院农业与生物技术学院，湖南娄底４１７０００；２．湘潭市农业科学研究所，湖南湘潭４１１１３４）
  摘要：为了解黄荆坪竹根椒（ＣａｐｓｉｃｕｍａｎｎｕｕｍＬ．ｃｖＨｕａｎｇＪｉｎｇｐｉｎｇ）叶绿体基因组密码子使用模式，以其５１条蛋白编码序列（ｃｏｄｉｎｇｓｅｑｕｅｎｃｅ，ＣＤＳ）为研究对象，采用ＣｏｄｏｎＷ１．４．２、ＣＵＳＰ、Ｅｘｃｅｌ２０１０、ＳＰＳＳ１６．０等软件对黄荆坪竹根椒密码子的Ｇ
Ｃ含量、有效密码子值（ＥＮＣ）、ＲＳＣＵ、中性绘图、ＥＮＣ－ｐｌｏｔ、ＰＲ２－ｐｌｏｔ、最优密码子及其影响因素进行详细的分析。结果表明，黄荆坪竹根椒密码子第１位（ＧＣ１）、第２位（
ＧＣ２）、第３位（ＧＣ３）中的ＧＣ含量分别为４２ ６８％、３６．２５％、２７．８９％，其中ＧＣ１＞ＧＣ２＞ＧＣ３，表明密码子第３位碱基以Ａ／Ｕ结尾为主；ＥＮＣ值介于３４．１０％～５４ ３１％之间，平均值为４６．５５％，表明黄荆坪竹根椒密码子偏好性较弱。相关性分析结果表明：（１）ＧＣ１与ＧＣ２呈极显著正相关，ＧＣａｌｌ与ＧＣ１、ＧＣ２、ＧＣ３均为极显著正相关；（２）ＥＮＣ与ＧＣ１、ＧＣ２均不存在显著相关关系，但与ＧＣ３存在极显著相关关系。Ｒ
ＳＣＵ分析结果显示：在黄荆坪竹根椒叶绿体基因组中共有３０个高频密码子的ＲＳＣＵ＞１，其中以Ｕ、Ａ、Ｇ结尾的高频密码子数分别为１６、１３、１个，表明黄荆坪竹根椒密码子第３位偏好以Ａ或Ｕ结尾。ＥＮＣ－ｐｌｏｔ绘图分析结果表明，黄荆坪竹根椒基因组中大多数基因位于标准曲线下方，有１３个基因的ＥＮＣ比值介于－０．０５～０．０５之间，说明选择压力主要影响黄荆坪竹根椒密码子的偏好性；ＰＲ２－ｐｌｏｔ分析结果表明，黄荆坪竹根椒叶绿体基因组中大部分基因位于平面图的右下方，即Ｔ＞Ａ、Ｇ＞Ｃ，表明碱基突变、自然选择压力等多种因素共同影响黄荆坪竹根椒密码子的偏好性。在黄荆坪竹根椒叶绿体基因组中共筛选出ＧＣＡ、ＧＣＵ、ＡＧＡ等１９个最优密码子并全部以Ａ／Ｕ结尾。本研究结果可为进一步开展黄荆坪竹根椒性状改良、遗传进化及叶绿体基因工程的应用提供分子理论支撑。  关键词：黄荆坪竹根椒；叶绿体基因组；密码子偏好性；最优密码子
  中图分类号：Ｓ６４１．３０１  文献标志码：Ａ  文章编号：１００２－１３０２（２０２３）２０
－００２８－０６
收稿日期：２０２２－１２－２２
基金项目：湖南省教育厅科学研究重点项目（编号：２０Ａ２８１）；湖南省自然科学基金面上项目（编号：２０２１ＪＪ３０３７６）；湖南省科技特派员服务乡村振兴项目（编号：２０２２ＮＫ４２１８）；湘潭市农业科学研究所横向项目（编号：
３８０２２０５９０１１２）。作者简介：龚意辉（１９８８—），男，湖南涟源人，博士，讲师，主要从事园艺作物分子生物学方向研究。Ｅ－ｍａｉｌ：ｇｙｈｚｇｈ＠１６３．ｃｏｍ。通信作者：李　鹏，农艺师，主要从事果蔬分子生物学方向研究。Ｅ－ｍａｉｌ：９０７６５３７９７＠ｑｑ．ｃｏｍ。
  密码子是构成原核生物与真核生物遗传信息的基本单元，在生物体转录、翻译过程中起着非常重要的作用。自然界中６４种密码子编码２０种氨基酸和３种终止密码子（ＴＧＡ、ＴＡＡ和ＴＡＧ），除甲硫氨酸（
Ｍｅｔ）和酪氨酸（Ｔｒｐ）外，其余１８种氨基酸均有多个同义密码子与之对应。同义密码子在不同物种叶绿体基因组中，甚至在同种物种同样基因中
的使用频率也不是均等的［１］
。同义密码子使用频
率的差异性称之为密码子偏好性（
ｓｙｎｏｎｙｍｏｕｓｃｏｄｏｎｕｓａｇｅｂｉａｓ，ＳＣＵＢ）。越来越多的研究表明，不同植物中密码子的偏好性不同，例如天山雪莲（Ｓａｕｓｓｕｒｅａ
ｉｎｖｏｌｕｃｒａｔａ）［２］
、云南樟（Ｃｉｎｎａｍｏｍｕｍｇｌａｎｄｕｌｉｆｅｒｕｍ）［３］、橄榄（Ｃａｎａｒｉｕｍａｌｂｕｍ）［４］
。因此，对植物密码子的偏好性进行深入探究，不仅有利于明确植物的分类与鉴定［５］，而且还可根据最优密码
子设计植物的外源基因，进一步提高外源基因的表达丰度及转化效率，从分子角度全面解析植物的进
化过程［６］。
叶绿体是植物进行光合作用的重要场所，为植物的正常生长提供源源不断的营养物质。叶绿体拥有一套完整的遗传信息，能进行母系遗传，长度
大小一般为１２０～１６０ｋｂ，具有高度保守的特征［７］。因此，叶绿体基因组学在物种遗传分类、鉴定、进化规律、基因工程等方面有重要的研究意义［８－９］。植
物叶绿体全基因组伴随着现代高通量测序技术的快速发展而不断被美国国家生物技术信息中心（ＮＣＢＩ）数据库收录，已有越来越多的学者在植物中
开展叶绿体基因组密码子的偏好性研究，例如，萝卜（ＲａｐｈａｎｕｓｓａｔｉｖｕｓＬ．）［１０］、苋菜（ＡｍａｒａｎｔｈｕｓｔｒｉｃｏｌｏｒＬ．）［１１］、莲藕（ＮｅｌｕｍｂｏｎｕｃｉｆｅｒａＧａｅｒｔｎ）［１２］。因此，分析植物密码子的偏好性及其影响因素不仅可以确定该物种的最优密码子，然后根据最优密码子设计基因表达载体，进一步提高外源基因的表达水平，从而有利于阐明植物适应外界环境的分子机制。
黄荆坪竹根椒（ＣａｐｓｉｃｕｍａｎｎｕｕｍＬ．ｃｖＨｕａｎｇＪｉｎｇｐｉｎｇ）是茄科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）辣椒属（Ｃａｐｓｉｃｕｍ）一年或有限多年生草本植物，主要分布在湘潭市黄荆坪排头乡。黄荆坪竹根椒因个体细长、泽鲜艳、皮薄肉多、味道鲜美而深受广大消费者的青睐。近年来，黄荆坪竹根椒规模及产业发展迅速，现已成为湘潭市黄荆坪排头乡实现乡村振兴、农民
致富的重要支柱产业。目前有关辣椒的研究主要集中在高产高效技术栽培［１３］、遗传育种［１４］、品质评价［１５］等方面，随着黄荆坪竹根椒全基因组测序和拼接组装工作的完成，目前国内外有关黄荆坪竹根椒密码子偏好性的研究还尚未见报道。本研究对黄荆坪竹根椒密码子的碱基组成及其各相关参数进行分析，首次阐明黄荆坪竹根椒密码子偏好性使用的特征，从而在黄荆坪竹根椒叶绿体基因组中遴选出最优密码子，并明确影响黄荆坪竹根椒密码子偏好性的主要因素，以期为今后进一步开展黄荆坪竹根椒性状改良、进化规律及叶绿体基因工程的应用提供分子理论支撑。
１　材料与方法
１．１　黄荆坪竹根椒叶绿体全基因序列的获得２０２２年５月１５日采集湘潭市农业科学研究所种苗中心的黄荆坪竹根椒幼嫩叶片，经液氮速冻后送华智生物技术有限公司进行叶绿体基因组测序，采用Ｉｌｌｕｍｉｎａ／ＭＧＩ测序平台完成了黄荆坪竹根椒叶绿体基因组的测序，全长为１５６８１７ｂｐ，包括８２个蛋白编码基因（ＣＤＳ），ＧｅｎＢａｎｋ登录号为ＯＰ９１９６５０．１。在筛选黄荆坪竹根椒蛋白编码基因时，首先删除重复序列，然后选择ＡＴＧ作为起始密码子，ＴＧＡ、ＴＡＡ和ＴＡＧ为终止密码子，且以编码序列大于３００ｂｐ的叶绿体基因用于密码子偏好性分析，最后共得到５１个满足条件的ＣＤＳ序列。
１．２　中性绘图分析
参照Ｌｉｕ等的方法［１６］，计算黄荆坪竹根椒叶绿体密码子第３位中的ＧＣ含量（ＧＣ
３
），以ＧＣ
３
为横坐
标，密码子第１、第２位中的平均ＧＣ含量（ＧＣ
１２
）为纵坐标，制作散点图进行相关性分析。
１．３　相对同义密码子使用度分析
参照原晓龙等的方法［１７］，使用ＣｏｄｏｎＷ软件分别统计黄荆坪竹根椒各密码子的相对同义密码子使用度（ｒｅｌａｔｉｖｅｓｙｎｏｎｙｍｏｕｓｃｏｄｏｎｕｓａｇｅ，ＲＳＣＵ），将黄荆坪竹根椒密码子的ＲＳＣＵ＞１定义为高频密码子。
１．４　ＥＮＣ－ｐｌｏｔ绘图分析
参照Ｆｕｇｌｓａｎｇ的方法［１８］，分别以黄荆坪竹根椒
的ＧＣ
３ｓ
、有效密码子ＥＮＣ（ｅｆｆｅｃｔｉｖｅｎｕｍｂｅｒｏｆｃｏｎｄｏｎ）为横坐标和纵坐标，绘制散点图，其ＥＮＣ的
计算公式为ＥＮＣ＝２＋ＧＣ
３ｓ
＋２９／［ＧＣ２
３ｓ
＋（１－
ＧＣ
３ｓ
）２］。结合黄荆坪竹根椒的ＥＮＣ比值频数分布对其差异进行定量分析，以ＥＮＣ值为－０．０５～０．０５区间作为具体的判断标准。
１．５　ＰＲ２－ｐｌｏｔ绘图分析
参照Ｓｕｅｏｋａ的方法［１９］，分别统计黄荆坪竹根
椒密码子第３位中碱基组成（Ｇ
３
、Ｃ
３
、Ａ
３
、Ｔ
３
）比例，
分别以Ｇ
３
／（Ｇ
３
＋Ｃ
３
）、Ａ
３
／（Ａ
３
＋Ｔ
３
）为横坐标和纵坐标进行黄荆坪竹根椒的ＰＲ２偏倚分析。
１．６　最优密码子分析
参照原晓龙等的方法［１７］，最优密码子以黄荆坪竹根椒的ＥＮＣ值作为衡量密码子偏性标准，分别在两端挑选最高和最低的１０％基因构建黄荆坪竹根椒高低基因表达库，分别计算黄荆坪竹根椒各高低基因的ＲＳＣＵ和ΔＲＳＣＵ值，将同时符合高频率密码子（ＲＳＣＵ＞１）和高表达密码子（ΔＲＳＣＵ≥０．０８）２个条件的密码子定义为最优密码子。
２　结果与分析
２．１　黄荆坪竹根椒相关偏性指数分析
利用在线软件ＣｏｄｏｎＷ１．４．２和ＣＵＳＰ软件对黄荆坪竹根椒叶绿体中的５１条ＣＤＳ序列
进行分析，其各基因不同位置的ＧＣ含量和ＥＮＣ值如表１所示，５１条ＣＤＳ密码子中的总ＧＣ含量介于
３０．７３％～４５．３２％之间，平均ＧＣ含量（ＧＣ
ａｌｌ
）为
３５．６１％，ＧＣ
１
含量介于３４．３９％～５８．８８％之间，平
均ＧＣ含量为４２．６８％，ＧＣ
２
含量介于２９．１３％～
５６ ８３％之间，平均ＧＣ含量为３６．２５％，ＧＣ
３
含量介于１８．５２％～３７ ３９％之间，平均ＧＣ含量为２７ ８９％，其结果说明黄荆坪竹根椒密码子不同位置
表１　黄荆坪竹根椒密码子不同位置的ＧＣ含量％　基因ＧＣ１ＧＣ２ＧＣ３ＧＣａｌｌＥＮＣａｃｃＤ４０．４０３６．７８３０．２５３５．８１４７．１３ａｔｐＡ５５．７１３９．９６２６．７７４０．８１４６．２０ａｔｐＢ５７．１１４１．４８３１．０６４３．２２５１．２７ａｔｐＥ５３．７３３９．５５３０．６０４１．２９４９．２３ａｔｐＦ４６．４９３５．１４３２．４３３８．０２４３．２０ａｔｐＩ４９．６０３７．５０２７．４２３８．１７４４．６２ｃｃｓＡ３４．３９３８．２２２６．７５３３．１２４６．７５ｃｅｍＡ３８．７０２９．１３３３．０４３３．６２４８．５８ｃｌｐＰ１５８．８８３８．０７３２．４９４３．１５５１．７５ｍａｔＫ３７．６５３２．７５２７．８４３２．７５４８．９９ｎｄｈＡ４３．９６３９．０１２４．１８３５．７１４２．０４ｎｄｈＢ４１．６８３８．５５３１．５１３７．２５４６．３５ｎｄｈＣ４６．２８３２．２３３１．４０３６．６４５１．３３ｎｄｈＥ３９．２２３２．３５２４．５１３２．０３４２．２６ｎｄｈＦ３７．５２３６．１７２６．３２３３．３３４２．３５ｎｄｈＧ４２．９４３４．４６２０．９０３２．７７４１．７２ｎｄｈＨ５１．０２３６．５５２９．１９３８．９２４８．９９ｎｄｈＩ４４．０５３５．１２２８．５７３５．９１５２．６５ｎｄｈＪ５０
．９４３７．７４３５．２２４１．３０５３．９５ｎｄｈＫ４４．７６４３．１５２７．０２３８．３１４９．５９ｐａｆＩ４８．５２３７．８７３０．７７３９．０５５４．３１ｐａｆＩＩ４３．２４４０．５４３０．８１３８．２０５１．８３ｐｅｔＡ５２．３４３７．６９３３．９６４１．３３５２．５４ｐｅｔＢ４９．０７４１．６７３２．８７４１．２０４７．９５ｐｅｔＤ５０．９３３８．５１２４．２２３７．８９４１．７７ｐｓａＡ５２．８６４３．４１３２．４９４２．９２４７．６６ｐｓａＢ４８．９８４３．１３３１．５６４１．２２４６．６６ｐｓｂＡ４９．７２４３．５０３５．３１４２．８４４１．５８ｐｓｂＢ５４．８１４６．３７２９．８６４３．６８４４．８４ｐｓｂＤ５１．６９４３．５０３３．３３４２．８４４５．８４ｒｂｃＬ５８．１６４３．３１３０．１３４３．８６４８．１５ｒｐｌ１４５５．２８３７．４０２４．３９３９．０２４３．２３ｒｐｌ１６５１．８５５２．５９１８．５２４０．９９３６．３１ｒｐｌ２５０．５５４８．３６３２．３６４３．７６５１．５１ｒｐｌ２０４０．８８４６．５４３５．２２４０．８８４３．９９ｒｐｌ２２３９．１０３９．１０２９．４９３５．９０４８．５４ｒｐｏＡ４３．４９３２．２５２５．４４３３．７３４５．７０ｒｐｏＢ５０．８９３８．３８２７．０８３８．７８４７．１０ｒｐｏＣ１５１．１７３７．６８２７．５７３８．８１４７．５８ｒｐｏＣ２４６．８０３７．８７３０．７４３８．４７４８．８０ｒｐｓ１１５５．４０５６．８３２３．７４４５．３２４８．５４ｒｐｓ１２５１．６１４８．３９２８．２３４２．７４４３．８２ｒｐｓ１４４３．５６４６．５３３３．６６４１．２５３６．３５ｒｐｓ１８３７．２５４１．１
８２７．４５３５．２９４５．６２ｒｐｓ２４３．０４４３．４６２９．５４３８．６８４８．９６ｒｐｓ３４６．１２３４．７０２５．１１３５．３１４８．８３ｒｐｓ４５１．４９３７．１３２５．２５３７．９５５２．８９ｒｐｓ７５１．９２４４．８７２３．０８３９．９６４２．２８ｒｐｓ８４２．２２４０．００２２．９６３５．０６３４．１０ｙｃｆ１３６．５０２９．３７２６．３２３０．７３４７．０２ｙｃｆ２４２．２０３５．１１３７．３９３８．２３５１．１５平均值４２．６８３６．２５２７．８９３５．６１４６．５５  注：ＧＣ１、ＧＣ２、ＧＣ３分别表示密码子第１、２、３位碱基中的ＧＣ含量，ＧＣａｌｌ：密码子总ＧＣ含量。的ＧＣ含量存在差异，ＧＣ
１
＞ＧＣ
２
＞ＧＣ
３
，表明在黄荆
坪竹根椒密码子第３位多为Ａ／Ｔ碱基；ＥＮＣ值介于３４．１０％～５４．３１％之间，平均值为４６．５５％，其中３５条ＣＤＳ的ＥＮＣ值高于４５．００％，占总编码基因数的６８．６３％；可判断出黄荆坪竹根椒密码子的使用偏好性较弱。
  对黄荆坪竹根椒叶绿体密码子各项系数进行
相关性分析（表２），ＧＣ
ａｌｌ
与ＧＣ
１
、ＧＣ
２
、ＧＣ
３
均呈极显
著相关（Ｐ＜０．０１）；ＧＣ改密码qq
１
与ＧＣ
２
呈极显著相关，但与
ＧＣ
３
相关性不显著，说明黄荆坪竹根椒密码子第１
位和第２位碱基组成存在相似性；ＥＮＣ与ＧＣ
３
呈极
显著相关，其相关系数为０．４４８，但与ＧＣ
１
和ＧＣ
２
并
不存在显著相关性，说明ＧＣ
３
碱基组成主要影响黄荆坪竹根椒密码子的偏好性。
表２　黄荆坪竹根椒密码子的相关性分析
密码子
相关系数
ＧＣ１ＧＣ２ＧＣ３ＧＣａｌｌＥＮＣＧＣ２０．４４２  １．０００－０．０２８　０．７５１  －０．２３７ＧＣ３０．０５３－０．０２８１．００００．３８９  ０．４４８  ＧＣａｌｌ０．８２２  ０．７５１  ０．３８９  １．００００．１３９ＥＮＣ０．１５８－０．２３７０．４４８  ０．１３９１．０００  注：  表示极显著相关（Ｐ＜０．０１）。
  根据黄荆坪竹根椒的ＲＳＣＵ分析可知，在黄荆坪竹根椒叶绿体基因组中共有３０个高频密码子的ＲＳＣＵ＞１，其中以Ｕ、Ａ、Ｇ结尾的高频密码子数分别为１６、１３、１个（表３），表明黄荆坪竹根椒密码子第３位偏好以Ａ或Ｕ结尾。
２．２　中性绘图分析
中性绘图分析结果（图１）表明，ＧＣ
３
取值介于
１８．５２％～３７．３９％之间，ＧＣ
１２
取值介于３１．７６％～５７．８６％之间，黄荆坪竹根椒全部基因分布在对角线之上，回归系数为０．０２２１，ｒ２为０．０２，说明黄荆坪
竹根椒叶绿体基因组中ＧＣ
１２
和ＧＣ
３
的相关性显著，说明黄荆坪竹根椒密码子第１位和第２位与第３位的碱基组成不同但不存在显著性相关，说明自然选择主要影响黄荆坪竹根椒偏好性的形成。
２．３　ＥＮＣ－ｐｌｏｔ绘图分析
黄荆坪竹根椒叶绿体基因组密码子的ＥＮＣ－ｐｌｏｔ分析结果（图２）表明，黄荆坪竹根椒少数基因沿着标准曲线周围分布，说明黄荆坪竹根椒密码子的实际ＥＮＣ值与期望ＥＮＣ值接近，大部分基
因则分布在标准曲线下方，并且与标准曲线相距较远，表明自然选择主要影响黄荆坪竹根椒叶绿体基因
表３　黄荆坪竹根椒叶绿体基因组相对同义密码子使用度分析
组密码子的偏好性。通过计算黄荆坪竹根椒密码子的ＥＮＣ比值（表４），ＥＮＣ比值介于－０．０５～０．０５区间的基因共有１３个，而ＥＮＣ比值位于这个范围之外的基因共有３８个，且距期望ＥＮＣ值较远，说明
表４　黄荆坪竹根椒叶绿体基因ＥＮＣ比值频数分布
组段组中值组数（个）组频－０．１５～－０．０５－０．１０１０．０２
－０．０５～０．０５０．００１３０．２５
０．０５～０．１５０．１０３００．５９
０．１５～０．２５０．２０４０．０８
０．２５～０．３５０．３０３０．０６合计５１１．００
这些基因与标准曲线相距较远，说明选择压力主要影响黄荆坪竹根椒密码子的偏好性。
２．４　ＰＲ２－ｐｌｏｔ分析
采用ＰＲ２－ｐｌｏｔ绘图对黄荆坪竹根椒叶绿体基因氨基酸Ａ、Ｇ和Ｔ、Ｃ之间的关系进行分析（
图３），在黄荆坪竹根椒叶绿体基因组中大多数基因位于平面图的下半部分，说明Ａ、Ｇ、Ｔ、Ｃ４种碱基的使用频率存在差异，即Ｔ＞Ａ，Ｇ＞Ｃ；这表明碱基突变、自然选择压力等多种因素共同影响黄荆坪竹根椒密码子的偏好性。
２．５　最优密码子的确定
对黄荆坪竹根椒５１条ＣＤＳ的ＥＮＣ值进行排序，从两极分别挑选１０％的基因建立高低表达库，计算各密码子的ＲＳＣＵ值、ΔＲＳＣＵ值，将同时符合ＲＳＣＵ＞１且ΔＲＳＣＵ≥０．０８这２个条件的密码子确
定为黄荆坪竹根椒的最优密码子（表５），结合表３统计的３０个ＲＳＣＵ＞１的高频密码子，有２６个密码子的ΔＲＳＣＵ≥０．０８，最终在黄荆坪竹根椒叶绿体基因组中筛选出１９个最优密码子，分别为ＧＣＡ、ＧＣＵ、ＡＧＡ、ＣＧＡ、ＵＧＵ、ＣＡＡ、ＧＡＡ、ＧＧＵ、ＡＵＵ、ＣＵＡ、ＣＵＵ、ＡＡＡ、ＣＣＡ、ＣＣＵ、ＵＣＵ、ＡＣＡ、ＡＣＵ、ＧＵＡ、ＧＵＵ，其中１０个最优密码子以Ａ结尾，９个最优密码子以Ｕ结尾，说明黄荆坪竹根椒密码子偏好使用Ａ／Ｕ。
表５　黄荆坪竹根椒最优密码子分析
  注： 、  、  分别表示ΔＲＳＣＵ≥０．０８、ΔＲＳＣＵ≥０．３、ΔＲＳＣＵ≥０．５。
３　结论与讨论
密码子偏好性是有效分析原核生物和真核生物进化特征的一个重要手段［２０］。大量研究结果表明，密码子偏好性受多种生物因素的影响，例如基因表达丰度、基因片段大小、ｔＲＮＡ丰度、碱基组成及突变等因素均可以影响物种密码子的使用模式［２１］。然而，已有研究报道碱基突变和自然选择是决定物种密码子使用偏性的重要原因，已被广泛用于阐明物种基因组密码子使用的特异性［１７］。据报道，在植物中，核苷酸组成在核基因组密码子偏性形成中发挥重要作用，但自然选择则在植物线粒体基因组和叶绿体基因组密码子偏好性形成中发挥重要作用［２２－２３］。本研究系统分析了影响黄荆坪竹根椒密码子偏好性的主要因素，中性分析表明，黄荆坪竹根椒基因组中ＧＣ
１２
和ＧＣ
３
不存在显著相关性，且回归方程斜率较低，说明自然选择可能比突变更能影响黄荆坪竹根椒密码子偏好性的形成。
本研究发现黄荆坪竹根椒密码子ＧＣ
１（４２ ６８％）＞ＧＣ
２
（３６．２５％）＞ＧＣ
３
（２７．８９％），ＧＣ
３