供应链系统是一个复杂的系统，由于供应链从产品开发、生产到流通过程是由多个节点企业共同参与，因此在供应链各个流程、各个环节、各个相关企业间都会有不同的问题和挑战，总的来说，供应链管理所面临问题和挑战有以下几个：
无法有效地评估和衡量供应链绩效
直接采购价格的降低可能会带来运费、库存的增加；可视化管理和RFID技术的引入提高了供应链效率，却导致设备投资和人力成本的上升；实施零库存管理，可能导致脉冲式订单无法及时交货；花巨资上了ERP或是供应链管理系统，最终却沦为订单处理中心，无法发挥数据挖掘功能，更无法为决策提供支持……
如何确定合理的数据指标是供应链管理中一个最为关键的问题。这包括如何正确衡量供应链各个环节之间数据产生的依据、不同的职能部门如何就定义和计算某一指标达成一致、多少个供应链管理业绩指标较为合理、如何确定供应链各项数据的基准数字和如何形成有说服力的指标报告等。供应链各个环节的显性成本支出会在年度财务报告中显示出来，而供应链管理所产生的成果，多为隐性地成本降低，无法准确衡量。
无法确定供应链改善的关键环节和优先顺序
供应商如何管理
供应链改善是一项非常巨大的工程，无论从前端的供应商开发、供应商管理、订单处理、质量管理，还是内部的生产物料管理、仓储管理、生产计划、可视化管理、包装运输，还是后端的成品管理、客户交付、售后服务等，任何一个环节，都缺一不可，任何一个环节的变化，都会对整个供应链环节产生连锁反应。
几乎所有的生产制造企业都在努力确定在哪里部署他们的人才资源和优先顺序，但毕竟在资源有限的前提下，在短时间内能解决的问题是有限的。你想要他们做的那些问题影响最大的供应链绩效。在缺乏一个统一的标准的方法的前提下，去改变每个职能部门都有自己的一套方法和不同的结果这种状况，再加上内部政治，只能将最稀缺的资源尤其是几个关键人物放在个别职能上。
很难培养并留住高端供应链管理人才
虽然供应链管理现在在很多公司被普遍认同并且被提高到了战略高度，但却很难到真正优秀的高级供应链管理人才。供应链管理涵盖了采购、物流、信息技术、财务、质量、生产等多个方面，因此很难发现综合能力较强、知识全面的供应链人才。
一个优秀的供应链管理人，必须在采购、计划、物流、生产、质量、国际贸易、法律等领域都有所涉及，并且非常了解供应链基础环节的运作。而企业往往缺少让员工进行跨部门工作的机制，而且个人并非愿意在不同的职能部门长期轮岗从事基础性的工作。所以供应链领域大多出专才，却缺少最为稀缺的综合型管理人才。
能在供应链领域做出成绩的人才，必须要积累各个供应链子环节的流程与管理经验，而在短时间内很难有施展的空间。只有熟悉供应链的各个环节，才能真正在供应链的战略层面谈管理。企业对供应链人才的培养也必须有一个长期的计划，企业应该对内部员工提供包括技能、知识、经验等的培训，或是外部招聘，但要确保外部招聘的供应链管理人才必须是从基层做起来的，并且能在较短时间内熟悉本公司供应链的各个环节，同时，能获取足够的权限去推动供应链的内部变革。
供应链效率低下，响应速度滞后
无论是需要降低成本或库存、需要提高客户满意度，或者想通过提高供应链的响应速度来应对市场的快速变化，这些问题，都很难去快速改善。
供应链效率的提高，依靠于信息传递的真实、迅速，依赖于组织的内部协同和各个环节作业流程的优化。各个节点的数据信息传递是否准确、信息处理和反馈是否快速、不同业务部门之间的协同是否良好、组织内部的职责是否分明、供应链各环节的流程体系是否清晰、组织成员是否相互推诿责任等，都是影响供应链效率的关键因素。尤其是在基础岗位，由于每个人各司其职，没有整体供应链概念，业务部门之间的合作和沟通是导致供应链整体效率低下的一个主要原因。
另外，很多企业的供应链管理人员虽然挂着经理或总监甚至VP的头衔，但行使的却是物流管理、采购或是计划等某一相对独立领域的职责，想要推动整个供应链的效率提升和优化，实际上步履维艰。
供应链的复杂性和风险不可预测性
几乎所有的企业，都在面临的一个问题就是越来越庞大的供应链、越来越丰富的产品线以及越来越多的个性化需求。为不同的客户提供不同品种的产品和服务必然会形成一个复杂的供应链系统，这可能是一个由全球性供应商、分包商、各地工厂、仓库、运输商、客户、代理商、售后服务等组成的一个庞大的网络。
这样一个网络的复杂性难以解开，尤其是当这个庞大的系统出现问题时，很难快速到在哪里以及为什么会发生问题。在供应链内部，主要的风险有信息传递错误、采购或物流中断、仓储管理混乱、物料计划紊乱等，而在供应链外部，市场的不确定性、行业和经济的周期性、政策和法律风险以及自然灾害等不可抗风险，都会使供应链受阻或中断。
只有那些擅长供应链管理的企业，才知道如何细分产品、如何开发新产品和满足顾客需求以及采取正确的措施去制定供应链战略、优化供应链各环节的流程、维护供应链网络和资源。