一、各界认识不统一
商事登记制度改革实施已近五年，社会各界对此却还没有达成共识。普通众一边作为申请人希望在商事登记时工商登记部门降低准入门槛、放松监管力度，另一边作为消费者时又要求工商登记部门加强监管、将劣质的市场主体扼杀在其萌芽期。作为把握市场主体准入的第一关，一直以来都是由工商登记部门负担和维护市场交易的安全，而改革后市场主体的诚信问题就由市场机制来解决。时间是改变习惯最好的良药，因此要想改变这种思维习惯，需要一段相当长的时间来过渡。地方政府作为地方管理者一方面将工商登记职能看做管理地方政务的一把利刃，在法律法规之外添加地方政策，要求加强工商登记的监管职能，另一方面又希望工商登记职能在创业创新方面降低和减免商事登记的哨卡。地方政府对辖下行政单位应该有一个准确的定位，工商部门该处在什么位置是商改后其应该考虑的问题。如今，有关企业登记的司法案件越来越多，司法机关希望工商登记机关在登记时能看住门、把住关，加大审查力度，最好对申请材料进行实质性审查，将矛盾化解在萌芽。本次改革中的“宽进”思想与司法机关的希望是背道而驰的，司法部门需要转变思路，在以后的案件审理中给工商登记机关一个公正地对待。
“先照后证”改革后，对于前置改后置的项目，工商部门不再因为市场主体没有获得主管部门批准而阻止市场主体准入，但是其他主管部门有违“先照后证”的初衷，其观念仍停留在“谁审批、谁管理”、“不审批、不管理”的初级阶段，习惯性地认为应该由工商部门挡在前道替他们监管，希望工商登记部门承担更多的监管责任，却不去监管那些无证经营的商事主体，只监管经他们批准的商事主体。商事制度改革将一些许可项目由前置变后置，行政许可责任回归有关部门，如果相关许可部门还沿袭以前的老路，不与工商登记部门达成共识，市场监管将会出现空洞地带。除此之外，广大人民众也没有领会到“先照后证”改革的意义，片面的以为后置就是取消，部分投资者甚至钻改革的空子，对经营范围中有些项目需要取得审批才可经营的法律法规置之不理。
“三证合一”改革后，因为前期宣传不到位，相关部门对于新版营业执照不予认同，继续要求申请人提交材料，发放被合并的证件。有些单位因为相关规定没有及时调整只认以前的组织机构代码证或税务登记证。有些申请人则受惯例的影响不接受“三证合一、一证一码”的营业执照，还有些申请人跑到工商登记机关来领税票。
二、职责权限不清晰
工商年报
1、一人多岗
2014年，市区（县）一级食品药品监管局、质量监督管理局、工商行政管理局合并成立了市场监督管理局。处于基层的工商行政管理所一下子承担起了三个部门的工作任务，成为了市场监督管理所和食品药品监督管理所，不仅要进行工商登记，同时要担负行政许可和监管任务。窗口工作人员同时受理工商登记和食品经营许可，这不仅增加了工作量，也导致了营业执照和行政许可的互相妨碍，一定程度上抵消了审批后置的利好效应。
2、证照难分离
工商部门在企业申请设立登记时，对于经营范围中涉及后置审批的事项，会向申请人出具《市商事主体经营后置审批许可事项行政指导意见书》，告知相关许可项目，在未取得批准文件、证件前不得开展相关许可经营活动。可是，很多情况下，工商登记人员也不清楚商事主体需要办理哪些许可项目，或者是登记人员大概知道许可项目的名称，却不了解细节，因而申请人也是一头雾水。另外，申请人在向登记机关申请营业执照时，告知窗口人员其将要从事的经营活动，窗口人员会依据最新版《国民经济行业分类》录入经营范围。许可部门在接受申请人的许可申请时，由于工商部门与许可部门在有关项目的界定上会有
偏差，可能会对申请人的营业执照提出异议，要求营业执照上的经营范围与申请的许可项目一致。比如餐饮业在工商登记时经营范围的表述是餐饮服务，在《食品经营许可证》申请时，其主体业态可以在食品销售经营者、餐饮服务经营者、单位食堂中三选其一，而经营项目里是没有餐饮服务的，只有散装食品销售、特殊食品销售、预包装食品销售、其他类食品销售、热食类食品制售、自制饮品制售、冷食类食品制售、生食类食品制售、糕点类食品制售、其他类食品制售等项目。工商部门在进行登记时是否需要一一列出经营项目，如果一一列出经营项目后，市场主体在许可申请时不通过该怎么办呢？如果再回到工商登记部门申请经营范围的变更又增加了其开业成本。因为工商部门与许可部门的沟通不及时，矛盾一直存在，往往使商事主体处于两难境地。笔者经调查市涉及后置审批的30户企业发现，有20户企业向相关部门提出了申请，其中只有5户企业一次性申请成功，另外15户因各种各样的原因被退回了，而退回的15户中只有6户再次提出了申请。对于没有主动去相关部门申请的企业，有关主管部门也没有及时查处。要想落实监管职责，工商部门和审批部门都须迈出一大步。
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