linuxsed删除指定⾏_⽣信⼊门必须掌握的30个Linux命令
学习⽣物信息，Linux是必须掌握的内容，其实常⽤的Linux命令也就30个左右，⽽且这些命令都是单词的简写，记忆起来并不困难。
这⾥列出了常⽤的30个命令。
1、cd
cd：Change directory
修改⼯作⽬录，cd和ls应该是使⽤最多的两个命令，尤其是对于Linux⽬录结构不熟的⽤户。
cd / #进⼊根⽬录
cd - #返回上次的⽬录
cd #返回home⽬录
cd ~ #返回home⽬录
cd ../ # 返回上⼀级⽬录
2、ls
ls：List files
-a 列出包括.a开头的隐藏⽂件的所有⽂件
-A 通-a，但不列出"."和".."
-l 列出⽂件的详细信息
-c 根据ctime排序显⽰
-t 根据⽂件修改时间排序
---color[=WHEN] ⽤⾊彩辨别⽂件类型 WHEN 可以是'never'、'always'或'auto'其中之⼀
3、pwd
print working directory
$pwd
/
home/wangtong
4、sh
script
金牌卖家运⾏脚本的命令，脚本是包含很多命令的⼀个⽂件，sh 这个⽂件，就可以之和运⾏，例如⽬录下有个多个sh⽂件，就可以⼀次运⾏。
$ sh a1.index.sh;
历史记录怎么查sh a2.fasqc.sh
5、cp
cp: Copy file
拷贝并粘贴⽂件
-b 覆盖前做备份
-f 如存在不询问⽽强制覆盖
-i 如存在则询问是否覆盖
-u 较新才覆盖
-t 将多个源⽂件移动到统⼀⽬录下，⽬录参数在前，⽂件参数在后
cp a1.index.sh a2.index.sh
6、mv
mv: Move file
移动⽂件，相当于windows下的剪切粘贴，如果剪切粘贴到同⼀⽬录下，则为重命令。
-b 覆盖前做备份
-f 如存在不询问⽽强制覆盖
-i 如存在则询问是否覆盖
-u 较新才覆盖
-
t 将多个源⽂件移动到统⼀⽬录下，⽬录参数在前，⽂件参数在后
mv a1.index.sh ../
7、rm
rm: Remove file
删除⽂件
-r 删除⽂件夹
-f 删除不提⽰
-i 删除提⽰
-v 详细显⽰进⾏步骤
注意！命令⾏模式下删除⽂件不可恢复。
rm -rf *.fna #删除⽬录下所有以.fna结尾的⽂件
8、ln
ln: Link files
创建连接⽂件，包括软连接和硬链接，⼀般软连接⽐较常⽤，相当于windows下的快捷⽅式。
-s 建⽴软连接
-v 显⽰详细的处理过程
ln -s /ifs1/Example ./ #为/ifs1/Example⽬录在当前⽬录下创建⼀个快捷⽅式
9、vim
vim是Linux系统⾃带的⽂本编辑器，可以理解成为windows系统下的word软件。
:w filename 将⽂章以指定的⽂件名保存起来
:wq 保存并退出
:q! 不保存⽽强制退出
命令⾏模式功能键
1)插⼊模式
鸟的天堂课文按「i」切换进⼊插⼊模式「insert mode」，按"i"进⼊插⼊模式后是从光标当前位置开始输⼊⽂件； 按「a」进⼊插⼊模式后，是从⽬前光标所在位置的下⼀个位置开始输⼊⽂字；
按「o」进⼊插⼊模式后，是插⼊新的⼀⾏，从⾏⾸开始输⼊⽂字。
2)从插⼊模式切换为命令⾏模式
按「ESC」键。
3)移动光标
vi可以直接⽤键盘上的光标来上下左右移动，但正规的vi是⽤⼩写英⽂字母「h」、「j」、「k」、「l」，分别控制光标左、下、上、右移⼀格。
按「ctrl」+「b」：屏幕往"后"移动⼀页。
按「ctrl」+「f」：屏幕往"前"移动⼀页。
按「ctrl」+「u」：屏幕往"后"移动半页。
按「ctrl」+「d」：屏幕往"前"移动半页。
按数字「0」：移到⽂章的开头。
按「G」：移动到⽂章的最后。
按「$」：移动到光标所在⾏的"⾏尾"。
按「^」：移动到光标所在⾏的"⾏⾸"
按「w」：光标跳到下个字的开头
按「e」：光标跳到下个字的字尾
按「b」：光标回到上个字的开头
按「#l」：光标移到该⾏的第#个位置，如：5l,56l。
4)删除⽂字全国医学院校排名
「x」：每按⼀次，删除光标所在位置的"后⾯"⼀个字符。
「#x」：例如，「6x」表⽰删除光标所在位置的"后⾯"6个字符。
「X」：⼤写的X，每按⼀次，删除光标所在位置的"前⾯"⼀个字符。
「#X」：例如，「20X」表⽰删除光标所在位置的"前⾯"20个字符。
「dd」：删除光标所在⾏。
「#dd」：从光标所在⾏开始删除#⾏
5)复制
「yw」：将光标所在之处到字尾的字符复制到缓冲区中。
「#yw」：复制#个字到缓冲区
「yy」：复制光标所在⾏到缓冲区。
「#yy」：例如，「6yy」表⽰拷贝从光标所在的该⾏"往下数"6⾏⽂字。
「p」：将缓冲区内的字符贴到光标所在位置。注意：所有与"y"有关的复制命令都必须与"p"配合才能完成复制与粘贴功能。
6)替换
「r」：替换光标所在处的字符。
「R」：替换光标所到之处的字符，直到按下「ESC」键为⽌。
7)回复上⼀次操作
「u」：如果您误执⾏⼀个命令，可以马上按下「u」，回到上⼀个操作。按多次"u"可以执⾏多次回复。
8)更改
「cw」：更改光标所在处的字到字尾处
「c#w」：例如，「c3w」表⽰更改3个字
9)跳⾄指定的⾏
「ctrl」+「g」列出光标所在⾏的⾏号。
「#G」：例如，「15G」，表⽰移动光标⾄⽂章的第15⾏⾏⾸。
10、mkdir
mkdir：Make directory
创建⽂件夹
-p 递归创建⽬录，若⽗⽬录不存在则依次创建
-m ⾃定义创建⽬录的权限
-v 显⽰创建⽬录的详细信息
mkdir rnaseq #创建⼀个名为rnaseq的⽬录
11、cat
cat: concatenate 连接
cat的⼀个作⽤是查看⽂件，⼀般是⽐较⼩的⽂件，⾏数⼩于⼀个屏幕，最多不要超过两个屏幕，否则会刷屏；
cat另⼀个作⽤是合并多个⽂件，⼀般配合重定向合并为⼀个新⽂件或者将⼀个⽂件内容追加到另⼀个⽂件结尾。
$ cat a1.index.sh
bwa index -p Homo_sapiens_assembly38 -a bwtsw Homo_sapiens_assembly38.fasta
合并⽂件
a2.txt &
12、less / more
less和more都是⽂件查看⼯具，但是less功能更多⼀些，在windows系统下打开⼀个10G的⽂件⽐较困难，但是在Linux下⾮常⽅
便，less可以打开⾮常⼤的⽂件，压缩格式也可以直接打开。
-
m 显⽰类似于more命令的百分⽐
-N 显⽰⾏号
-S 格式化显⽰
$ less -S
13、head / tail
这两个命令⽐较简单，只是取⼀个⽂件的头部和尾部多少⾏，默认10⾏，可以加-n进⾏设置，利⽤管道可以取⽂件中间⾏。
#取⽂件第21~40⾏
$ head - | tail -n 20
14、g(un)zip/ b(un)zip2
gzip和bzip2是⽂件压缩⼯具，默认直接对源⽂件进⾏处理，压缩⽐率在2/3左右，都可以进⾏设置。
加上un，为unpack的意思，表⽰解压缩。
$
$
15、tar
tar：Tape archive (磁带档案)
tar是⼀个⽐较复杂的命令，tar主要⽤于打包，由于tar能调⽤gzip或者bzip2进⾏压缩，⽽打包和压缩经常如windows系统⼀样合并为⼀个过程，新⼿经常将⼆者混淆，
-c 建⽴打包档案，可搭配 -v 来察看过程中被打包的档名(filename)
-t 察看打包档案的内容含有哪些档名，重点在察看『档名』就是了；
-x 解打包或解压缩的功能，可以搭配 -C (⼤写) 在特定⽬录解开
辅选项：
-j 透过 bzip2 的⽀持进⾏压缩/解压缩：此时档名最好为 *.tar.bz2
-z 透过 gzip 的⽀持进⾏压缩/解压缩：此时档名最好为 *.
-v 在压缩/解压缩的过程中，将正在处理的⽂件名显⽰出来！
-f filename -f 后⾯要⽴刻接要被处理的档名！
对于初学者，记住c是creat，创建，x是解包，z对应gzip，j对应bzip2即可，所以常⽤的命令如下：
$ tar -jcvf filename.tar.bz2 A B C #打包压缩为bz2结尾⽂件
$ tar -jxvf filename.tar.bz2 # 解压缩.tar.bz2结尾⽂件
$ tar -zcvf A B C #打包压缩为gz结尾⽂件
$ tar -zxvf # 解压缩. 结尾⽂件
16、wc
wc = Word Count
统计⼀个⽂件中，⾏数，单词数，字符数
-l filename 报告⾏数
-ns允智
c filename 报告字节数
-m filename 报告字符数
-w filename 报告单词数
17、sort
排序，默认按第⼀列排序，可以通过-k进⾏设置；默认排序规则为按ASCII码排序，可以通过-n进⾏修改；-r取相反⽅向；-n 依照数值的⼤⼩排序。
-o 将排序后的结果存⼊指定的⽂件。
-r 以相反的顺序来排序。
-t 指定排序时所⽤的栏位分隔字符。
-k 选择以哪个区间进⾏排序。
18、grep
⽂本搜索⼯具，类似于正则表达式搜索，可以在⼀个⼤的⽂件中快速搜索到满⾜⼀定规则的内容。
#案例⼀：统计fasta⽂件中序列的条数；
密切的近义词是什么grep -c ">" gene.ffn
#案例⼆：输出满⾜条件的序列；
grep -A 2 "3 gi 29732 34486" lastz.axt
#案例三：筛选出不满⾜条件的内容；
ps -fx | grep -v "S"
19、sed
sed = Stream Editor
流处理器，sed有⾮常强⼤的功能.
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